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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ejg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD81 LARGE EXTRACELLULAR LOOP IN COMPLEX WITH SINGLE CHAIN FV FRAGMENT 4
要素
  • CD81 antigen
  • SINGLE CHAIN FV FRAGMENT
キーワードCELL ADHESION / HELICAL BUNDLE / ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / transferrin receptor binding / immunological synapse formation / protein localization to lysosome / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / MHC class II protein complex binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wong, A. / Kuglstatter, A.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure-Guided Combinatorial Engineering Facilitates Affinity and Specificity Optimization of Anti-CD81 Antibodies.
著者: Nelson, B. / Adams, J. / Kuglstatter, A. / Li, Z. / Harris, S.F. / Liu, Y. / Bohini, S. / Ma, H. / Klumpp, K. / Gao, J. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81 antigen
B: CD81 antigen
C: SINGLE CHAIN FV FRAGMENT
D: SINGLE CHAIN FV FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6434
ポリマ－74,6434
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.635, 170.905, 185.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1 / Tetraspanin-28 / Tspan-28


分子量: 10922.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD81, TAPA1, TSPAN28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60033
#2: 抗体 SINGLE CHAIN FV FRAGMENT


分子量: 26399.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM sodium citrate, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→46.83 Å / Num. obs: 27051 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.82→2.92 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1126 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 37.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.82→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 12.326 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.63 / ESU R Free: 0.346 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26272 1348 5 %RANDOM
Rwork0.22702 ---
obs0.22874 25664 88.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.82→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4902 0 0 57 4959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0225022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.991.9516794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.763.0038308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1055638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85524.951206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93915860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9391516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.23409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22729
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1450.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3121.54102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0241.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.34125102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.35432219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5894.51692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.893 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 39 -
Rwork0.336 686 -
obs--32.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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