PDB-6eik: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I24E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eik

タイトル

A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I24E

要素

CC-Hept-I24E

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Alpha-Helical Coiled-Coil Barrel

機能・相同性

FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Burton, A.J. / Dawson, W.M. / Thomas, F. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国,

ベルギー, 5件

組織	認可番号	国
Leverhulme Trust	RPG-2012- 536	英国
European Research Council	340764	ベルギー
Biotechnology and Biological Sciences Research Council/Education and Physical Sciences Research Council	BB/L01386X1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/K03927X/1	英国

引用

ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2018
タイトル: De Novo-Designed alpha-Helical Barrels as Receptors for Small Molecules.
著者: Thomas, F. / Dawson, W.M. / Lang, E.J.M. / Burton, A.J. / Bartlett, G.J. / Rhys, G.G. / Mulholland, A.J. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年6月3日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn ...pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eik.cif.gz	103.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eik.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eik_validation.pdf.gz	488 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eik_full_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示
XML形式データ	6eik_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	6eik_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eizC 4pnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ez9-d 5eze-d 5ezc-d 6g69-2 7baw-d 1j2c-d 5wsf-2 6g69-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hept-I24E

B: CC-Hept-I24E

C: CC-Hept-I24E

D: CC-Hept-I24E

E: CC-Hept-I24E

F: CC-Hept-I24E

G: CC-Hept-I24E

ヘテロ分子

24 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.210, 62.210, 108.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-101- FMT

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-I24E 分子量: 3364.985 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.3 M magnesium formate, 0.1 M bis-tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→40.78 Å / Num. obs: 33377 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 25.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / 冗長度: 22.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2367 / CC_1/2: 0.898 / R_pim(I) all: 0.748 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PNA

4pna

解像度: 1.52→40.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 3.538 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20811	1635	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16132	-	-	-
obs	0.16372	31688	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.52→40.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1580	0	27	136	1743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.035	0.019	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.583	2.008	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.44	2.997	4121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.61	5.138	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.087	20.563	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.276	15	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.416	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.065	2.716	842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.062	2.719	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.183	4.006	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.18	4.012	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.929	3.228	824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.93	3.227	824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.153	4.622	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.062	33.756	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.06	33.726	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	16.396	3	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	42.388	5	85
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	19.092	5	3519

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	118	-
R_work	0.275	2245	-
obs	-	-	97.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3071	0.1519	0.313	1.3044	0.1415	2.1625	0.0476	0.0065	-0.0073	0.1629	0.0762	-0.1063	-0.1339	0.2268	-0.1238	0.0704	-0.0152	0.0013	0.068	-0.0186	0.0304	83.1911	-7.2469	20.9598
2	0.4524	0.3728	0.436	0.8423	1.1492	1.8625	0.0823	-0.0288	-0.0006	0.0064	-0.0334	-0.0193	-0.1046	-0.0295	-0.049	0.0551	-0.0122	0.0113	0.0286	-0.0157	0.011	75.9946	-2.1532	21.4694
3	0.6009	0.4054	-0.0568	0.3925	0.3096	2.6918	0.1441	-0.0389	0.1056	0.0916	-0.0743	0.0778	-0.1558	-0.2715	-0.0698	0.057	0.0205	0.027	0.0623	-0.0111	0.025	67.5969	-4.7292	21.2794
4	0.9216	0.407	-0.7749	0.5671	0.1057	2.563	0.1154	0.0178	0.0584	0.1014	-0.0185	-0.0021	-0.021	-0.1741	-0.0968	0.0303	-0.0133	0.0054	0.1097	0.0161	0.0133	64.0734	-12.615	21.4642
5	0.5379	0.1174	-0.1677	0.7584	0.2957	4.8134	0.0016	-0.068	-0.0836	0.0555	0.0257	0.0652	0.3466	-0.1753	-0.0272	0.0379	-0.0092	0.0132	0.0368	0.031	0.0449	68.8611	-20.8598	20.256
6	0.5797	0.024	1.0058	0.8232	-0.6605	3.5122	0.0408	0.0167	0.0038	-0.0617	-0.0364	0.0278	0.1887	0.1122	-0.0044	0.0432	0.0229	-0.0054	0.0205	0.0083	0.0167	77.3153	-22.1612	21.545
7	0.9236	0.2132	0.2661	0.7989	-0.6614	2.7549	0.069	-0.0046	-0.0377	0.037	-0.0247	0.0066	0.068	0.1433	-0.0443	0.0193	0.0255	-0.0024	0.0654	0.0085	0.0081	83.8773	-16.4822	21.8352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 27
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 29
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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