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万見
- PDB-6eib: Structure of the active GGEEF domain of a diguanylate cyclase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eib
タイトルStructure of the active GGEEF domain of a diguanylate cyclase from Vibrio cholerae.
要素Sensory box/GGDEF family protein
キーワードTRANSFERASE / diguanylate cyclase / GGEEF domain
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...PAS fold-4 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Chouhan, O.P. / Roske, Y.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
DAAD91608443 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structure of the active GGEEF domain of a diguanylate cyclase from Vibrio cholerae.
著者: Chouhan, O.P. / Roske, Y. / Heinemann, U. / Biswas, S.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory box/GGDEF family protein
B: Sensory box/GGDEF family protein
C: Sensory box/GGDEF family protein
D: Sensory box/GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,07847
ポリマ－75,8064
非ポリマー3,27243
水9,386521
1
A: Sensory box/GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,82913
ポリマ－18,9511
非ポリマー87812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sensory box/GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,95914
ポリマ－18,9511
非ポリマー1,00813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sensory box/GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,86613
ポリマ－18,9511
非ポリマー91512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sensory box/GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4237
ポリマ－18,9511
非ポリマー4716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.905, 80.267, 71.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sensory box/GGDEF family protein


分子量: 18951.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
遺伝子: VC0395_0300 / プラスミド: pGEX_6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0H3AFM6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.5M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98141 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→43.41 Å / Num. obs: 52783 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.34 % / Biso Wilson estimate: 32.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 7.82
反射 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 8471 / CC1/2: 0.687 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZVE

4zve


解像度: 1.941→35.534 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 2100 3.98 %
Rwork0.1939 --
obs0.1958 52745 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→35.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5194 0 190 521 5905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2477395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1142022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.941-1.98610.35871380.32333338X-RAY DIFFRACTION95
1.9861-2.03580.36151390.2963345X-RAY DIFFRACTION96
2.0358-2.09080.32931380.27233330X-RAY DIFFRACTION96
2.0908-2.15230.32471390.25863340X-RAY DIFFRACTION96
2.1523-2.22180.28581390.24163351X-RAY DIFFRACTION95
2.2218-2.30120.2731410.22363416X-RAY DIFFRACTION97
2.3012-2.39330.28641400.21923369X-RAY DIFFRACTION97
2.3933-2.50220.29591410.20883402X-RAY DIFFRACTION98
2.5022-2.63410.24871430.19423442X-RAY DIFFRACTION97
2.6341-2.7990.22611390.19153369X-RAY DIFFRACTION97
2.799-3.01510.22161390.18073356X-RAY DIFFRACTION96
3.0151-3.31830.23711380.16493326X-RAY DIFFRACTION95
3.3183-3.7980.19251420.15333415X-RAY DIFFRACTION97
3.798-4.78320.19291410.14853419X-RAY DIFFRACTION96
4.7832-35.53950.23211430.20243427X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74130.07971.34821.22020.25623.5791-0.04670.09340.2462-0.1451-0.01860.0367-0.19890.04340.04180.19750.00150.00440.16230.01920.224816.965138.5451-9.9356
23.0349-0.52381.1561.5077-0.47461.83470.14080.1347-0.3395-0.0511-0.09380.00980.26660.0844-0.04930.22970.0057-0.00830.1418-0.01110.185310.2041-3.1106-17.4055
31.1714-0.2517-0.35253.0350.43572.18920.04440.10240.0452-0.33550.04070.2595-0.0985-0.122-0.07820.27840.0039-0.07920.20680.01960.2164-2.602117.7207-25.1749
41.95241.30961.05264.58832.01511.76060.3186-0.2958-0.1380.8506-0.2705-0.1590.5143-0.2869-0.03720.4036-0.0666-0.05590.26310.03470.207421.249717.44944.8532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 159 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 161 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 3 through 159 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 4 through 159 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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