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万見
- PDB-6ei0: Cytosolic copper storage protein Csp from Streptomyces lividans: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ei0
タイトルCytosolic copper storage protein Csp from Streptomyces lividans: apo form
要素Cytosolic copper storage protein (Ccsp)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Copper storage / cytocolic
機能・相同性Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lividans 1326 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Straw, M.L. / Chaplin, A.K. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2018
タイトル: A cytosolic copper storage protein provides a second level of copper tolerance in Streptomyces lividans.
著者: Straw, M.L. / Chaplin, A.K. / Hough, M.A. / Paps, J. / Bavro, V.N. / Wilson, M.T. / Vijgenboom, E. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: Cytosolic copper storage protein (Ccsp)
G: Cytosolic copper storage protein (Ccsp)
U: Cytosolic copper storage protein (Ccsp)
N: Cytosolic copper storage protein (Ccsp)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2517
ポリマ－49,9134
非ポリマー3383
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.576, 93.576, 213.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質
Cytosolic copper storage protein (Ccsp)


分子量: 12478.286 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans 1326 (バクテリア)
遺伝子: SAMN05428941_3460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1H2BDT0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15 mg/ml protein was mixed with an equal volume of reservoir solution containing 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→81.04 Å / Num. obs: 123798 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 2259045 / Scaling rejects: 2225
反射 シェル解像度: 1.34→1.37 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.452 / Num. unique obs: 8933 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.409 / Rrim(I) all: 1.51 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3lmf

3lmf


解像度: 1.34→81.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.802 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 6098 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 116755 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0.39 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→81.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 21 421 3800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.9514850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.13937475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7715510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.36223.826149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29815590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4221536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.2536781
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.9795249
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.48156914
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 431 -
Rwork0.302 8499 -
obs--99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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