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万見
- PDB-6ehe: OmpTdeltaL8 (loop L8 deletion mutant of OmpT), an outer membrane ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehe
タイトルOmpTdeltaL8 (loop L8 deletion mutant of OmpT), an outer membrane protein of Vibrio cholerae
要素OmpT protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / Porin / OmpF or OmpC ortholog / ion-transport / membrane beta barrel / ion-channel / diffusion porin / diffusion channel / non-specific porin.
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / OmpT protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.312 Å
データ登録者van den berg, B. / Pathania, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiatives Joint Undertaking115525 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Unusual Constriction Zones in the Major Porins OmpU and OmpT from Vibrio cholerae.
著者: Pathania, M. / Acosta-Gutierrez, S. / Bhamidimarri, S.P. / Basle, A. / Winterhalter, M. / Ceccarelli, M. / van den Berg, B.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OmpT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,33412
ポリマ－34,7401
非ポリマー2,59411
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.480, 128.410, 171.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 OmpT protein


分子量: 34739.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: OmpTdeltaL8 is 18 residue deletion from the L8 loop of OmpT (Thr294 to Thr309, in mature sequence).
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
遺伝子: ompT, VC0395_A1445 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AME7
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.05 magnesium acetate, 0.1 M glycine, 32% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→85.84 Å / Num. obs: 18688 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル最高解像度: 2.31 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EHD

6ehd


解像度: 2.312→52.271 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 905 4.84 %
Rwork0.2247 --
obs0.2269 18684 86.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.312→52.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 86 39 2460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1133320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4661884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.312-2.45690.2792740.21551378X-RAY DIFFRACTION41
2.4569-2.64650.31411390.25682629X-RAY DIFFRACTION78
2.6465-2.91290.30531650.25023395X-RAY DIFFRACTION99
2.9129-3.33430.30851570.24773386X-RAY DIFFRACTION99
3.3343-4.20060.26581740.21243419X-RAY DIFFRACTION99
4.2006-52.28420.24831960.21333572X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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