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- PDB-6efx: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6efx
タイトルCrystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A in complex with AMPPNP
要素ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
キーワードLYASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / ATP / YjeF / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / metabolite repair / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / NAD(P)H-hydrate dehydratase / YjeF C-terminal domain profile. / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A in complex with AMPPNP
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9905
ポリマ－38,3021
非ポリマー6884
水3,909217
1
A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,97910
ポリマ－76,6042
非ポリマー1,3758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
2
A: ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,91640
ポリマ－306,4168
非ポリマー5,50032
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_445-y-1,-x-1,-z1
Buried area33650 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area87530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.340, 85.340, 187.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

21A-706-

HOH

31A-717-

HOH

詳細Per size exclusion chromatography the protein appears to be a dimer. However, PISA describes a very convincing crystallographic octamer. With these conflicting pieces of information the actual oligomeric structure remains unclear.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / ATP-dependent NAD(P)HX dehydratase / CrneC.19313.a


分子量: 38301.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05097
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J9VIT7, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase

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非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen, condition D3: 49% PEG 200, 100mM KH2PO4/Na2HPO4 pH 5.7, 100mM NaCl: CrneC.19313.a.B1.PS38377 at 15mg/ml + 2.5mM MgCl2 + 2.5mM AMPPNP: ...詳細: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen, condition D3: 49% PEG 200, 100mM KH2PO4/Na2HPO4 pH 5.7, 100mM NaCl: CrneC.19313.a.B1.PS38377 at 15mg/ml + 2.5mM MgCl2 + 2.5mM AMPPNP: cryo: 10% EG + compounds: tray 301295g1, puck HWU2-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.982 Å / Num. obs: 23914 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.728 % / Biso Wilson estimate: 31.002 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 22.84 / Num. measured all: 256552 / Scaling rejects: 256
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.057.0460.5743.4112133172317220.8890.6299.9
2.05-2.117.7730.4524.713330171617150.9360.48599.9
2.11-2.178.6270.3696.0614062163116300.9690.39399.9
2.17-2.249.2030.3187.5614807160916090.9750.337100
2.24-2.319.780.2689.1315139155215480.9880.28399.7
2.31-2.3910.7420.2410.7416177150915060.9910.25299.8
2.39-2.4812.130.20613.3317600145214510.9930.21599.9
2.48-2.5812.1790.17814.8517209141514130.9950.18699.9
2.58-2.712.2150.16116.0816332133913370.9960.16899.9
2.7-2.8312.2090.12619.9215872130113000.9970.13299.9
2.83-2.9812.2160.11321.4415013123212290.9980.11899.8
2.98-3.1612.230.08328.1414383117811760.9990.08799.8
3.16-3.3812.1920.06634.1913472110511050.9990.069100
3.38-3.6512.1380.04945.9312514103110310.9990.051100
3.65-412.0970.03953.961161396096010.041100
4-4.4711.9650.03462.111045787587410.03599.9
4.47-5.1611.9230.03263.23926477777710.033100
5.16-6.3211.7350.04252.8178746716710.9990.044100
6.32-8.9411.3920.02962.46607253353310.031100
8.94-46.9829.8750.02172.8322933632710.02397.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted structure from Robetta

解像度: 2→46.982 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.81
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 1921 8.04 %0
Rwork0.1637 ---
obs0.1675 23905 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.17 Å2 / Biso mean: 29.4625 Å2 / Biso min: 5.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 41 221 2802
Biso mean--34.39 38.26 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d02706
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.933693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d161651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.050.28191430.197715141657
2.05-2.10550.23661400.176315481688
2.1055-2.16740.24541470.161715211668
2.1674-2.23740.21421160.163615701686
2.2374-2.31730.21591260.158215561682
2.3173-2.41010.19221430.161615291672
2.4101-2.51980.24571410.16215631704
2.5198-2.65270.20121260.164115641690
2.6527-2.81880.22641310.167415531684
2.8188-3.03640.21531500.173215671717
3.0364-3.34190.24011310.167415721703
3.3419-3.82530.20231420.149416021744
3.8253-4.81870.16041340.14516141748
4.8187-46.99540.21171510.181617111862
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95530.32860.40741.03170.54591.64650.02120.0465-0.0171-0.11910.02890.0194-0.13330.0872-0.07780.1653-0.02210.01640.14880.02570.1658-29.6269-27.6349-23.8417
23.1967-0.33971.25821.9175-0.61453.8602-0.01090.54360.2255-0.69570.04330.0586-0.2799-0.01020.01720.2782-0.04140.01860.25020.05760.1676-27.0249-25.0388-37.4678
33.6006-0.09511.13931.1132-0.48982.9867-0.150.78830.1463-0.15340.089-0.1478-0.29830.71110.02120.2543-0.07520.05550.3810.01780.2059-15.1467-26.8724-34.1684
43.46611.6146-0.52432.4733-0.47171.60550.03870.02310.09170.07290.0153-0.366-0.14390.4972-0.02150.1655-0.0088-0.00230.3235-0.01390.2695-5.9239-28.8707-18.6639
51.0734-0.23460.04085.1277-0.38590.82310.0340.01370.22560.1-0.0325-0.2406-0.20290.09170.00050.1236-0.0180.00730.1444-0.00510.1531-21.3204-23.6512-15.3454
60.48780.67610.92245.31656.05086.7746-0.1213-0.08340.0930.1053-0.01670.3214-0.1223-0.1450.16340.14640.0011-0.01330.15130.0170.17-28.1088-28.95-8.3867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 90 )A0 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 117 )A91 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 180 )A118 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 249 )A181 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 250 through 316 )A250 - 316
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 317 through 346 )A317 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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