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- PDB-6eeq: Crystal structure of Rhodiola rosea 4-hydroxyphenylacetaldehyde s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eeq
タイトルCrystal structure of Rhodiola rosea 4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase
要素4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase
キーワードLYASE / Aromatic Amino Acid Decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase / carboxylic acid metabolic process / carboxy-lyase activity / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodiola rosea (イワベンケイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.60008608017 Å
データ登録者Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for divergent and convergent evolution of catalytic machineries in plant aromatic amino acid decarboxylase proteins.
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structural basis for independent origins of new catalytic machineries in plant AAAD proteins
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.-C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6601
ポリマ－54,6601
非ポリマー00
水19811
1
A: 4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase

A: 4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3212
ポリマ－109,3212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12220 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area30910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.360, 118.360, 67.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylacetaldehyde synthase


分子量: 54660.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodiola rosea (イワベンケイ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I6B3P0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.21M potassium thiocyanate and 22% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→118.42 Å / Num. obs: 18852 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 60.0503651922 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / CC1/2: 0.486

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.60008608017→83.6931586212 Å / SU ML: 0.438989966024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34748813583 / 位相誤差: 30.6854141544
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268520764772 1518 10.0138531565 %
Rwork0.210861163103 --
obs0.216565229469 15159 99.953844125 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.7974811471 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.60008608017→83.6931586212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 0 11 3678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005718347451743776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7509455101965123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447342893615574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00356236801322657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.23348924111383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.6840.449027461751340.3303046361091202X-RAY DIFFRACTION99.6271439224
2.684-2.77990.4273853016671350.3287303122671214X-RAY DIFFRACTION100
2.7799-2.89130.3532023921071360.2933378437681222X-RAY DIFFRACTION100
2.8913-3.02280.3668099461091360.2659168535341217X-RAY DIFFRACTION100
3.0228-3.18220.3471327165731340.2714521866361211X-RAY DIFFRACTION100
3.1822-3.38160.3308690024061360.2622028074221230X-RAY DIFFRACTION100
3.3816-3.64270.2939345709411370.216195291661230X-RAY DIFFRACTION100
3.6427-4.00930.2673799053681390.1925169021381241X-RAY DIFFRACTION100
4.0093-4.58940.2092451935361380.1759839379631246X-RAY DIFFRACTION100
4.5894-5.7820.2217817538951410.1697252625381271X-RAY DIFFRACTION100
5.782-83.73650.2161058339361520.1852141633711357X-RAY DIFFRACTION99.8676373263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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