[日本語] English
万見
- PDB-6eep: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Legionella... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eep
タイトルCrystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Legionella pneumophila
要素Ribose-5-phosphate isomerase A
キーワードISOMERASE / SSGCID / pentose phosphate pathway / ribose-5-phosphate / ribulose-5-phosphate / carbohydrate degradation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribose-5-phosphate isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Legionella pneumophila
著者: Braverman, K.N. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
B: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6904
ポリマ－46,6442
非ポリマー462
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.630, 67.930, 74.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI


分子量: 23321.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: rpiA, lpg0094 / プラスミド: LepnA.00944.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZZB7, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: LepnA.00944.a.B1.PS38423 at 22.85 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(B8): 25.5% (w/v) PEG-4,000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris Base / Hydrochloric, 0.17 M Sodium Acetate, pH = 8.5. Tray: 300294b8. Puck: jve-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→32.19 Å / Num. obs: 37853 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.117 % / Biso Wilson estimate: 33.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 13.97 / Num. measured all: 155837 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.94.2420.5482.5428200.8130.62697.3
1.9-1.954.2790.4143.3526750.8840.47397.4
1.95-2.014.2660.3234.3526360.9180.36997.9
2.01-2.074.2590.2395.7625710.9540.27397.9
2.07-2.144.2430.1986.8524720.970.22797.6
2.14-2.214.2250.1668.2524010.9760.1998.1
2.21-2.294.1840.1399.7323310.9810.15997.9
2.29-2.394.1760.11611.2122430.9880.13497.6
2.39-2.494.1460.10212.5721670.9910.11897.9
2.49-2.624.1020.08115.0820380.9930.09397.8
2.62-2.764.040.06517.3919680.9950.07598.3
2.76-2.933.9960.05620.1718430.9960.06597.8
2.93-3.133.9780.0522.8417570.9960.05897.8
3.13-3.383.9580.04425.8516040.9960.05197.2
3.38-3.73.9060.03928.4915030.9970.04597.3
3.7-4.143.9030.03629.8313550.9980.04198
4.14-4.783.8710.03431.0811860.9970.0496.9
4.78-5.853.880.03130.910250.9970.03698.7
5.85-8.273.8520.03230.758160.9970.03798.7
8.27-32.193.6470.03231.974420.9970.03795.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3219)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X84

4x84


解像度: 1.85→32.19 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 2210 6.12 %random
Rwork0.1578 ---
obs0.1613 36108 93.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.24 Å2 / Biso mean: 30.0075 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→32.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3219 0 2 431 3652
Biso mean--35.04 38.75 -
残基数----435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.89030.28681390.22591857199683
1.8903-1.93420.2911220.21851924204685
1.9342-1.98260.23081340.2012035216990
1.9826-2.03620.24881400.18442027216791
2.0362-2.09610.24961510.18222067221892
2.0961-2.16370.25931360.17112074221093
2.1637-2.2410.20521360.17632142227894
2.241-2.33070.23471180.16062141225994
2.3307-2.43680.2371500.17922126227695
2.4368-2.56520.24411470.17582164231196
2.5652-2.72590.2531550.16912160231596
2.7259-2.93620.21221280.17112200232897
2.9362-3.23140.22721410.16622209235097
3.2314-3.69840.18431400.14462230237097
3.6984-4.65740.1941400.12322219235998
4.6574-32.19530.17791330.13552323245699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1874-0.5883-3.66466.68610.66363.23440.00110.1301-0.62180.1049-0.2388-0.02080.0566-0.03550.15690.186-0.0225-0.02080.1324-0.00040.184315.5246-7.325412.2857
25.1376-0.33993.9360.3655-0.00543.1710.3593-0.5783-0.85160.139-0.0589-0.0030.3301-0.183-0.25730.2917-0.00960.00160.18660.06930.261910.0306-14.736816.3365
32.5906-0.37930.84180.6814-0.0660.9889-0.2071-0.46170.3530.23880.0701-0.002-0.2155-0.02260.13240.21380.0007-0.00850.2256-0.0550.19094.34725.176623.7097
45.9224-1.679-2.87465.27761.28234.94980.0924-0.11360.6375-0.30390.0138-0.3752-0.7280.0669-0.12430.24730.0088-0.07110.1510.02630.24190.141211.409313.3467
52.4276-0.49720.59171.3416-0.22591.7121-0.1028-0.56820.3360.2119-0.0512-0.0127-0.2239-0.09340.15490.23770.011-0.01980.2696-0.07430.203-2.4545.895925.3831
63.87295.51750.63878.15480.94454.1230.6588-1.6555-0.34691.2347-0.6478-0.79480.10270.2376-0.00760.37280.0258-0.15910.5481-0.04730.326919.75461.602234.985
77.5726-0.7708-1.01817.5627-1.02116.81660.1304-0.2105-0.324-0.5176-0.12430.89570.2739-0.66470.06910.1512-0.0322-0.04390.26220.03480.3212-35.9548-1.5117-0.4299
87.8631-3.9943-0.63472.2661-0.30897.8367-0.11390.30950.49240.1381-0.04090.6451-0.7111-0.43570.10180.1770.0322-0.05390.2108-0.02180.3531-27.084211.8291.986
95.48740.36710.57225.7498-2.97175.8373-0.1140.12720.4558-0.2390.13780.3915-0.3436-0.4097-0.04260.18420.0304-0.01810.153-0.02410.1751-27.3977.5449-3.7025
108.7255-7.71056.56767.3263-6.1875.47330.22840.4197-0.0678-0.3122-0.217-0.0111-0.19230.6137-0.03020.2153-0.01070.02520.1551-0.0290.2092-18.09723.9768-4.5351
117.6971.14253.35961.5465-0.88232.9001-0.0945-0.17350.4678-0.04590.04890.36-0.30120.0448-0.01770.27610.0462-0.01780.1337-0.02930.3258-17.976414.34673.0929
125.92580.29420.29546.8726-1.85794.0208-0.0079-0.4445-0.12590.30510.05880.4546-0.0059-0.3402-0.03360.1425-0.01440.00460.1968-0.03880.1817-26.3885-2.074212.6811
133.8588-0.1811.11132.0658-0.82891.4567-0.0024-0.156-0.11210.06820.01730.23430.0872-0.2227-0.01330.1753-0.0190.03460.1756-0.02140.1361-23.0319-2.377111.5697
144.1963.9065-5.03373.615-4.66446.13070.1052-0.3436-0.6887-0.07930.0091-0.30050.29260.0167-0.0210.2573-0.0338-0.00750.21680.06320.2588-4.3442-12.577219.1841
151.51160.02760.13972.43380.36645.5769-0.09220.0304-0.4046-0.2979-0.2321-0.1970.79940.09640.31610.26480.04480.0570.1632-0.01810.2645-9.9163-11.83328.9166
163.5564-0.83650.61071.5303-0.72082.37440.0606-0.4181-0.04570.1615-0.07290.1120.0495-0.24110.01240.213-0.04190.02650.2237-0.0080.1636-16.7768-5.414319.5444
176.79872.79765.06098.53714.71475.03360.0554-0.6810.38440.1423-0.45211.01890.011-1.53020.39140.2087-0.0130.0150.4319-0.02840.3903-38.9611-1.05389.4031
185.21521.32892.43415.60191.00535.5445-0.1068-0.2656-0.1415-0.0040.1527-0.30120.09940.3146-0.0290.1490.03070.03080.25860.02230.152721.1184-4.482324.3166
196.9659-5.0591-3.73974.21024.39597.2107-0.0704-0.2672-0.11260.30330.0829-0.43570.3980.4343-0.02840.1733-0.0086-0.02840.26820.01590.227223.4216-5.686718.6395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 44 through 61 )B44 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 62 through 75 )B62 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 76 through 147 )B76 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 148 through 164 )B148 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 165 through 202 )B165 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 203 through 216 )B203 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid -1 through 15 )A-1 - 15
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 16 through 27 )A16 - 27
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 28 through 49 )A28 - 49
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 50 through 61 )A50 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 62 through 75 )A62 - 75
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 76 through 97 )A76 - 97
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 98 through 134 )A98 - 134
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 135 through 148 )A135 - 148
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 149 through 164 )A149 - 164
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 165 through 202 )A165 - 202
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 203 through 216 )A203 - 216
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 0 through 27 )B0 - 27
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 28 through 43 )B28 - 43

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る