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- PDB-6een: Crystal structure of a designer Pentatrico Peptide RNA binding pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6een
タイトルCrystal structure of a designer Pentatrico Peptide RNA binding protein, bound to a complex RNA target and featuring an infinite superhelix and microheterogeneity.
要素
  • (Designer Pentatricopeptide Protein ...) x 4
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Complex / PPR / RNA / Helical disorder / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Schmidberger, J.W. / Bond, C.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a designer Pentatrico Peptide RNA binding protein, bound to a complex RNA target and featuring an infinite superhelix and microheterogeneity.
著者: Schmidberger, J.W. / Bond, C.S.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10
B: Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10
C: Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10
D: Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
H: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
I: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1118
ポリマ－151,1118
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, The protein is observed to bind to the RNA target. The actual target is GUAUCCUUAACCAUUUC. It was built as superposed poly X chains with occupancies matching ...根拠: isothermal titration calorimetry, The protein is observed to bind to the RNA target. The actual target is GUAUCCUUAACCAUUUC. It was built as superposed poly X chains with occupancies matching their frequency in the actual sequence mentioned above.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.347, 51.647, 51.972
Angle α, β, γ (deg.)118.120, 97.210, 96.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細this protein:RNA dimer assembly is represented as an octameric assembly due to structural disorder/microheterogeneity resulting in the structure being refined as 4 protein chains (partially occupied) + 4 RNA chains (partially occupied)

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要素

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Designer Pentatricopeptide Protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10


分子量: 34936.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10


分子量: 35053.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10


分子量: 34927.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Designer Pentatricopeptide Protein dPPR10


分子量: 34801.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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RNA鎖 , 4種, 4分子 FGHI

#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3061.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ)
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ)
#7: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ)
#8: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2701.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ)

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非ポリマー , 1種, 214分子

#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The structure features an infinite superhelix that has inherent helical disorder. This means we ...The structure features an infinite superhelix that has inherent helical disorder. This means we don't know where it begins and ends. This leads to map averaging at each position in the repeating helix. The highly redundant design of the protein means this averaging is not an issues except at positions 5 and 35 of each repeat that change to bind different bases in the target RNA. Also, the target RNA will average out. The solution to this was to build the structure as four superposed chains for the protein and four superposed chains for the RNA. Each case adding up to an occupancy of 1.
配列の詳細Protein is designed based on a consensus sequence of many PPR proteins. Chains A to D are ...Protein is designed based on a consensus sequence of many PPR proteins. Chains A to D are repetitions of the same single chain with microheterogeneity at positions 5 and 35. The protein is observed to bind to the RNA target. The actual target sequence is GUAUCCUUAACCAUUUC. Because of infinite nature of superhelix, it was built as superposed poly X chains with occupancies matching their frequency in the actual sequence mentioned above.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Mg Acetate, 0.05 M MES pH 5.6, 20% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953737 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→44.92 Å / Num. obs: 25127 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 50507
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.01-2.061.60.305288417870.7860.2770.4132.190.8
8.98-44.921.90.0365442850.9850.0340.04924.299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i9f

5i9f


解像度: 2.01→44.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2435 / WRfactor Rwork: 0.177 / FOM work R set: 0.8049 / SU B: 17.923 / SU ML: 0.477 / SU Rfree: 0.3423 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1207 4.8 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.1862 23919 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.79 Å2 / Biso mean: 32.183 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å2-1.12 Å2-1.42 Å2
2---0.06 Å2-0.17 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→44.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9776 765 0 214 10755
Biso mean---35.37 -
残基数----1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01410736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.62914599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2061.68823703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.9535.2341283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.55825.172435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.49151979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0191536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021769
LS精密化 シェル解像度: 2.008→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 60 -
Rwork0.295 1719 -
all-1779 -
obs--90.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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