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- PDB-6edm: Structure of apo-CDD-1 beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6edm
タイトルStructure of apo-CDD-1 beta-lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / class D / apo protein / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: The crystal structures of CDD-1, the intrinsic class D beta-lactamase from the pathogenic Gram-positive bacterium Clostridioides difficile, and its complex with cefotaxime.
著者: Stewart, N.K. / Smith, C.A. / Toth, M. / Stasyuk, A. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1696
ポリマ－28,6881
非ポリマー4805
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.201, 123.201, 123.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

21A-662-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28688.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: blaR1_1, BGU81_18485, SAMEA3374989_01677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160YKM3, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 3.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→39 Å / Num. obs: 63142 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.265 / Rrim(I) all: 0.949 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→38.96 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 3100 4.92 %
Rwork0.1536 59971 -
obs0.155 63071 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.77 Å2 / Biso mean: 22.6843 Å2 / Biso min: 12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2016 0 25 295 2336
Biso mean--63.81 31.74 -
残基数----251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.42190.241490.18932617276699
1.4219-1.44520.19131400.157626652805100
1.4452-1.47010.19351350.150226942829100
1.4701-1.49690.19941410.144726762817100
1.4969-1.52560.17631370.139726962833100
1.5256-1.55680.1681310.137427072838100
1.5568-1.59060.19921440.137126682812100
1.5906-1.62760.20321440.130226912835100
1.6276-1.66830.16671210.133127002821100
1.6683-1.71350.18351370.132427132850100
1.7135-1.76390.16011290.134827072836100
1.7639-1.82080.17211410.136627032844100
1.8208-1.88590.17651330.147927142847100
1.8859-1.96140.16831470.150527122859100
1.9614-2.05070.18571420.143927202862100
2.0507-2.15880.1611410.151527232864100
2.1588-2.2940.19451200.148427742894100
2.294-2.47110.17381550.161427222877100
2.4711-2.71970.19571420.164127682910100
2.7197-3.11310.19811590.173427702929100
3.1131-3.92160.16381710.152928042975100
3.9216-38.97470.18661410.156930273168100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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