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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6edh | |||||||||
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タイトル | Taurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine, and succinate | |||||||||
![]() | Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / hydroxylase / 2-oxo-glutarate / vanadyl ion | |||||||||
機能・相同性 | ![]() taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Davis, K.M. / Altmyer, M. / Boal, A.K. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a Ferryl Mimic in the Archetypal Iron(II)- and 2-(Oxo)-glutarate-Dependent Dioxygenase, TauD. 著者: Davis, K.M. / Altmyer, M. / Martinie, R.J. / Schaperdoth, I. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M. / Boal, A.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 494.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32453.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: tauD, ssiD, yaiG, b0368, JW0360 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 309分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/VVO.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/TAU.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/VVO.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/TAU.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SIN / | #5: 化合物 | ChemComp-TAU / | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na acetate, pH 4.25, and 24% (w/v) PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→36.53 Å / Num. obs: 58939 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4529191957 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 23.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 5830 / Rpim(I) all: 0.325 / % possible all: 99.25 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GY9A 解像度: 1.73000401657→36.3536405369 Å / SU ML: 0.17106013969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3364822269 / 位相誤差: 20.8119327506
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.4592989629 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73000401657→36.3536405369 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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