[日本語] English
万見
- PDB-6edh: Taurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6edh
タイトルTaurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine, and succinate
要素Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylase / 2-oxo-glutarate / vanadyl ion
機能・相同性
機能・相同性情報


taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SUCCINIC ACID / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / oxovanadium(2+) / Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73000401657 Å
データ登録者Davis, K.M. / Altmyer, M. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119707 米国
Arnold and Mabel Beckman Foundation 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structure of a Ferryl Mimic in the Archetypal Iron(II)- and 2-(Oxo)-glutarate-Dependent Dioxygenase, TauD.
著者: Davis, K.M. / Altmyer, M. / Martinie, R.J. / Schaperdoth, I. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M. / Boal, A.K.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,88210
ポリマ－64,9072
非ポリマー9758
水5,423301
1
A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子

A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子

B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子

B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,76320
ポリマ－129,8144
非ポリマー1,95016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_444-x-1/2,y-1/2,-z-11
crystal symmetry operation4_554x+1/2,-y+1/2,-z-11
Buried area9140 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area46480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.410, 54.199, 87.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-488-

HOH

21B-406-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase / 2-aminoethanesulfonate dioxygenase / Sulfate starvation-induced protein 3 / SSI3


分子量: 32453.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: tauD, ssiD, yaiG, b0368, JW0360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37610, taurine dioxygenase

-
非ポリマー , 8種, 309分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-VVO / oxovanadium(2+)


分子量: 66.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID


分子量: 125.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na acetate, pH 4.25, and 24% (w/v) PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→36.53 Å / Num. obs: 58939 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4529191957 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 23.27
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 5830 / Rpim(I) all: 0.325 / % possible all: 99.25

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GY9A

解像度: 1.73000401657→36.3536405369 Å / SU ML: 0.17106013969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3364822269 / 位相誤差: 20.8119327506
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204767620386 1712 2.90607866103 %
Rwork0.182788808811 --
obs0.183402761187 58911 98.9668380204 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.4592989629 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73000401657→36.3536405369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 6 301 4848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005057452104074729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7391420577996444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512155479686687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00445052146303850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.779264731717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.78090.2859377528891410.2326688307064717X-RAY DIFFRACTION99.2035940372
1.7809-1.83840.2539155084261410.2164065509314698X-RAY DIFFRACTION99.3226600985
1.8384-1.90410.2237342886911410.205532731644740X-RAY DIFFRACTION99.1670052824
1.9041-1.98030.2473671512071410.1920816558984680X-RAY DIFFRACTION98.8112318098
1.9803-2.07040.2452655059261410.1829213975644724X-RAY DIFFRACTION98.982706002
2.0704-2.17960.211519763021420.178964088954741X-RAY DIFFRACTION98.8661672403
2.1796-2.31610.2187011083891420.1810313220164719X-RAY DIFFRACTION99.1029561672
2.3161-2.49490.2175646090071410.1838334651084745X-RAY DIFFRACTION98.6472844741
2.4949-2.74590.210838440061420.1833760019414753X-RAY DIFFRACTION98.6298609712
2.7459-3.14310.2218901815441430.1876436538154767X-RAY DIFFRACTION98.5350190648
3.1431-3.95920.1758139290571470.1797836118334875X-RAY DIFFRACTION99.5243757432
3.9592-36.36170.1847609562341500.1739888382015040X-RAY DIFFRACTION98.8194973343

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る