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- PDB-6ecx: StiE O-MT residues 942-1257 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ecx
タイトルStiE O-MT residues 942-1257
要素StiE protein
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, methyltransferase domain / Methyltransferase in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily ...Polyketide synthase, methyltransferase domain / Methyltransferase in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / StiE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Skiba, M.A. / Bivins, M.B. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008353 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Polyketide Synthase O-Methylation.
著者: Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Schultz, J.R. / Bernard, S.M. / Fiers, W.D. / Dan, Q. / Kulkarni, S. / Wipf, P. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: StiE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8096
ポリマ－36,0421
非ポリマー7675
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.565, 88.565, 86.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1449-

HOH

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要素

#1: タンパク質 StiE protein


分子量: 36042.336 Da / 分子数: 1 / 断片: oxygen methyltransferase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
遺伝子: stiE / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RJY2
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.282 Å / Num. obs: 27564 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.003 % / Biso Wilson estimate: 48.288 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 21.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-2.0113.2191.9371.2843400.592.01599.6
2.01-2.1512.9831.0532.4641220.8271.096100
2.15-2.3313.2450.5125.138500.9510.533100
2.33-2.5513.0530.2948.7235460.9840.305100
2.55-2.8513.1160.15516.0532390.9950.162100
2.85-3.2813.0840.0753128800.9990.078100
3.28-4.0213.0230.0456.4924610.9990.041100
4.02-5.6612.3840.0374.28195110.031100
5.66-44.28211.7980.02778.8117110.02899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.46 Å44.28 Å
Translation6.46 Å44.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.282 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 1371 4.97 %
Rwork0.1831 --
obs0.185 27550 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.52 Å2 / Biso mean: 70.3258 Å2 / Biso min: 29.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→44.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2282 0 51 119 2452
Biso mean--71.41 61.63 -
残基数----283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8999-1.93640.31721550.32772599275497
1.9364-1.9760.32131380.307427342872100
1.976-2.01890.31741530.29927352888100
2.0189-2.06590.34041370.279626922829100
2.0659-2.11760.30711360.272527382874100
2.1176-2.17480.32321450.242927162861100
2.1748-2.23880.25471470.213627252872100
2.2388-2.31110.23611400.220527182858100
2.3111-2.39370.22511440.203727232867100
2.3937-2.48950.23911350.200727342869100
2.4895-2.60280.22111380.190927192857100
2.6028-2.740.22181370.183327282865100
2.74-2.91160.23471330.178127312864100
2.9116-3.13640.22211480.18927192867100
3.1364-3.45190.20721590.174727102869100
3.4519-3.95110.23861390.160227262865100
3.9511-4.97690.17921240.138227342858100
4.9769-44.29450.19591510.184327182869100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.463-4.0652-4.62114.52460.66125.939-0.35551.4719-0.0262-1.26520.10910.10890.3723-0.90520.04220.8177-0.2691-0.00661.17090.01420.7887-3.3956-18.2164-26.5911
28.0847-1.3685-1.06714.7687-2.8596.3334-0.19771.575-1.2872-1.6062-0.2176-0.74071.14650.27070.45940.8879-0.16530.25980.7714-0.19680.74531.8063-26.7325-26.6544
31.88120.1025-0.74144.86932.32053.07830.05420.2984-0.3261-0.9146-0.10410.2332-0.1404-0.03850.00740.5194-0.0103-0.13210.28590.00140.4068-19.8711-29.3128-18.7155
44.6187-0.3886-1.92752.01150.47853.05180.45160.55110.3433-0.5995-0.1076-0.3393-0.88330.2596-0.30180.6625-0.10340.05060.39360.04350.4252-10.0659-12.5865-17.9539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 948 through 989 )A948 - 989
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 990 through 1018 )A990 - 1018
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1019 through 1120 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1121 through 1257 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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