PDB-6ecv: StiD O-MT residues 976-1266

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ecv

タイトル

StiD O-MT residues 976-1266

要素

StiD protein

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stigmatella aurantiaca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK042303	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA108874	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008353	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Polyketide Synthase O-Methylation.
著者: Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Schultz, J.R. / Bernard, S.M. / Fiers, W.D. / Dan, Q. / Kulkarni, S. / Wipf, P. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.

履歴

登録	2018年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ecv.cif.gz	255.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ecv.ent.gz	204.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ecv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ecv_validation.pdf.gz	983.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ecv_full_validation.pdf.gz	988.8 KB	表示
XML形式データ	6ecv_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	6ecv_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ectC 6ecuC 6ecwC 6ecxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ecu-d 6ecw-d 6xsz-2 4kxx-d 5kd8-d 5kds-d 5e9j-d 5kdn-d 1nss-d 6iog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

B: StiD protein

A: StiD protein

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.182, 56.175, 72.251
Angle α, β, γ (deg.)	86.310, 84.890, 75.810
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	StiD protein 分子量: 35542.961 Da / 分子数: 2 / 断片: oxygen methyltransferase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア) 遺伝子: stiD / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RJY3
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NaF

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.798→42.494 Å / Num. obs: 54842 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.531 % / B_iso Wilson estimate: 27.91 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.966 / Net I/σ(I): 9.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.91	3.467	0.667	1.82	8699	0.662	0.792	94.5
1.91-2.04	3.447	0.387	3.3	8246	0.857	0.46	95.9
2.04-2.2	3.68	0.215	5.67	7767	0.96	0.252	96.6
2.2-2.41	3.552	0.133	8	7166	0.98	0.157	97.1
2.41-2.69	3.541	0.094	10.93	6520	0.987	0.112	97.6
2.69-3.11	3.665	0.068	15.6	5752	0.992	0.08	97.9
3.11-3.8	3.383	0.054	19.92	4834	0.994	0.065	97.1
3.8-5.36	3.55	0.049	24.11	3756	0.995	0.057	98
5.36-42.494	3.423	0.05	24.56	2102	0.996	0.058	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.798→42.494 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	1995	3.63 %
R_work	0.1674	-	-
obs	0.1684	54837	95.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.24 Å² / B_iso mean: 42.8564 Å² / B_iso min: 14.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.798→42.494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4487	0	53	314	4854
B_iso mean	-	-	54.12	45.66	-
残基数	-	-	-	-	564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7978-1.8197	0.3625	130	0.3661	3492	3622	87
1.8197-1.8427	0.3975	136	0.3695	3656	3792	94
1.8427-1.867	0.4019	136	0.339	3620	3756	94
1.867-1.8926	0.357	139	0.3161	3708	3847	95
1.8926-1.9196	0.3568	140	0.3061	3703	3843	94
1.9196-1.9482	0.3288	134	0.2605	3615	3749	94
1.9482-1.9787	0.2591	135	0.2409	3618	3753	93
1.9787-2.0111	0.2577	149	0.2341	3851	4000	95
2.0111-2.0458	0.2723	135	0.2191	3605	3740	95
2.0458-2.083	0.257	141	0.213	3747	3888	95
2.083-2.1231	0.2292	140	0.2058	3698	3838	95
2.1231-2.1664	0.2144	139	0.1957	3677	3816	95
2.1664-2.2135	0.2256	139	0.1742	3726	3865	95
2.2135-2.265	0.1873	141	0.1643	3789	3930	96
2.265-2.3216	0.2045	139	0.1705	3711	3850	96
2.3216-2.3844	0.2268	144	0.1639	3766	3910	96
2.3844-2.4546	0.2197	139	0.1667	3743	3882	96
2.4546-2.5338	0.1923	143	0.1651	3787	3930	97
2.5338-2.6243	0.1882	142	0.174	3733	3875	96
2.6243-2.7294	0.2283	141	0.1666	3768	3909	97
2.7294-2.8536	0.1915	146	0.1675	3866	4012	97
2.8536-3.004	0.2365	138	0.1783	3694	3832	97
3.004-3.1921	0.1892	142	0.1736	3771	3913	96
3.1921-3.4385	0.191	144	0.1545	3739	3883	96
3.4385-3.7843	0.1596	140	0.1387	3712	3852	95
3.7843-4.3315	0.1276	145	0.1223	3727	3872	96
4.3315-5.4554	0.1188	139	0.1193	3731	3870	95
5.4554-42.5059	0.1752	145	0.1372	3767	3912	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1872	-0.4255	-0.1667	2.2165	-0.5717	8.2544	-0.1132	-0.658	-0.207	0.525	0.2753	0.1459	0.1748	-0.4181	-0.1274	0.3206	0.0274	0.0406	0.4239	0.0214	0.23	-41.0979	42.2403	49.7133
2	6.4695	0.579	0.5015	6.769	-0.9399	5.6546	0.0149	-0.6611	-0.7392	0.524	0.077	0.2659	0.5585	-0.1401	-0.0864	0.3004	-0.0139	0.0427	0.1639	0.0126	0.2787	-36.3324	29.4895	33.7626
3	2.2242	0.5522	-0.049	6.0692	-0.1454	1.5681	0.0016	-0.1206	0.1067	0.2962	-0.016	-0.2998	0.1591	0.3035	-0.0049	0.145	0.0251	-0.0135	0.2116	-0.0327	0.2181	-26.652	40.3254	28.9076
4	1.6942	0.0665	-0.6425	1.9762	-2.2648	7.6468	0.0221	-0.3596	0.0396	0.4056	-0.1347	-0.2115	-0.1615	0.3332	0.1213	0.1822	-0.0253	-0.0375	0.247	-0.0629	0.282	-31.2368	49.5355	40.1234
5	3.7545	0.0342	-0.3994	8.2699	-2.72	4.3864	-0.0962	0.3338	0.1007	-0.5373	-0.0195	-0.3626	-0.6277	0.1701	0.1389	0.4327	-0.0281	0.0755	0.2718	0.0289	0.2984	-37.747	82.7425	4.62
6	2.8006	1.2746	-0.6143	3.262	-4.8951	7.9762	-0.0164	0.1043	0.2385	-0.537	-0.2715	-0.77	-0.4705	0.6014	0.3324	0.361	-0.0122	0.1658	0.3229	0.0095	0.39	-32.8475	73.5284	6.5725
7	4.0029	0.0578	-1.5958	2.0899	-0.0264	4.9955	0.0554	0.5558	0.0785	-0.9031	-0.0222	-0.0605	-0.1176	-0.1055	-0.0408	0.552	0.0491	0.0135	0.2901	-0.0322	0.2049	-44.9157	57.7181	-0.8173
8	1.0702	-0.1859	0.0466	4.7599	-1.5334	2.1875	0.1217	0.2373	0.1612	-0.3084	-0.0215	0.2017	-0.31	-0.1854	-0.1444	0.2533	0.0759	0.0237	0.2599	-0.0131	0.2223	-48.3022	70.414	12.1687
9	0.7703	0.5895	0.1034	1.9218	-2.6868	7.2869	0.2423	-0.2333	0.2006	0.4108	-0.379	0.0206	-0.5407	0.3052	0.1656	0.1182	0.0024	0.0388	0.227	-0.0484	0.2745	-42.9304	60.1119	24.6139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 978 through 1028 )	B	978 - 1028
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1029 through 1080 )	B	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1081 through 1170 )	B	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1171 through 1265 )	B	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 980 through 1007 )	A	980 - 1007
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1008 through 1028 )	A	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1029 through 1128 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1129 through 1243 )	A	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1244 through 1265 )	A	0

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