PDB-6ect: StiE O-MT residues 961-1257

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ect

タイトル

StiE O-MT residues 961-1257

要素

StiE protein

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stigmatella aurantiaca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK042303	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA108874	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008353	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Polyketide Synthase O-Methylation.
著者: Skiba, M.A. / Bivins, M.M. / Schultz, J.R. / Bernard, S.M. / Fiers, W.D. / Dan, Q. / Kulkarni, S. / Wipf, P. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.

履歴

登録	2018年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ect.cif.gz	143.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ect.ent.gz	110.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ect.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ect ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ect	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ecuC 6ecvC 6ecwC 6ecxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zc6-4 5usz-d 6pq9-d 3wf6-d 1pzx-2 1t65-d 2q1d-d 5ejv-2 4fbb-4 6g07-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: StiE protein

ヘテロ分子

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.866, 90.866, 84.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1463- HOH
2	1	A-1650- HOH
3	1	A-1685- HOH

#1: タンパク質	StiE protein 分子量: 36585.941 Da / 分子数: 1 / 断片: oxygen methyltransferase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア) 遺伝子: stiE / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RJY2
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3350, 0.1 M sodium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.42→40.637 Å / Num. obs: 67400 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 24.346 % / B_iso Wilson estimate: 25.822 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.051 / Net I/σ(I): 29.87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.42-1.5	21.832	0.969	3.2	10359	0.87	0.992	96
1.5-1.61	26.095	0.527	6.76	10200	0.972	0.538	100
1.61-1.74	25.629	0.298	11.55	9489	0.99	0.304	100
1.74-1.9	26.073	0.176	19.94	8744	0.997	0.179	99.9
1.9-2.12	24.181	0.1	34.75	7810	0.998	0.102	98.2
2.12-2.45	23.631	0.071	49.35	7013	0.999	0.073	99.1
2.45-3	24.529	0.051	65.38	6026	0.999	0.052	100
3-4.23	22.448	0.042	78.89	4745	1	0.043	100
4.23-40.637	22.59	0.038	84.05	2789	1	0.039	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.96 Å	40.64 Å
Translation	1.96 Å	40.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→40.637 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	2011	2.97 %
R_work	0.1673	-	-
obs	0.1678	67271	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.7 Å² / B_iso mean: 31.0993 Å² / B_iso min: 10.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.42→40.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2264	0	27	315	2606
B_iso mean	-	-	18.71	39.2	-
残基数	-	-	-	-	279

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4173-1.4353	0.3337	116	0.3068	3916	4032	85
1.4353-1.4542	0.2883	156	0.2649	4502	4658	98
1.4542-1.4741	0.2391	139	0.2352	4628	4767	100
1.4741-1.4951	0.2193	132	0.2288	4715	4847	100
1.4951-1.5175	0.212	125	0.2014	4657	4782	100
1.5175-1.5412	0.1983	167	0.1894	4589	4756	100
1.5412-1.5664	0.2406	145	0.184	4641	4786	100
1.5664-1.5934	0.1767	146	0.1841	4615	4761	100
1.5934-1.6224	0.2121	131	0.1832	4636	4767	100
1.6224-1.6536	0.1716	141	0.1692	4634	4775	100
1.6536-1.6874	0.1677	132	0.1677	4631	4763	100
1.6874-1.7241	0.1919	147	0.16	4629	4776	100
1.7241-1.7642	0.1689	148	0.1638	4619	4767	100
1.7642-1.8083	0.2002	139	0.1703	4642	4781	100
1.8083-1.8572	0.1689	139	0.1658	4644	4783	100
1.8572-1.9118	0.2095	154	0.1813	4546	4700	99
1.9118-1.9735	0.2128	146	0.2142	4576	4722	98
1.9735-2.0441	0.1992	130	0.1682	4597	4727	100
2.0441-2.1259	0.2062	152	0.1689	4627	4779	100
2.1259-2.2227	0.1607	143	0.1564	4650	4793	100
2.2227-2.3398	0.1588	141	0.1818	4559	4700	98
2.3398-2.4864	0.1946	138	0.1647	4606	4744	100
2.4864-2.6784	0.206	135	0.1617	4647	4782	100
2.6784-2.9478	0.1956	145	0.164	4625	4770	100
2.9478-3.3742	0.1603	131	0.1585	4658	4789	100
3.3742-4.2504	0.1717	138	0.1435	4633	4771	100
4.2504-40.6532	0.1729	136	0.1571	4644	4780	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8245	0.2004	-0.0626	1.9947	0.7702	1.1588	0.0087	0.0774	-0.0345	-0.035	-0.0199	0.0512	0.0613	-0.0288	0.0111	0.147	0.0002	-0.0157	0.1118	0.0116	0.1371	25.143	15.628	24.9578
2	3.0162	-0.472	-1.048	1.0485	0.0833	1.7117	0.149	0.3292	0.2217	-0.1536	-0.1062	-0.2025	-0.2236	0.072	-0.0975	0.1741	-0.0067	0.0018	0.1204	0.0391	0.1757	34.5618	32.3946	25.267
3	7.2009	2.3326	-0.2858	6.3815	1.8067	6.4836	0.0263	0.8222	0.2664	-0.5797	-0.1949	0.18	-0.0952	-0.2333	0.1545	0.2253	0.0549	0.0352	0.2602	0.0717	0.1725	40.8652	23.5632	15.7476
4	4.3184	0.3803	-1.2076	3.4874	0.3289	7.0696	-0.0949	0.742	-0.2936	-0.7035	-0.0406	-0.483	0.399	0.4946	0.0315	0.2769	0.0583	0.0717	0.3085	-0.0048	0.2383	45.7476	17.4996	15.3028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1019 through 1134 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1135 through 1257 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid -9 through 989 )	A	-9 - 989
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 990 through 1018 )	A	990 - 1018

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