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- PDB-6eck: Pyruvate Kinase Isoform L-type with phosphorylated Ser113 (pS113)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eck
タイトルPyruvate Kinase Isoform L-type with phosphorylated Ser113 (pS113) in complex with FBP
要素Pyruvate kinase PKLR
キーワードTRANSFERASE / PKL / pyruvate kinase / Glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Pyruvate metabolism / pyruvate biosynthetic process / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / response to other organism / monosaccharide binding / response to metal ion / response to ATP / potassium ion binding ...Glycolysis / Pyruvate metabolism / pyruvate biosynthetic process / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / response to other organism / monosaccharide binding / response to metal ion / response to ATP / potassium ion binding / response to cAMP / response to glucose / cellular response to epinephrine stimulus / response to nutrient / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / response to hypoxia / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pyruvate kinase PKLR
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Padyana, A. / Tong, S.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Distinct Hepatic PKA and CDK Signaling Pathways Control Activity-Independent Pyruvate Kinase Phosphorylation and Hepatic Glucose Production.
著者: Gassaway, B.M. / Cardone, R.L. / Padyana, A.K. / Petersen, M.C. / Judd, E.T. / Hayes, S. / Tong, S. / Barber, K.W. / Apostolidi, M. / Abulizi, A. / Sheetz, J.B. / Aerni, H.R. / Gross, S. / ...著者: Gassaway, B.M. / Cardone, R.L. / Padyana, A.K. / Petersen, M.C. / Judd, E.T. / Hayes, S. / Tong, S. / Barber, K.W. / Apostolidi, M. / Abulizi, A. / Sheetz, J.B. / Aerni, H.R. / Gross, S. / Kung, C. / Samuel, V.T. / Shulman, G.I. / Kibbey, R.G. / Rinehart, J.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKLR
B: Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,51514
ポリマ－119,8212
非ポリマー1,69412
水6,972387
1
A: Pyruvate kinase PKLR
B: Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase PKLR
B: Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,03028
ポリマ－239,6424
非ポリマー3,38824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area26370 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area76130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.774, 111.843, 127.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-767-

HOH

21A-907-

HOH

31B-780-

HOH

41B-804-

HOH

51B-857-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Pyruvate kinase PKLR / L-PK / Pyruvate kinase isozymes L/R


分子量: 59910.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pklr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Recoded / Variant (発現宿主): C321-deltaA / 参照: UniProt: P12928, pyruvate kinase
#2: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 397分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% ethylene glycol, 12% PEG8000
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→48.59 Å / Num. obs: 56712 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.36-2.436.61.242930.750.51.30292
10.02-48.545.80.068470.9950.0270.06798.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20002000データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IP7

4ip7


解像度: 2.36→48.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 9.992 / SU ML: 0.225 / SU R Cruickshank DPI: 0.3293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.267
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2815 5 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.207 53862 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 220.61 Å2 / Biso mean: 59.669 Å2 / Biso min: 23.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.53 Å2-0 Å20 Å2
2--2.58 Å2-0 Å2
3---1.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8083 0 117 387 8587
Biso mean--63.28 52.97 -
残基数----1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0148369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.66511329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9021.64518160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16751065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.56521.054427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.257151436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9541575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021417
LS精密化 シェル解像度: 2.361→2.423 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 180 -
Rwork0.342 3670 -
all-3850 -
obs--91.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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