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- PDB-6ecf: Vlm2 thioesterase domain with genetically encoded 2,3-diaminoprop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ecf
タイトルVlm2 thioesterase domain with genetically encoded 2,3-diaminopropionic acid bound with a dodecadepsipeptide, space group P1
要素
  • Vlm2
  • dodecadepsipeptide
キーワードHYDROLASE / thioesterase / thioesterase domain / NRPS / non-ribosomal peptide synthetase / nonribosomal peptide synthetase / valinomycin / depsipeptide / unnatural amino acid / 2 / 3-diaminopropionic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain ...Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces tsusimaensis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alonzo, D.A. / Huguenin-Dezot, N. / Heberlig, G.W. / Mahesh, M. / Nguyen, D.P. / Dornan, M.H. / Boddy, C.N. / Chin, J.W. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)106615 カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Trapping biosynthetic acyl-enzyme intermediates with encoded 2,3-diaminopropionic acid.
著者: Huguenin-Dezot, N. / Alonzo, D.A. / Heberlig, G.W. / Mahesh, M. / Nguyen, D.P. / Dornan, M.H. / Boddy, C.N. / Schmeing, T.M. / Chin, J.W.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vlm2
B: Vlm2
C: Vlm2
D: Vlm2
E: Vlm2
F: Vlm2
G: dodecadepsipeptide
I: dodecadepsipeptide
H: dodecadepsipeptide
K: dodecadepsipeptide
J: dodecadepsipeptide
L: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,34912
ポリマ－205,34912
非ポリマー00
水3,711206
1
A: Vlm2
G: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2252
ポリマ－34,2252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vlm2
I: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2252
ポリマ－34,2252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vlm2
H: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2252
ポリマ－34,2252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vlm2
K: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2252
ポリマ－34,2252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Vlm2
J: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2252
ポリマ－34,2252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Vlm2
L: dodecadepsipeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2252
ポリマ－34,2252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.996, 77.129, 90.329
Angle α, β, γ (deg.)91.768, 114.886, 117.938
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Vlm2


分子量: 33095.512 Da / 分子数: 6 / 断片: thioesterase domain (UNP residues 2368-2655) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tsusimaensis (バクテリア)
遺伝子: vlm2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q1PSF3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド
dodecadepsipeptide


分子量: 1129.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.4 M DL-malic acid, 25 mM HEPES, pH 8.0, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→78.55 Å / Num. obs: 53945 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 41.08 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.55 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Num. measured obs: 9480 / Num. unique obs: 5422 / CC1/2: 0.706

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Cootモデル構築
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6ECB

6ecb


解像度: 2.5→78.55 Å / SU ML: 0.329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 26.508
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 2683 4.97 %
Rwork0.1969 --
obs0.1995 53933 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→78.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11451 0 93 206 11750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002411837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.557916106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04041817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00282110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3556960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.550.29921590.24232661X-RAY DIFFRACTION97.01
2.55-2.590.30441270.24182711X-RAY DIFFRACTION97.19
2.59-2.650.26351430.2392735X-RAY DIFFRACTION97.3
2.65-2.710.29031350.23452588X-RAY DIFFRACTION96.63
2.71-2.770.34451260.24972739X-RAY DIFFRACTION96.82
2.77-2.840.29831200.24042754X-RAY DIFFRACTION97.32
2.84-2.910.30611660.23622611X-RAY DIFFRACTION97.17
2.91-30.28451690.22052692X-RAY DIFFRACTION97.48
3-3.10.30611210.22182706X-RAY DIFFRACTION97.68
3.1-3.210.2771060.21812748X-RAY DIFFRACTION97.47
3.21-3.340.2661260.22282687X-RAY DIFFRACTION97.54
3.34-3.490.28981300.19422732X-RAY DIFFRACTION98.08
3.49-3.670.21721140.18082731X-RAY DIFFRACTION97.57
3.67-3.90.18591550.17242675X-RAY DIFFRACTION97.82
3.9-4.20.24371190.17022698X-RAY DIFFRACTION97.68
4.2-4.630.19371830.15832675X-RAY DIFFRACTION98.28
4.63-5.290.19731520.15452724X-RAY DIFFRACTION98.43
5.29-6.670.26731740.212657X-RAY DIFFRACTION97.99
6.67-78.590.26351580.19732726X-RAY DIFFRACTION98.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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