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万見
- PDB-6ebv: Staphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ebv
タイトルStaphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with ADP and pantothenate analog Deoxy-N7-Pan
要素Type II pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus aureus / SaPanK / ADP / pantothenate analog
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type II pantothenate kinase, bacterial / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-27Q / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Type II pantothenate kinase / Type II pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Strauss, E. / Barnard, L. / Huang, Y.H. / Park, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-based identification of uncompetitive inhibitors for Staphylococcus aureus pantothenate kinase.
著者: Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Strauss, E. / Barnard, L. / Huang, Y.H.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
C: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,80212
ポリマ－116,5084
非ポリマー3,2948
水61334
1
A: Type II pantothenate kinase
C: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9016
ポリマ－58,2542
非ポリマー1,6474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
2
B: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9016
ポリマ－58,2542
非ポリマー1,6474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.800, 56.720, 133.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Type II pantothenate kinase / PanK-II / Pantothenic acid kinase


分子量: 29126.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: coaW, BTN44_13005, C3B39_13135, EP54_10775, EQ90_06670, HMPREF3211_02599
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6HHM8, UniProt: Q2FWC7*PLUS, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-27Q / N-heptyl-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 396.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H33N2O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 33% PEG4000, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.62 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.62 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 21357 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.81 % / Net I/σ(I): 5.82
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 2.79 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 3421 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 3→44.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.791 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.76 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.512
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1046 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.231 21348 97.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.36 Å2 / Biso mean: 42.7 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.408 Å20 Å228.1603 Å2
2--19.6429 Å20 Å2
3---9.7652 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→44.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8123 0 204 34 8361
Biso mean--39.13 14.71 -
残基数----1064
LS精密化 シェル解像度: 3→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 143 5.11 %
Rwork0.248 2657 -
all0.252 2800 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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