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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ebb | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of YycF homologue, crystals grown in Tris buffer | |||||||||
要素 | DNA-binding response regulator | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / YycF / Essential / Response Regulator / Receiver Domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / fatty acid biosynthetic process / negative regulation of DNA-templated transcription / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.022 Å | |||||||||
データ登録者 | Riboldi-Tunnicliffe, A. / Panjikar, S. / Williamson, R.M. / Gabrielsen, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of YycF homologue, crystals grown in Tris buffer 著者: Riboldi-Tunnicliffe, A. / Panjikar, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ebb.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ebb.ent.gz | 43.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ebb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/6ebb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/6ebb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1nxtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13600.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UQ68 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 30% (vol/vol) polyethylene glycol 300 (PEG-300), 0.1 M Tris-HCl buffer (pH 7.0) PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→31.51 Å / Num. obs: 6892 / % possible obs: 93.77 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.42 Å2 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.25 Å / Num. unique obs: 682 / % possible all: 95.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NXT 解像度: 2.022→31.505 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.9
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.022→31.505 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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