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万見
- PDB-6ea3: Thermobifida fusca FscH adenylation domain complexed with MbtH-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ea3
タイトルThermobifida fusca FscH adenylation domain complexed with MbtH-like protein FscK and Ser-AMP
要素
  • MbtH-like protein
  • adenylation domain of Fuscachelin synthetase component H
キーワードLIGASE / siderophore biosynthesis / serine activating adenylation domain / MbtH-like protein / seryl-adenylate
機能・相同性
機能・相同性情報


amide biosynthetic process / small molecule metabolic process / organonitrogen compound biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / ANL, N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain ...Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / ANL, N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SERYL ADENYLATE / Amino acid adenylation / Putative conserved protein MbtH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comprehensive analysis of protein-protein interactions between MbtH-like protein FscK and adenylation domains in nonribosomal biosynthesis of Fuscachelins.
著者: Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MbtH-like protein
B: adenylation domain of Fuscachelin synthetase component H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7713
ポリマ－68,3362
非ポリマー4341
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.450, 68.760, 86.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1297-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MbtH-like protein


分子量: 9094.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1863 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47NS3
#2: タンパク質 adenylation domain of Fuscachelin synthetase component H


分子量: 59241.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1866 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47NS0
#3: 化合物 ChemComp-SRP / SERYL ADENYLATE / (L-セリル)アデニレ-ト


分子量: 434.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N6O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, sodium chloride, BisTris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→27.827 Å / Num. obs: 143171 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.181 % / Biso Wilson estimate: 17.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 14.37 / Num. measured all: 455412 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.753.050.3432.89223500.8680.41893.2
1.75-1.93.0950.2074.8257640.9470.25195.1
1.9-2.13.1620.118.9241430.9850.13396.1
2.1-2.53.2090.06515.35286240.9940.07898
2.5-33.2640.04422.9177400.9970.05399
3-43.2790.03130.72142000.9980.03899.9
4-63.3560.02735.5873050.9980.03299.7
6-103.4770.02637.1724190.9990.03199.7
10-27.8273.110.02237.216260.9990.02794.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GR4

4gr4


解像度: 1.65→27.827 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1864 2000 2.7 %
Rwork0.1649 --
obs0.1655 73978 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.2 Å2 / Biso mean: 23.0606 Å2 / Biso min: 10.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→27.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 29 392 4155
Biso mean--18.25 30.43 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3582367
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6501-1.69130.21961390.19384988512796
1.6913-1.7370.21441390.18434995513497
1.737-1.78810.21611400.17885057519797
1.7881-1.84590.21911410.17575092523397
1.8459-1.91180.18461430.16475108525198
1.9118-1.98830.16471390.15355038517798
1.9883-2.07880.1721420.15435099524198
2.0788-2.18840.18131420.1585144528699
2.1884-2.32540.14781460.155552355381100
2.3254-2.50480.21521450.164551855330100
2.5048-2.75670.18761440.175216536099
2.7567-3.15510.19451450.174652175362100
3.1551-3.97330.18261460.162252535399100
3.9733-27.83110.18141490.160953515500100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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