PDB-6e8x: CA IX mimic Complexed with Steroidal Sulfamate Compound STX 140

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8x

タイトル

CA IX mimic Complexed with Steroidal Sulfamate Compound STX 140

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / Carbonic Anhydrase Steroid Sulfamate Cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Andring, J.T. / Mckenna, R.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: 3,17 beta-Bis-sulfamoyloxy-2-methoxyestra-1,3,5(10)-triene and Nonsteroidal Sulfamate Derivatives Inhibit Carbonic Anhydrase IX: Structure-Activity Optimization for Isoform Selectivity.
著者: Andring, J.T. / Dohle, W. / Tu, C. / Potter, B.V.L. / McKenna, R.

履歴

登録	2018年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8x.cif.gz	124.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8x.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8pC 6e91C 6e92C 3ks3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m1q-d 5g0b-d 4q6e-d 4qsb-d 1bcd-d 1rzb-d 3kon-d 1cng-d 1i9m-d 1kwq-d 5llh-d 1cam-d 4r59-d 6ql2-d 5ehv-d 4q7p-d 3daz-d 6ymb-d 5jdv-d 1bnw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.511, 41.721, 72.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-J0A / (13alpha,17alpha)-2-methoxyestra-1,3,5,7,9,11-hexaene-3,17-diyl disulfamate 分子量: 454.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂N₂O₇S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6M NaCitrate 50mM Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 32755 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 122792

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	2.8	0.387	1513	0.762	0.276	0.48	0.878	93.1
1.63-1.66	3.5	0.376	1630	0.851	0.232	0.445	0.818	99.1
1.66-1.69	3.7	0.318	1596	0.872	0.191	0.372	0.852	99
1.69-1.72	3.7	0.272	1618	0.906	0.163	0.319	0.837	99.8
1.72-1.76	3.7	0.225	1644	0.942	0.135	0.264	0.882	99.3
1.76-1.8	3.7	0.191	1626	0.959	0.114	0.224	0.909	99.9
1.8-1.85	3.8	0.155	1633	0.966	0.092	0.18	0.957	99.7
1.85-1.9	3.7	0.132	1641	0.977	0.078	0.154	0.981	99.9
1.9-1.95	3.8	0.115	1620	0.982	0.068	0.134	1.011	99.9
1.95-2.02	3.8	0.093	1652	0.986	0.055	0.108	0.985	100
2.02-2.09	3.8	0.084	1646	0.988	0.049	0.098	0.969	100
2.09-2.17	3.8	0.071	1618	0.992	0.041	0.082	0.952	100
2.17-2.27	3.8	0.064	1663	0.992	0.038	0.074	0.923	100
2.27-2.39	3.9	0.06	1640	0.993	0.035	0.069	0.925	100
2.39-2.54	3.9	0.056	1644	0.994	0.032	0.065	0.908	100
2.54-2.73	3.9	0.053	1652	0.994	0.031	0.061	0.903	100
2.73-3.01	3.9	0.049	1661	0.995	0.028	0.056	0.911	100
3.01-3.44	3.9	0.045	1661	0.993	0.026	0.052	0.848	100
3.44-4.33	3.9	0.046	1676	0.994	0.027	0.053	0.901	100
4.33-20	3.9	0.05	1721	0.992	0.03	0.059	0.934	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2097	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ks3

3ks3

解像度: 1.6→18.919 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	1639	5.01 %
R_work	0.1663	31097	-
obs	0.1674	32736	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.84 Å² / B_iso mean: 18.6405 Å² / B_iso min: 3.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→18.919 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	31	95	2168
B_iso mean	-	-	51.23	26.35	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.74	3084
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.018	401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.205	2691

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6455	0.2835	116	0.2504	2435	2551	94
1.6455-1.6986	0.2478	149	0.1959	2551	2700	99
1.6986-1.7593	0.2188	128	0.1694	2586	2714	99
1.7593-1.8297	0.2025	139	0.1691	2572	2711	100
1.8297-1.9129	0.1932	134	0.1706	2611	2745	100
1.9129-2.0136	0.1956	148	0.1556	2578	2726	100
2.0136-2.1396	0.1562	133	0.1571	2609	2742	100
2.1396-2.3045	0.2037	139	0.1675	2600	2739	100
2.3045-2.536	0.2136	138	0.1729	2598	2736	100
2.536-2.9018	0.1955	138	0.1913	2613	2751	100
2.9018-3.6516	0.1841	138	0.1703	2634	2772	100
3.6516-18.9203	0.1516	139	0.1351	2710	2849	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.3043 Å / Origin y: -1.3541 Å / Origin z: 16.2622 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0417 Å²	-0.0044 Å²	0.0018 Å²	-	0.0349 Å²	0.0018 Å²	-	-	0.0428 Å²
L	0.3978 °²	-0.1544 °²	0.0569 °²	-	0.166 °²	0.0127 °²	-	-	0.3884 °²
S	-0.0054 Å °	-0.0088 Å °	0.039 Å °	-0.0279 Å °	0.0117 Å °	-0.011 Å °	-0.0012 Å °	0.0095 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	79 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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