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- PDB-6e8v: The crystal structure of bovine ultralong antibody BOV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8v
タイトルThe crystal structure of bovine ultralong antibody BOV-1
要素
  • Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
  • Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / B-lymphocytes / antigen-antibody reactions / antibodies / monoclonal / antibody diversity / Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019
タイトル: Structural Diversity of Ultralong CDRH3s in Seven Bovine Antibody Heavy Chains.
著者: Dong, J. / Finn, J.A. / Larsen, P.A. / Smith, T.P.L. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
B: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
E: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
F: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
H: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
J: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
K: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
L: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
O: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
P: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
U: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
V: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
Y: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
Z: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain
c: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
d: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,83416
ポリマ－408,83416
非ポリマー00
水00
1
A: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
B: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
E: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
F: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
3
H: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
L: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
4
J: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
K: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
5
O: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
P: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
6
U: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
V: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
7
Y: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
Z: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
8
c: Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain
d: Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1042
ポリマ－51,1042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)308.219, 308.219, 133.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: 抗体
Bovine ultralong antibody BOV-1 Heavy chain


分子量: 28554.646 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Bovine ultralong antibody BOV-1 light chain


分子量: 22549.596 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IGL@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3T101
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 14-18% PEG 3350, 0.1 M Citric acid pH 4.0-45., 0.1 M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.196→49.84 Å / Num. obs: 89101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 %
Data reduction details: The data is highly anisotropic. The diffraction anisotropy server at UCLA was used to anisotropically scale the data to 3.20 angstrom along a*, b* axes, and to 3.80 angstrom along c* axis
Rmerge(I) obs: 0.216 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.196→3.2318 Å / Rmerge(I) obs: 1.44 / Num. unique all: 3534

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.79→49.203 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 3245 5.06 %
Rwork0.2183 --
obs0.2212 64076 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.79→49.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25749 0 0 0 25749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00426318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65435959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.14615466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7901-3.84660.30871380.28092606X-RAY DIFFRACTION100
3.8466-3.90670.32271350.2882602X-RAY DIFFRACTION100
3.9067-3.97070.38851210.26772622X-RAY DIFFRACTION100
3.9707-4.03910.34281530.25832614X-RAY DIFFRACTION100
4.0391-4.11260.29911580.24362585X-RAY DIFFRACTION100
4.1126-4.19160.28651350.25312611X-RAY DIFFRACTION100
4.1916-4.27710.27311240.22032598X-RAY DIFFRACTION99
4.2771-4.37010.27281580.21262592X-RAY DIFFRACTION99
4.3701-4.47170.23951560.20072623X-RAY DIFFRACTION100
4.4717-4.58340.21481260.19832611X-RAY DIFFRACTION100
4.5834-4.70720.23441620.19542605X-RAY DIFFRACTION100
4.7072-4.84560.26981460.19312618X-RAY DIFFRACTION100
4.8456-5.00190.27491350.19442633X-RAY DIFFRACTION100
5.0019-5.18050.23721370.20082657X-RAY DIFFRACTION100
5.1805-5.38770.29881200.20472655X-RAY DIFFRACTION100
5.3877-5.63250.26431750.21772614X-RAY DIFFRACTION100
5.6325-5.9290.27291290.22452667X-RAY DIFFRACTION100
5.929-6.29980.31151310.22232667X-RAY DIFFRACTION100
6.2998-6.78510.26871540.22212664X-RAY DIFFRACTION100
6.7851-7.46580.27521260.22282716X-RAY DIFFRACTION100
7.4658-8.54120.25871430.20752697X-RAY DIFFRACTION100
8.5412-10.74250.23711490.18212735X-RAY DIFFRACTION100
10.7425-49.20680.32591340.23922839X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.6253 Å / Origin y: 209.4699 Å / Origin z: 274.5893 Å
111213212223313233
T0.6777 Å2-0.1155 Å2-0.0029 Å2-0.706 Å2-0.0041 Å2--1.1436 Å2
L0.037 °2-0.0783 °20.0033 °2-0.1776 °2-0.032 °2--0.3233 °2
S-0.0528 Å °0.0059 Å °-0.0483 Å °-0.0153 Å °-0.0186 Å °0.022 Å °0.0652 Å °-0.1014 Å °0.0604 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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