PDB-6e8i: Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327) bound to phosphotyrosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8i

タイトル

Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327) bound to phosphotyrosine

要素

LeSH (Llo2327)

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Src homology 2 domain

機能・相同性

SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / O-PHOSPHOTYROSINE / SH2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella longbeachae serogroup 1

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Kaneko, T. / Li, S.S.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Identification and characterization of a large family of superbinding bacterial SH2 domains.
著者: Kaneko, T. / Stogios, P.J. / Ruan, X. / Voss, C. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Chung, A. / Liu, X. / Li, L. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. / Li, S.S.

履歴

登録	2018年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8i.cif.gz	101 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8i.ent.gz	63 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e8i_validation.pdf.gz	696 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e8i_full_validation.pdf.gz	696.5 KB	表示
XML形式データ	6e8i_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	6e8i_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8hSC 6e8kC 6e8mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e8h-d 6e8m-d 4zo0-2 2m8t-d 6e8k-d 2oxg-2 4gat-d 6bn0-1 5cuz-d 6gat-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LeSH (Llo2327)

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.810, 64.140, 67.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	LeSH (Llo2327) 分子量: 19771.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella longbeachae serogroup 1 (strain NSW150) (バクテリア) 株: NSW150 / 遺伝子: LLO_2327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3HJY4
#2: 化合物	ChemComp-PTR / O-PHOSPHOTYROSINE / PHOSPHONOTYROSINE / ホスホチロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 261.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG3000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 114 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→34.97 Å / Num. obs: 18762 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 2479 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6E8H

6e8h

解像度: 1.68→29.99 Å / SU ML: 0.2164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.685

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	1751	5.04 %
R_work	0.2168	-	-
obs	0.2185	34765	88.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1302	0	17	233	1552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7759	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0566	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	227
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.1355	829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.72	0.3198	153	0.2904	2561	X-RAY DIFFRACTION	88.87
1.72-1.77	0.2536	144	0.2306	2810	X-RAY DIFFRACTION	96.47
1.77-1.83	0.2292	142	0.219	2760	X-RAY DIFFRACTION	96.57
1.83-1.9	0.2815	132	0.2446	2293	X-RAY DIFFRACTION	96.88
1.9-1.97	0.5027	93	0.4064	1345	X-RAY DIFFRACTION	49.4
1.97-2.06	0.2924	154	0.2193	2798	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.06-2.17	0.2484	92	0.2201	2400	X-RAY DIFFRACTION	82.3
2.17-2.31	0.3286	99	0.3023	2314	X-RAY DIFFRACTION	79.66
2.31-2.48	0.2357	155	0.2267	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.48-2.73	0.2587	177	0.2225	2607	X-RAY DIFFRACTION	91.61
2.73-3.13	0.2338	158	0.2046	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.13-3.94	0.1869	145	0.1765	2568	X-RAY DIFFRACTION	89.45
3.94-29.99	0.2144	107	0.1673	2823	X-RAY DIFFRACTION	96.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.89031496634	0.365100757887	-0.414905958706	1.30089727061	0.0210746889224	1.48197819454	0.0192201842504	-0.0295276544811	0.00819744721514	-0.005952651426	-0.0250588515107	0.0138798011436	-0.0354986247603	-0.0124932316168	0.0269699806497	0.0802625564317	0.00600850440328	-0.00767770557544	0.0596717738475	0.00124769249652	0.0536860304276	5.51091406759	28.6384646236	12.767411981
2	0.976568734488	-0.193016840311	0.44019360768	8.18891943238	-5.41773927391	3.8531170832	0.0805588329001	-0.106687168326	-0.0284848917102	0.0951301831632	-0.0819432855362	-0.0919119354888	-0.0739183102584	0.0459888228982	0.000363154673994	0.135287021908	-0.0136566978144	0.0160221726	0.129984532401	-0.0302416571422	0.0940157713175	18.870574765	14.8447937173	8.55862043841
3	5.84668083231	-1.8645375611	0.449197978034	7.20016981362	1.18514734392	2.08900092024	-0.102742288173	0.435521278378	0.536026782971	-0.47501687986	0.0877586970987	-0.454353006753	-0.536434846314	0.12579010078	-0.0211328944368	0.268499074709	-0.0182982625934	0.0072229306279	0.276843823352	0.0279547387644	0.153447046111	9.02566741737	35.2669661588	-1.54415194176
4	1.32355428962	0.489209139208	-1.03975175064	5.27274669843	1.30091921565	2.87139994142	0.0805247086626	0.211192582135	0.16106049395	-0.187552177586	0.102644828447	-0.105368705774	-0.297559012313	-0.0400355464754	-0.156081756415	0.132654617527	0.0258732307551	0.00253748903305	0.127857833357	0.0346011766676	0.120766898518	6.92217098292	37.8561361015	9.10416047727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 125 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 141 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 167 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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