PDB-6e8a: Crystal structure of DcrB from Salmonella enterica at 1.92 Angstr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8a

タイトル

Crystal structure of DcrB from Salmonella enterica at 1.92 Angstroms resolution

要素

DUF1795 domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Mog1/PsbP-like fold lipoprotein

機能・相同性

Inner membrane lipoprotein DcrB/EagT6 / DcrB / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / DUF1795 domain-containing protein / Putative inner membrane lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Rasmussen, D.M. / Soens, R.W. / Bhattacharyya, B. / May, J.F.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: The structure of DcrB, a lipoprotein from Salmonella enterica, reveals flexibility in the N-terminal segment of the Mog1p/PsbP-like fold.
著者: Rasmussen, D.M. / Soens, R.W. / Davie, T.J. / Vaneerd, C.K. / Bhattacharyya, B. / May, J.F.

履歴

登録	2018年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8a.cif.gz	125.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8a.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e8a_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e8a_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	6e8a_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	6e8a_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4v0s-d 4l01-2 2qls-1 1zl0-2 1yjq-d 4rrf-2 2jdo-d 1oiz-2 1zl0-1 4gt4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF1795 domain-containing protein

B: DUF1795 domain-containing protein

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DUF1795 domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DUF1795 domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.715, 41.715, 533.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 40 - 183 / Label seq-ID: 11 - 154

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	DUF1795 domain-containing protein 分子量: 16966.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: C4822_00510, C4872_00325, DD95_06545 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J5EW41, UniProt: Q7CPJ3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97851 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97851 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→44.5 Å / Num. obs: 22978 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 36.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 32.7 % / R_merge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1086 / CC_1/2: 0.885 / R_pim(I) all: 0.31 / R_rim(I) all: 1.82 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.92→44.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 9.312 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2346	1188	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2219	-	-	-
obs	0.2226	21790	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 235.48 Å² / B_iso mean: 68.173 Å² / B_iso min: 31.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0.22 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.92→44.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2199	0	0	27	2226
B_iso mean	-	-	-	50.39	-
残基数	-	-	-	-	291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.649	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	1.638	4898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.236	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.708	26.6	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.051	15	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.293	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3765 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.915→1.965 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	87	-
R_work	0.268	1534	-
all	-	1621	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6146	1.3671	-1.1472	6.0592	-0.4298	3.7125	-0.0774	-0.0442	-0.153	-0.2057	0.0129	-0.5109	0.0596	0.2668	0.0645	0.3829	-0.124	-0.0087	0.2624	-0.0071	0.3152	21.868	-26.212	41.825
2	5.1052	-1.3745	-2.6572	4.901	1.9744	6.3881	-0.0025	0.2624	-0.6034	0.1425	-0.1128	-0.2516	0.3951	-0.0271	0.1153	0.2237	-0.0947	0.0008	0.1081	-0.0273	0.1909	29.919	-12.95	39.841
3	7.6494	0.2963	1.5051	2.2894	-0.336	4.0919	-0.2032	0.4633	-0.3623	-0.3093	0.2224	-0.2137	-0.1149	-0.0079	-0.0192	0.2982	-0.1191	0.0682	0.1461	-0.0093	0.0633	23.277	-8.2	28.17
4	24.695	-7.8577	-10.1888	7.3267	4.455	6.956	-0.0064	0.0468	-0.0492	-0.214	0.2534	-0.621	0.0132	0.2012	-0.247	0.1875	-0.1003	0.0466	0.1163	-0.0492	0.0916	31.463	-9.581	34.101
5	26.8635	-0.676	1.7022	4.2332	0.5345	3.5018	0.1281	0.2076	0.2298	-0.3296	-0.0553	0.3305	-0.3975	0.1382	-0.0728	0.2646	-0.1051	-0.017	0.0693	-0.0235	0.1559	26.404	1.543	36.992
6	5.0873	6.8719	-9.251	12.0183	-7.0493	32.1898	-1.0663	0.0683	-0.1959	-1.289	0.4764	0.4457	3.294	-1.072	0.5899	2.1681	-0.5163	-0.3854	1.1901	0.2255	0.7537	5.229	-11.224	-2.85
7	2.746	2.2287	-6.1111	4.9815	-6.4577	22.7436	-0.3482	0.6029	-0.2263	-0.2975	0.1015	0.4011	-0.0334	-1.4788	0.2467	0.4163	-0.0227	0.044	0.485	0.0192	0.1958	6.24	0.18	8.666
8	24.4491	-6.8099	-1.7636	16.9782	-0.1461	8.6856	-0.283	0.8599	-1.161	-0.2377	0.0729	0.4974	1.118	0.6339	0.2101	0.5063	-0.0063	0.0525	0.4422	-0.0252	0.0612	15.788	-11.78	14.101
9	9.1897	-1.8006	0.3468	4.5727	-2.6651	11.2459	-0.0767	0.4205	0.329	0.3114	-0.0675	-0.0297	-0.7672	0.1463	0.1441	0.3876	-0.0811	0.0111	0.2648	0.0457	0.0205	11.976	0.128	15.033
10	18.5542	-8.0685	-3.6501	9.5952	-2.3555	12.4142	-0.1221	-0.5857	0.6219	0.8648	-0.2329	-1.2913	-2.0658	1.4384	0.3551	1.1462	-0.3395	-0.2367	0.3977	-0.0735	0.4344	17.471	8.261	13.804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	150 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	166 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	40 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	70 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	100 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	116 - 165
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	166 - 184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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