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Yorodumi- PDB-6e8a: Crystal structure of DcrB from Salmonella enterica at 1.92 Angstr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e8a | ||||||
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Title | Crystal structure of DcrB from Salmonella enterica at 1.92 Angstroms resolution | ||||||
Components | DUF1795 domain-containing protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Mog1/PsbP-like fold lipoprotein | ||||||
Function / homology | Inner membrane lipoprotein DcrB / Inner membrane lipoprotein DcrB/EagT6 / DcrB / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / Inner membrane lipoprotein DcrB / Inner membrane lipoprotein DcrB Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Rasmussen, D.M. / Soens, R.W. / Bhattacharyya, B. / May, J.F. | ||||||
Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2018 Title: The structure of DcrB, a lipoprotein from Salmonella enterica, reveals flexibility in the N-terminal segment of the Mog1p/PsbP-like fold. Authors: Rasmussen, D.M. / Soens, R.W. / Davie, T.J. / Vaneerd, C.K. / Bhattacharyya, B. / May, J.F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e8a.cif.gz | 125.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e8a.ent.gz | 99.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e8a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6e8a_validation.pdf.gz | 424.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6e8a_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | Display | |
Data in XML | 6e8a_validation.xml.gz | 12 KB | Display | |
Data in CIF | 6e8a_validation.cif.gz | 15.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 40 - 183 / Label seq-ID: 11 - 154
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16966.145 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Gene: C4822_00510, C4872_00325, DD95_06545 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0J5EW41, UniProt: Q7CPJ3*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.6 / Details: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97851 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 20, 2017 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97851 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→44.5 Å / Num. obs: 22978 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 36.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 21.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→1.95 Å / Redundancy: 32.7 % / Rmerge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1086 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.31 / Rrim(I) all: 1.82 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.92→44.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 9.312 / SU ML: 0.126 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.147 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 235.48 Å2 / Biso mean: 68.173 Å2 / Biso min: 31.82 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→44.49 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 3765 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.915→1.965 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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