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- PDB-6e80: Crystal structure of the Corn aptamer in unliganded state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+80
タイトルCrystal structure of the Corn aptamer in unliganded state
要素RNA (36-MER)
キーワードRNA / polyribonucleotide / fluorigenic aptamer / G-quadruplex / apo
機能・相同性ACETATE ION / : / IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Sjekloca, L. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Binding between G Quadruplexes at the Homodimer Interface of the Corn RNA Aptamer Strongly Activates Thioflavin T Fluorescence.
著者: Sjekloca, L. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,31613
ポリマ－11,7941
非ポリマー1,52212
水362
1
A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,63226
ポリマ－23,5882
非ポリマー3,04424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)93.012, 93.012, 66.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-112-

IR

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 11794.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 14分子

#2: 化合物 ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 % / 解説: rectangular plate-shaped
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate pH 6.7, sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.10503 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.10503 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 3961 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 52.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 5.001 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 8472
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.441.30.4551340.7390.4550.6440.60463.5
2.44-2.491.40.5261550.5850.5210.7410.68269.8
2.49-2.531.50.5141850.5170.4840.7080.73580.4
2.53-2.591.80.7071650.1450.580.9190.72280.5
2.59-2.641.70.771860.5110.6291.0010.984.9
2.64-2.71.90.4741800.7120.3720.6060.77784.5
2.7-2.771.80.4841990.6980.4080.6370.83885.4
2.77-2.851.90.441900.8110.3530.5670.95393.1
2.85-2.9320.4172110.7360.3340.5370.79992.1
2.93-3.022.40.3562120.8470.2510.4381.23494.6
3.02-3.132.40.2422070.8840.1770.3022.24896.7
3.13-3.262.40.2312120.9540.1590.2812.75696.8
3.26-3.412.50.1712070.9720.1270.2142.78992.4
3.41-3.582.30.1482140.9730.1120.1862.85396
3.58-3.812.30.142120.9570.1040.1753.46797.2
3.81-4.12.50.1352270.9340.0990.1684.90597.8
4.1-4.522.50.1122120.9720.0820.144.88295.9
4.52-5.172.40.0932140.9780.0710.1185.61495.1
5.17-6.512.50.0932200.9720.0690.1168.26794.8
6.51-502.40.142190.9380.10.17330.37789.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.4 Å46.51 Å
Translation2.4 Å46.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 6.0E+81 / 解像度: 2.901→46.506 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 33.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 401 9.86 %
Rwork0.2524 --
obs0.2575 4068 85.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.92 Å2 / Biso mean: 48.8336 Å2 / Biso min: 25.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→46.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 762 36 2 800
Biso mean--61.16 38.04 -
残基数----35
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.2921384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.365417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9009-3.32050.3051360.25051208134485
3.3205-4.18310.27051350.24611212134785
4.1831-46.5120.33371300.25721247137786
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1918 Å / Origin y: 60.3891 Å / Origin z: 26.9675 Å
111213212223313233
T0.2789 Å2-0.0437 Å20.0145 Å2-0.453 Å2-0.0732 Å2--0.3376 Å2
L2.874 °20.8669 °2-0.1169 °2-2.7529 °2-2.6408 °2--3.6548 °2
S0.0255 Å °-0.6737 Å °0.1916 Å °-0.0286 Å °-0.1524 Å °-0.0385 Å °0.2144 Å °0.3927 Å °0.3963 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 36
2X-RAY DIFFRACTION1allC1
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION1allE6
7X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 3
8X-RAY DIFFRACTION1allG1
9X-RAY DIFFRACTION1allG2
10X-RAY DIFFRACTION1allI1
11X-RAY DIFFRACTION1allI2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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