PDB-6e6y: Dieckmann cyclase, NcmC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e6y

タイトル

Dieckmann cyclase, NcmC

要素

Dieckmann cyclase, NcmC

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dieckmann cyclase / off-loading / Dieckmann condensation

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / NcmC

機能・相同性情報

生物種

Saccharothrix syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cogan, D.P. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Enzymatic Off-Loading of Hybrid Polyketides by Dieckmann Condensation.
著者: Cogan, D.P. / Ly, J. / Nair, S.K.

履歴

登録	2018年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2020年10月21日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _software.name
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e6y.cif.gz	121.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e6y.ent.gz	92.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e6y_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e6y_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	6e6y_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6e6y_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e6tC 6e6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e6t-2 3nrm-d 3up2-d 6e6u-2 6e6t-1 1h5g-d 2j50-2 4dee-d 3d14-d 3tjm-d 4deb-d 2j50-1 4j8n-4 1h5m-d 4dhf-2 7ayi-d 4jbo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dieckmann cyclase, NcmC

B: Dieckmann cyclase, NcmC

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dieckmann cyclase, NcmC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dieckmann cyclase, NcmC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.435, 80.435, 77.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Dieckmann cyclase, NcmC 分子量: 28814.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharothrix syringae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1X9WEN9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 1.9% (w/v) PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.0, 3 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97858 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97858 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→80.43 Å / Num. obs: 64619 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / R_merge(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 5773

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→80.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20396	3275	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16862	-	-	-
obs	0.17046	61355	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.263 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→80.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3966	0	10	481	4457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.056	1.967	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.105	3	8729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.841	5	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.895	22.093	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.201	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.012	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	4657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.014	1.588	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.012	1.587	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.035	2.372	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.035	2.373	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.088	1.917	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.084	1.916	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.721	2.746	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.938	20.892	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.814	20.409	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	214	-
R_work	0.225	3896	-
obs	-	-	84.22 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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