[日本語] English
万見
- PDB-6e6a: Triclinic crystal form of IncA G144A point mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e6a
タイトルTriclinic crystal form of IncA G144A point mutant
要素Inclusion membrane protein A
キーワードPROTEIN BINDING / membrane fusion / chlamydia / SNARE-like protein / inclusion
機能・相同性pathogen-containing vacuole membrane / host cell membrane / extracellular region / membrane / Inclusion membrane protein A / Inclusion membrane protein A
機能・相同性情報
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cingolani, G. / Paumet, F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA56036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD017987 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI073486 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI116983 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the homotypic fusion of chlamydial inclusions by the SNARE-like protein IncA.
著者: Cingolani, G. / McCauley, M. / Lobley, A. / Bryer, A.J. / Wesolowski, J. / Greco, D.L. / Lokareddy, R.K. / Ronzone, E. / Perilla, J.R. / Paumet, F.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Inclusion membrane protein A
A: Inclusion membrane protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2164
ポリマ－39,1702
非ポリマー462
水5,999333
1
B: Inclusion membrane protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6313
ポリマ－19,5851
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Inclusion membrane protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5851
ポリマ－19,5851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.022, 43.533, 45.783
Angle α, β, γ (deg.)92.93, 95.96, 93.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Inclusion membrane protein A


分子量: 19585.117 Da / 分子数: 2 / 断片: soluble domain (UNP residues 87-246) / 変異: G144A,V211A,V212A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: incA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50FQ0, UniProt: P0CI27*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, pH 8.0, 20% w/v PEG3350
PH範囲: 6.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→15 Å / Num. obs: 20042 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1478 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 66.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6E7E

6e7e


解像度: 1.95→14.96 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 688 4.94 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 20013 87.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2644 0 2 333 2979
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 73 -
Rwork0.2005 1347 -
obs-1420 66.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0699-0.03560.03140.0151-0.00820.0111-0.10520.0076-0.0233-0.1038-0.0823-0.18470.10180.1052-0.05690.14510.06660.07550.2016-0.01740.2533-19.20161.978714.9521
20.1257-0.05340.22730.14560.19130.35090.01810.0386-0.0375-0.0721-0.0229-0.005-0.03910.0166-0.00030.04320.00270.02410.05310.00730.0768-37.29749.783717.2853
30.20940.1174-0.01750.28950.11090.26620.0523-0.0772-0.1241-0.14440.08780.0859-0.08330.0140.12920.01240.0069-0.02960.0657-0.00670.0822-39.10981.787914.6945
40.2748-0.1524-0.16050.50890.01820.2147-0.0979-0.256-0.02090.06280.04450.2179-0.0550.1842-0.13010.0943-0.01460.02870.15470.01130.0251-45.971215.112942.4271
50.51450.1873-0.03440.2707-0.0010.8139-0.0839-0.10880.0249-0.0878-0.16350.1733-0.0407-0.3959-0.72370.0624-0.04250.04080.05330.0242-0.0089-49.01317.551833.985
60.220.0409-0.01070.22780.08850.19420.0326-0.10720.09970.0602-0.0449-0.0784-0.14080.1168-0.0580.131-0.0123-0.00470.0455-0.02960.0605-42.615323.561637.4777

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る