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万見
- PDB-6e5x: Crystal structure of Ebola virus VP30 C-terminus/RBBP6 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5x
タイトルCrystal structure of Ebola virus VP30 C-terminus/RBBP6 peptide complex
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
  • Minor nucleoprotein VP30
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


somite development / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA replication / embryonic organ development / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / mRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity ...somite development / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA replication / embryonic organ development / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / mRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / chromosome / viral nucleocapsid / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / host cell cytoplasm / DNA replication / protein ubiquitination / nuclear speck / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / centrosome / DNA damage response / protein kinase binding / nucleolus / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc knuckle CX2CX3GHX4C / E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 family / Zinc knuckle / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1160 / DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / Transcriptional activator VP30, Filoviridae type / Ebola virus-specific transcription factor VP30 ...Zinc knuckle CX2CX3GHX4C / E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 family / Zinc knuckle / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1160 / DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / Transcriptional activator VP30, Filoviridae type / Ebola virus-specific transcription factor VP30 / U-box domain / U-box domain / Ring finger / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator VP30 / E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Liu, D. / Small, G.I. / Leung, D.W. / Amarasinghe, G.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI120943 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI123926 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Protein Interaction Mapping Identifies RBBP6 as a Negative Regulator of Ebola Virus Replication.
著者: Batra, J. / Hultquist, J.F. / Liu, D. / Shtanko, O. / Von Dollen, J. / Satkamp, L. / Jang, G.M. / Luthra, P. / Schwarz, T.M. / Small, G.I. / Arnett, E. / Anantpadma, M. / Reyes, A. / Leung, D. ...著者: Batra, J. / Hultquist, J.F. / Liu, D. / Shtanko, O. / Von Dollen, J. / Satkamp, L. / Jang, G.M. / Luthra, P. / Schwarz, T.M. / Small, G.I. / Arnett, E. / Anantpadma, M. / Reyes, A. / Leung, D.W. / Kaake, R. / Haas, P. / Schmidt, C.B. / Schlesinger, L.S. / LaCount, D.J. / Davey, R.A. / Amarasinghe, G.K. / Basler, C.F. / Krogan, N.J.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor nucleoprotein VP30
B: E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0613
ポリマ－16,0212
非ポリマー401
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.600, 45.600, 158.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Minor nucleoprotein VP30 / Transcription activator VP30


分子量: 14407.747 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 140-266) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Kikwit-95) (エボラウイルス)
株: Kikwit-95 / 遺伝子: VP30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77DJ5
#2: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 / Proliferation potential-related protein / Protein P2P-R / RING-type E3 ubiquitin transferase RBBP6 ...Proliferation potential-related protein / Protein P2P-R / RING-type E3 ubiquitin transferase RBBP6 / Retinoblastoma-binding Q protein 1 / RBQ-1 / Retinoblastoma-binding protein 6 / p53-associated cellular protein of testis


分子量: 1612.946 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 554-568 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6E9
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 18% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.83 Å / Num. obs: 27964 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.7 % / Biso Wilson estimate: 26.75 Å2 / CC1/2: 0.3 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1327 / CC1/2: 0.3 / Rrim(I) all: 0.02 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VAP

5vap


解像度: 1.5→43.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.729 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23021 1317 4.7 %RANDOM
Rwork0.18913 ---
obs0.19109 26511 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→43.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1105 0 1 149 1255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0141131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0171070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6591.6541541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8451.6182508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9325138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.86721.34652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.90715195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.034158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5513.011558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5252.999557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1914.476694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1964.492695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9743.403573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9713.416574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5074.954848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.69956.0244705
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.63355.6334591
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 82 -
Rwork0.342 1869 -
obs--97.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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