PDB-6e5m: Crystallographic structure of the cyclic nonapeptide derived from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e5m

タイトル

Crystallographic structure of the cyclic nonapeptide derived from the BTCI inhibitor bound to beta-trypsin in space group P 32 2 1

要素

9MER-PEPTIDE
Cationic trypsin

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / Inhibitor Complex / BTCI / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Vigna unguiculata (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.612 Å

データ登録者

Fernandes, J.C. / Valadares, N.F. / Freitas, S.M. / Barbosa, J.A.R.G.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2019
タイトル: Crystallographic structure of a complex between trypsin and a nonapeptide derived from a Bowman-Birk inhibitor found in Vigna unguiculata seeds.
著者: Fernandes, J.P.C. / Mehdad, A. / Valadares, N.F. / Mourao, C.B.F. / Ventura, M.M. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M.

履歴

登録	2018年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e5m.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e5m.ent.gz	114.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e5m_validation.pdf.gz	414.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e5m_full_validation.pdf.gz	414.9 KB	表示
XML形式データ	6e5m_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	6e5m_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eatC 3ru4S 2g81 6eau 6eav 6eaw 6eax S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xwj-1 3a83-d 6u22-d 1k1l-d 1eb2-d 3atm-d 6ydy-d 1o2v-d 6qmt-2 6eau-d 3rxl-d 2trm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

I: 9MER-PEPTIDE

ヘテロ分子

24.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The assembly has been confirmed by inhibitory activity assays.

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.696, 68.696, 74.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-623- HOH
2	1	A-625- HOH

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Pancreas / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド	9MER-PEPTIDE 分子量: 977.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vigna unguiculata (マメ科) / 参照: UniProt: Q9S9E3*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5 2.0 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.23983 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.23983 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→25.263 Å / Num. obs: 26036 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.88 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07003 / R_rim(I) all: 0.07902 / Net I/σ(I): 12.74
反射シェル	解像度: 1.612→1.67 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2423 / CC_1/2: 0.671 / R_rim(I) all: 0.7345 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RU4

3ru4

解像度: 1.612→25.263 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1885	1984	7.62 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.159	26036	97.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.612→25.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1695	0	6	233	1934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	2433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.012	1097
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6121-1.6524	0.3467	126	0.3117	1555	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6524-1.6971	0.3018	145	0.288	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6971-1.747	0.2498	143	0.2425	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.747-1.8034	0.2488	144	0.2137	1728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8034-1.8678	0.2359	144	0.2028	1740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8678-1.9426	0.199	139	0.1852	1735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9426-2.0309	0.2027	142	0.19	1766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0309-2.1379	0.1978	144	0.1664	1726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1379-2.2718	0.2035	139	0.1572	1674	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2718-2.4471	0.1704	141	0.1505	1729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4471-2.6931	0.183	145	0.147	1711	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6931-3.0822	0.1884	146	0.1458	1723	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0822-3.881	0.1746	138	0.1285	1712	X-RAY DIFFRACTION	95
3.881-25.2665	0.1479	148	0.125	1759	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4657	-0.2183	0.2408	0.6748	0.4231	1.4733	-0.0178	0.0054	0.0398	-0.0488	-0.0335	-0.0975	-0.1864	-0.0263	0.0389	0.2188	-0.0742	-0.02	0.149	-0.0069	0.1704	52.9725	169.7304	-6.0765
2	0.1612	-0.2467	0.9141	0.6211	-1.589	5.2201	-0.1952	-0.0527	0.1679	0.1556	-0.0862	-0.113	-0.5246	-0.1374	0.2288	0.3043	-0.0537	-0.0469	0.1522	-0.0311	0.2168	55.4339	177.586	0.6966
3	0.6319	-0.1417	-0.1485	0.9112	0.0743	2.719	-0.0785	0.0265	0.0756	-0.0305	0.0179	-0.0539	-0.1486	-0.0785	0.0851	0.232	-0.0572	-0.0333	0.1639	-0.0251	0.2098	53.3861	173.7509	0.0827
4	1.4023	0.017	0.9423	2.5595	0.3771	5.2027	-0.0372	0.0389	-0.0107	-0.1494	0.0097	0.0348	-0.3907	-0.3893	0.0108	0.2151	-0.0032	-0.0243	0.211	-0.0162	0.2166	44.1104	174.5787	-6.6647
5	0.164	-0.3466	-0.0955	2.9563	-0.0645	1.4255	-0.0899	0.056	-0.2099	0.076	0.0304	0.1101	0.1722	-0.1871	0.0683	0.2584	-0.0906	-0.0143	0.2103	-0.0077	0.2288	47.3709	154.9399	-0.439
6	3.4542	-2.5683	3.3891	6.0366	-3.886	7.0781	-0.1497	0.2207	0.3144	0.0399	-0.2607	-0.7386	-0.1561	0.6791	0.3729	0.22	-0.0833	0.0027	0.263	-0.0128	0.2723	66.4029	165.0993	-7.4095
7	0.7206	0.1476	-0.1793	1.8905	-0.7733	1.8632	-0.0085	-0.0486	-0.0962	0.2588	-0.0277	-0.1388	0.2177	-0.0333	0.021	0.276	-0.0788	-0.0438	0.1507	0	0.21	55.8655	153.8165	7.7974
8	2.3685	-1.0323	-0.5729	2.1628	-0.7013	2.5344	0.0772	-0.0323	-0.0762	0.0513	-0.1275	-0.2019	0.0602	0.099	0.0429	0.2198	-0.0614	-0.0571	0.157	-0.0193	0.2016	59.9095	156.8136	1.5407
9	1.7584	-0.6058	-0.5242	1.859	-0.0324	1.6484	0.009	-0.0779	0.0346	0.1396	0.0055	-0.0986	0.1477	-0.0741	-0.0101	0.2144	-0.0844	-0.0293	0.1476	-0.0111	0.1743	54.1372	159.0425	4.262
10	3.1062	-1.6615	2.085	2.9243	-3.646	4.5447	-0.1151	-0.2306	0.2054	0.4322	0.5089	0.0933	-0.2058	-0.593	-0.3679	0.216	-0.0039	0.0127	0.3656	-0.0386	0.2346	38.661	173.2254	7.6394
11	4.5078	1.9621	0.4278	4.2619	-1.2904	6	0.0705	-0.4335	0.2829	0.4116	-0.0168	-0.683	-0.441	0.5286	-0.1235	0.279	-0.0931	-0.0757	0.2416	-0.0289	0.3122	64.4063	168.5306	6.4201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 141 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 197 through 234 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 235 through 245 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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