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- PDB-6e5a: PPARg in complex with compound 4b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5a
タイトルPPARg in complex with compound 4b
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / nuclear receptor / transcription factor / ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / peptide binding / negative regulation of angiogenesis / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / fatty acid metabolic process / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HV4 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Chua, B.S.K. / Frkic, R.L.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2019
タイトル: Shooting three inflammatory targets with a single bullet: Novel multi-targeting anti-inflammatory glitazones.
著者: Elzahhar, P.A. / Alaaeddine, R. / Ibrahim, T.M. / Nassra, R. / Ismail, A. / Chua, B.S.K. / Frkic, R.L. / Bruning, J.B. / Wallner, N. / Knape, T. / von Knethen, A. / Labib, H. / El-Yazbi, A.F. / Belal, A.S.F.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.32024年12月18日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1194
ポリマ－62,5692
非ポリマー5512
水99155
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1194
ポリマ－62,5692
非ポリマー5512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.555, 61.163, 118.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31284.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cys 285 was modified by BME adduct in protein buffer
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-HV4 / (5Z)-5-({4-[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phenyl}methylidene)-2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one


分子量: 275.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9NO2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 % / 解説: cubic
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1 M Na Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日 / 詳細: mirrors - Si ans Rh coatings
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.53 Å / Num. obs: 25380 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 61.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.367 / Num. unique obs: 2647 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.567 / Rrim(I) all: 1.482 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.34 Å45.53 Å
Translation6.34 Å45.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U5L

5u5l


解像度: 2.4→45.53 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 1267 5.03 %
Rwork0.2209 --
obs0.2233 25313 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 179.78 Å2 / Biso mean: 90.1499 Å2 / Biso min: 43.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 36 55 4110
Biso mean--95.77 75.27 -
残基数----513
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.49610.39741520.34862622277499
2.4961-2.60970.38891240.333426672791100
2.6097-2.74730.32251540.275226532807100
2.7473-2.91940.37151310.26772681281299
2.9194-3.14480.30091370.257426322769100
3.1448-3.46110.26931410.238326982839100
3.4611-3.96170.27311520.20452650280299
3.9617-4.99030.2311470.19082664281199
4.9903-45.5410.23991340.201827742908100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.42450.5098-0.10732.9529-1.67052.27320.54690.40120.16960.1430.29540.7866-0.0107-1.902-0.32890.67160.015-0.05180.85440.07730.7116-10.765-4.4944138.6726
22.38222.94070.06486.3403-1.06947.99170.5551-0.2570.37010.4502-0.2234-0.06-1.20750.368-0.40390.56070.02270.10540.5176-0.03270.52681.962310.8653145.2305
39.7542-7.1207-7.03697.79424.88938.7916-0.5417-0.6854-1.4697-1.36570.3733-0.8647-0.37231.0548-0.12761.30590.17440.341.13970.0561.222124.62976.3457146.2446
48.82792.3585-3.91983.14270.52737.7865-0.14090.1116-0.20710.10960.37840.0481-0.5941-1.5911-0.33620.430.21980.00450.94840.10560.5619-24.345418.245126.3084
55.02871.29944.28333.7113.33595.1431-0.95931.00031.7963-2.5659-0.009-1.4138-3.03222.36250.40361.2468-0.5025-0.2190.88480.07990.8931-5.368737.569114.0477
62.78811.0642-1.55342.2318-0.4876.1664-0.1801-0.51440.43120.52310.15990.0323-1.24890.2341-0.03380.87860.2079-0.08420.8363-0.0290.5215-14.490327.4702137.7119
79.98471.08271.60378.3132-2.01399.1024-0.4479-0.5690.36720.35070.0236-1.1007-1.17211.23210.32540.741-0.1579-0.01330.8484-0.0690.5281-3.251628.2401121.5954
83.85880.43891.35793.0117-2.57375.2995-0.2475-0.7894-0.56530.17720.3164-0.19310.4202-0.0771-0.06610.51940.14730.020.72460.07030.5859-15.954411.9086136.8392
97.91234.80261.60333.4861-0.7986.6251-0.4194-0.5371-0.03430.14730.056-1.0395-0.70781.26470.29110.57710.0385-0.0950.79680.010.8165-2.843719.3961136.8511
108.61675.1193-2.6919.35010.22942.85071.4104-0.4202-0.45451.1333-0.9330.4641-0.58790.6886-0.05961.5133-0.00980.01681.4165-0.21541.0055-4.530235.8053140.8421
113.63211.62193.68235.85932.30843.93910.58680.45-1.5403-0.2135-0.329-0.28091.72650.0353-0.43731.0597-0.07280.11010.56320.01510.6505-4.893-14.2141142.7068
121.94031.062.31631.0161-0.55419.42360.6609-1.0115-0.04490.8327-0.2104-0.05920.7850.51980.15880.80090.04580.13371.15290.09260.68294.7234-3.8054163.8139
134.9025-1.3924-5.53872.813-0.94389.11280.2152-3.111-0.44110.7402-0.1969-0.9936-0.14192.7483-0.53530.8705-0.0212-0.00921.72810.15280.698920.04851.9435166.4337
148.60052.77531.71612.75222.37276.15760.5201-0.891-0.16850.3617-0.1729-0.32580.7141.046-0.22730.62080.20410.0990.88650.04830.588313.7804-0.5217149.5113
156.44291.6217-2.04722.1468-0.81288.92610.0362-0.0824-0.2018-0.24620.0942-0.1547-0.5190.2565-0.24340.50810.17660.03670.45940.0430.50426.3302-1.6307138.7316
167.77173.2058-2.26711.8139-1.52728.54330.4104-1.53440.8120.1541-0.17790.3068-1.23480.5136-0.23920.84370.06940.1511.0676-0.08130.62849.13857.9419161.6981
173.4250.0158-0.04430.7318-0.28037.20440.1598-0.1780.3023-0.1542-0.1540.2636-0.5093-0.191-0.180.54880.11990.09020.35950.04560.5786-1.50142.081145.3466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 403 through 430 )B403 - 430
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 431 through 458 )B431 - 458
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 459 through 476 )B459 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 205 through 246 )A205 - 246
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 247 through 276 )A247 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 277 through 333 )A277 - 333
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 334 through 364 )A334 - 364
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 365 through 430 )A365 - 430
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 431 through 459 )A431 - 459
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 460 through 476 )A460 - 476
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 207 through 225 )B207 - 225
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 226 through 251 )B226 - 251
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 252 through 276 )B252 - 276
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 277 through 302 )B277 - 302
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 303 through 333 )B303 - 333
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 334 through 364 )B334 - 364
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 365 through 402 )B365 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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