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万見
- PDB-6e4u: Structure of AMPK bound to activator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4u
タイトルStructure of AMPK bound to activator
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / AMPK / activator / allostery / TRANSFERASE-ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of mitochondrial transcription / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly ...eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of mitochondrial transcription / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / cold acclimation / lipid droplet disassembly / regulation of carbon utilization / positive regulation of skeletal muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / import into nucleus / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / positive regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / tau-protein kinase / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / cellular response to ethanol / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / response to caffeine / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / regulation of glycolytic process / protein localization to lipid droplet / motor behavior / lipid biosynthetic process / negative regulation of tubulin deacetylation / cellular response to stress / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / fatty acid oxidation / fatty acid homeostasis / cellular response to nutrient levels / negative regulation of lipid catabolic process / response to UV / cellular response to glucose starvation / energy homeostasis / positive regulation of protein localization / positive regulation of adipose tissue development / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to calcium ion / positive regulation of glycolytic process / response to activity / response to gamma radiation / positive regulation of D-glucose import / cellular response to glucose stimulus / regulation of circadian rhythm / ADP binding / response to hydrogen peroxide / autophagy / positive regulation of T cell activation / cellular response to hydrogen peroxide / Wnt signaling pathway / neuron cellular homeostasis / response to estrogen / glucose metabolic process / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of translation / nuclear speck / ciliary basal body / protein phosphorylation / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-HU7 / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Calabrese, M.F. / Kurumbail, R.G.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Acyl Glucuronide Metabolites of 6-Chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1 H-indole-3-carboxylic Acid (PF-06409577) and Related Indole-3-carboxylic Acid Derivatives are Direct ...タイトル: Acyl Glucuronide Metabolites of 6-Chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1 H-indole-3-carboxylic Acid (PF-06409577) and Related Indole-3-carboxylic Acid Derivatives are Direct Activators of Adenosine Monophosphate-Activated Protein Kinase (AMPK).
著者: Ryder, T.F. / Calabrese, M.F. / Walker, G.S. / Cameron, K.O. / Reyes, A.R. / Borzilleri, K.A. / Delmore, J. / Miller, R. / Kurumbail, R.G. / Ward, J. / Kung, D.W. / Brown, J.A. / Edmonds, D.J. ...著者: Ryder, T.F. / Calabrese, M.F. / Walker, G.S. / Cameron, K.O. / Reyes, A.R. / Borzilleri, K.A. / Delmore, J. / Miller, R. / Kurumbail, R.G. / Ward, J. / Kung, D.W. / Brown, J.A. / Edmonds, D.J. / Eng, H. / Wolford, A.C. / Kalgutkar, A.S.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,65813
ポリマ－118,3103
非ポリマー2,34810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12570 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area35540 Å2
手法PISA
2
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子

A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,31726
ポリマ－236,6216
非ポリマー4,69620
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area28470 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area67760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.500, 124.500, 402.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / AMPK subunit alpha-1 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-1 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase / Tau-protein kinase PRKAA1


分子量: 57779.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkaa1, Ampk1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase, tau-protein kinase

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5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPKb / 5'-AMP-activated protein kinase 40 kDa subunit


分子量: 23097.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkab1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80386
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 37434.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkag1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80385

-
非ポリマー , 6種, 10分子

#4: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-HU7 / 1-O-{6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid


分子量: 521.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClN3O9
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→107.82 Å / Num. obs: 29561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 91.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 3.27→3.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.643 / Num. unique all: 1836

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
autoXDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.27→107.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.393 / SU Rfree Blow DPI: 0.368 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.371
詳細: Data collection and scaling were performed to 3.27 A. Final refinement was to 3.35 A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1369 4.98 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.213 27514 92.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 210.52 Å2 / Biso mean: 100.67 Å2 / Biso min: 42.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.5593 Å20 Å20 Å2
2---11.5593 Å20 Å2
3---23.1186 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.27→107.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6187 0 153 0 6340
Biso mean--120.82 --
残基数----810
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2111SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1008HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6490HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion886SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7291SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6490HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8883HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.46
LS精密化 シェル解像度: 3.27→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 50 5.49 %
Rwork0.231 860 -
all0.235 910 -
obs--30.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4172-0.1897-0.34691.40860.63062.53850.08430.05710.0426-0.1009-0.11380.059-0.6654-0.22430.02950.14170.0606-0.0437-0.1354-0.1343-0.178729.453-76.1707-16.2813
21.7078-0.6583-1.856-0.08711.15143.2719-0.02850.01210.2189-0.05360.10350.1757-0.6311-0.1393-0.0750.27110.10670.0605-0.1124-0.1242-0.018135.3432-67.7288-31.3902
33.2085-2.8866-1.16256.21554.29295.1928-0.1055-0.58630.5923-0.04210.9829-0.915-0.37050.9029-0.8774-0.29320.19260.0828-0.0213-0.3031-0.07721.3492-40.751716.2059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A9 - 548
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B77 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C26 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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