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万見
- PDB-6e4j: Solution NMR Structure of Protein PF2048.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4j
タイトルSolution NMR Structure of Protein PF2048.1
要素Uncharacterized protein PF2048.1
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Daigham, N.S. / Liu, G. / Swapna, G.V.T. / Cole, C. / Valafar, H. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1- GM120574 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: REDCRAFT: A Computational Platform Using Residual Dipolar Coupling NMR Data for Determining Structures of Perdeuterated Proteins Without NOEs
著者: Cole, C. / Daigham, N.S. / Liu, G. / Montelione, G.T. / Valafar, H.
履歴
登録2018年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22020年5月20日Group: Experimental preparation / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_nmr_details
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein PF2048.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3111
ポリマ－9,3111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4590 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein PF2048.1


分子量: 9310.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 遺伝子: PFC_08315 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6V394

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HNCA
161isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CA)CO
1111isotropic13D CCH-TOSCY
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1121isotropic13D N15-TOCSY
1131isotropic23D simultaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: The authors state that the “medoid” conformer is #16

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PF2048.1, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 na Calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 % DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N,13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMPF2048.1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMESnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
5 naCalcium chloridenatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
10 %DSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AVSMoseley and Montelionechemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 8 / 詳細: simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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