PDB-6e4b: The crystal structure of a putative alpha-ribazole-5'-P phosphata...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e4b

タイトル

The crystal structure of a putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

要素

Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

キーワード

HYDROLASE / alpha-ribazole-5'-P phosphatase / Center For Structural Genomics Of Infectious Diseases (CSGID)

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase / alpha-ribazole phosphatase activity / intramolecular phosphotransferase activity / cobalamin biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Tan, K. / Maltseva, N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (CASP target)
著者: Tan, K. / Maltseva, N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6e4b.ent.gz	270 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6e4b_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e4b_full_validation.pdf.gz	491.9 KB	表示
XML形式データ	6e4b_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	6e4b_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ij5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1m6o-d 3uhl-d 6viu-d 3s61-2 4yr2-d 5gsb-d 2x4q-1 1vdw-d 1nw4-4 6ile-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96117

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

B: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

C: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

D: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

B: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

D: Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.114, 53.772, 199.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase / Adenosylcobalamin phosphatase / Alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase 分子量: 26079.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: cobC, phpB, b0638, JW0633 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: P52086, adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris base/Hydrochloric acid. 20% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射	モノクロメーター: Si crystal 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→46.5 Å / Num. obs: 38300 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 0.874 / Net I/σ(I): 12.65
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 1779 / CC_1/2: 0.564 / R_pim(I) all: 0.518 / R_rim(I) all: 0.891 / Χ²: 0.851 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IJ5

4ij5

解像度: 2.55→46.172 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.93

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2276	1663	4.99 %	random
R_work	0.1932	-	-	-
obs	0.1949	33309	84.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6219	0	41	69	6329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6406
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.449	8702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.858	4128
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	962
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5501-2.6251	0.374	65	0.2704	1315	X-RAY DIFFRACTION	42
2.6251-2.7099	0.3298	92	0.2655	1676	X-RAY DIFFRACTION	54
2.7099-2.8067	0.2666	108	0.2526	2007	X-RAY DIFFRACTION	65
2.8067-2.9191	0.2949	130	0.2358	2381	X-RAY DIFFRACTION	77
2.9191-3.0519	0.2855	142	0.236	2661	X-RAY DIFFRACTION	86
3.0519-3.2128	0.2619	143	0.2228	3000	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2128-3.414	0.2499	142	0.2055	3047	X-RAY DIFFRACTION	97
3.414-3.6775	0.2189	168	0.181	3063	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6775-4.0474	0.1842	169	0.1669	3043	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0474-4.6326	0.1749	175	0.1518	3112	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6326-5.8347	0.2109	166	0.1815	3142	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8347-46.1795	0.2367	163	0.1945	3199	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6071	0.0373	-0.0308	1.1137	-0.3676	0.4363	0.023	-0.0679	-0.0202	0.1311	-0.0997	-0.1888	0.0844	0.0672	0.0678	0.1375	0.0197	0.0598	-0.0146	0.1164	0.3149	20.1617	0.1271	7.7613
2	0.717	-0.1525	-0.4311	1.268	0.246	0.9412	-0.1591	-0.0572	-0.3646	0.0884	-0.0982	-0.1517	0.2839	0.091	-0.4665	0.2258	0.1077	0.0623	0.0902	0.0785	0.3986	21.6943	-12.3386	9.9724
3	1.7484	-0.235	-0.5348	0.8143	-0.9315	2.1247	-0.0477	0.185	-0.36	-0.3243	-0.0402	-0.1008	0.54	-0.1357	0.0178	0.1868	0.0213	0.0281	-0.0309	0.0241	0.3423	10.9393	-7.0449	3.0622
4	1.201	0.866	-0.2393	0.739	-0.1128	0.4232	0.2476	-0.1223	-0.0727	0.267	-0.0838	-0.1185	-0.2765	0.0716	0.3479	0.208	-0.0602	0.142	-0.0455	0.146	0.2842	23.3487	12.7316	3.6958
5	6.1757	2.3198	-1.6906	2.2151	0.8643	4.1087	0.1808	-0.4746	0.3009	0.5007	-0.2046	-0.1982	-0.3822	0.1004	0.045	0.3721	-0.144	0.019	0.1968	0.0302	0.3228	29.806	20.8897	9.8994
6	1.8999	1.9539	1.7406	5.9413	1.7974	1.5963	0.1663	-0.3418	0.3174	0.854	-0.2421	0.6378	0.1962	-0.2994	0.1332	0.4556	0.0177	0.1136	0.101	-0.0351	0.3989	17.7426	20.5353	8.9244
7	3.5448	2.9153	0.0521	4.243	0.2726	2.0063	-0.0462	0.0946	0.6105	-0.1951	-0.0219	0.6879	-0.3106	-0.4889	0.1065	0.1543	0.072	-0.0281	0.224	0.0139	0.221	4.2431	9.2397	7.558
8	2.1268	-0.1198	0.6021	0.6872	-0.0304	0.9814	-0.134	-0.0041	-0.1204	-0.0505	0.0902	0.3985	0.2748	-0.3415	-0.2798	0.1075	-0.0922	0.0439	0.091	0.0682	0.3349	3.1792	-4.8651	8.0794
9	1.9822	0.455	-0.9933	6.183	-0.0376	3.2542	0.0924	-0.0899	0.408	0.1943	0.0343	-0.2303	-0.2636	0.0035	-0.0132	0.0615	0.0335	0.0223	0.043	0.0317	0.2094	9.7162	6.25	14.9311
10	2.7364	-0.0351	-1.6447	5.1203	1.2533	2.11	0.027	-0.3588	0.4309	0.3364	0.1659	-0.5704	-0.0383	0.2685	-0.174	0.1545	-0.0892	-0.0282	0.2513	-0.0313	0.1879	13.8131	5.071	19.0225
11	5.8395	-4.4692	-0.4749	4.4708	0.2276	2.15	-0.0314	0.0049	-0.6626	-0.0871	-0.1108	0.5947	0.2392	-0.1732	0.0918	0.0894	-0.0393	0.0155	0.2443	0.1608	0.3342	5.198	-5.5292	19.6762
12	3.6917	0.5329	-0.3372	1.8657	-0.1033	2.5093	0.0062	-0.6691	-0.2924	0.1785	-0.2843	-0.0693	0.4834	0.4556	0.2335	0.3506	-0.0181	0.0508	0.4855	0.2284	0.2797	11.22	-11.3388	38.6259
13	2.1119	0.6096	-1.0401	6.1031	1.3671	4.2516	0.149	-0.9502	-0.2052	0.7604	-0.0876	-0.5369	0.6417	0.7581	-0.0419	0.3933	-0.0346	-0.0721	0.6982	0.2258	0.2803	16.3701	-9.8451	45.1162
14	0.9319	0.5194	0.0914	0.515	0.0292	0.0105	-0.0505	-0.3807	-0.0368	0.0158	-0.1619	0.0275	0.3994	-0.1243	0.1696	0.4235	-0.2188	0.1007	0.6542	0.0148	0.2962	-5.5196	-5.3554	45.24
15	5.2786	4.1803	-0.6717	5.7543	-2.4038	1.708	0.2136	0.1387	0.7264	-0.0438	0.0141	0.8211	-0.0265	-0.5243	-0.1643	0.3126	-0.0544	0.1024	0.7967	0.0115	0.4731	-12.9028	-0.4116	40.7705
16	3.387	0.1918	0.96	1.0292	-0.6707	0.7915	0.0966	-0.6524	0.3785	0.3962	-0.1993	-0.1661	-0.3285	0.5328	0.1483	0.3697	-0.2204	-0.0481	0.7567	0.019	0.1534	13.5251	4.6192	41.736
17	4.5078	-1.8087	1.2942	3.9698	-1.6441	5.7823	0.1027	-0.3292	-0.0287	0.2797	0.1117	0.1334	-0.2795	-0.0454	-0.0223	0.2126	-0.0915	0.015	0.3603	-0.0025	0.1273	5.2166	4.7084	32.2874
18	2.7826	-1.0378	-0.3723	7.1021	-0.3292	2.7539	0.093	-0.8921	-0.2585	-0.0049	-0.1918	-0.3862	-0.0126	0.6439	-0.0013	0.1901	-0.0689	-0.0247	0.4123	0.1031	0.219	16.1222	-2.1315	28.5407
19	2.8493	0.7399	-0.5469	5.3841	-1.6946	3.0623	0.1591	0.0786	0.1131	0.0403	-0.0704	-0.1922	-0.0377	0.1768	-0.0874	0.2902	-0.1732	-0.0018	0.7754	0.0061	0.1473	34.291	11.4901	54.8536
20	2.2418	-1.766	-0.7442	2.9216	2.304	4.0935	0.3445	-0.1976	1.0228	0.6787	-0.0681	0.8158	-0.9549	-0.5625	-0.2594	0.8631	0.0665	0.1672	0.7409	0.0484	0.8765	21.3393	30.8745	61.6724
21	2.5083	0.7766	-0.8292	6.0434	0.0933	1.9334	-0.0473	-0.0307	0.0072	-0.1595	0.2523	0.8738	0.3932	-0.9079	-0.1539	0.4356	-0.2495	-0.0757	1.0287	0.1196	0.2338	20.0254	7.241	57.9185
22	3.1645	-0.1281	0.4759	3.3225	-2.1276	4.3739	0.1657	-0.5776	0.1014	0.6018	0.053	0.2482	-0.2509	-0.2846	-0.2152	0.587	-0.1249	0.0009	0.8605	-0.0012	0.1931	27.3105	8.3368	68.3592
23	1.3172	-0.4705	-0.9256	2.2119	-0.6652	4.2651	-0.3594	-0.1967	-0.2485	0.4908	0.1213	-0.1302	1.208	0.3985	0.199	1.3586	0.0672	-0.2445	1.0452	0.0065	0.3865	40.2883	-3.4291	84.3463
24	0.3314	0.0921	-0.3221	1.1902	-0.8445	2.0976	-0.0499	-0.4375	-0.0734	0.3413	-0.1556	-0.1966	0.4927	0.3869	-0.0855	1.2718	0.0763	-0.3925	1.1794	-0.0163	0.3118	43.9047	4.445	90.6087
25	0.025	-0.0507	-0.0133	0.2254	0.1688	0.1662	0.3983	-0.2794	-0.5674	1.0441	0.1409	-0.1579	-0.5247	-0.151	-0.2511	1.4377	-0.3084	-0.2269	1.3694	0.1963	0.7242	27.1667	-11.5619	93.2633
26	0.0126	-0.022	-0.0026	0.0431	0.0044	0.0003	0.2301	-0.2533	-0.091	1.151	-0.1656	-0.292	-1.007	-0.0684	-0.0818	1.6358	-0.2031	0.1877	1.5244	-0.036	1.1537	18.0672	-17.7976	88.213
27	4.0544	1.4844	0.6427	3.3949	1.3882	0.9557	-0.2514	-0.5763	-0.3164	0.6169	0.0795	0.236	0.3401	-0.4385	0.1291	1.2937	-0.0259	0.1556	1.3191	0.0617	0.2845	22.6562	1.4589	92.5708
28	1.9934	-0.4381	-1.4186	1.2395	-0.6754	1.8538	-0.036	-0.4783	0.1179	1.0587	0.0065	0.0079	-0.0149	-0.1378	-0.0194	0.9804	0.0135	-0.0618	1.1831	-0.0458	0.0926	32.0117	7.9239	81.1255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 109 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 138 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 139 through 149 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 150 through 160 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 161 through 178 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 179 through 202 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 0 through 55 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 56 through 79 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 80 through 91 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 92 through 120 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 121 through 149 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 150 through 170 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 171 through 202 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid -1 through 79 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 80 through 120 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 121 through 149 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 150 through 201 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 0 through 41 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 42 through 79 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 80 through 91 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 92 through 108 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 109 through 135 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 136 through 200 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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