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Yorodumi- PDB-6e4b: The crystal structure of a putative alpha-ribazole-5'-P phosphata... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e4b | ||||||
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Title | The crystal structure of a putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 | ||||||
Components | Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha-ribazole-5'-P phosphatase / Center For Structural Genomics Of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase / alpha-ribazole phosphatase activity / intramolecular phosphotransferase activity / cobalamin biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Maltseva, N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of a putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (CASP target) Authors: Tan, K. / Maltseva, N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e4b.cif.gz | 332.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e4b.ent.gz | 270 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e4b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6e4b_validation.pdf.gz | 480.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6e4b_full_validation.pdf.gz | 491.9 KB | Display | |
Data in XML | 6e4b_validation.xml.gz | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6e4b_validation.cif.gz | 40.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ij5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26079.373 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: cobC, phpB, b0638, JW0633 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-Magic References: UniProt: P52086, adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris base/Hydrochloric acid. 20% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si crystal 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→46.5 Å / Num. obs: 38300 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 31.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 12.65 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 1779 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 0.891 / Χ2: 0.851 / % possible all: 90.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4IJ5 Resolution: 2.55→46.172 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.93
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→46.172 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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