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万見
- PDB-6e3y: Cryo-EM structure of the active, Gs-protein complexed, human CGRP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e3y
タイトルCryo-EM structure of the active, Gs-protein complexed, human CGRP receptor
要素
  • (Calcitonin gene-related peptide ...) x 2
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Nanobody 35
  • Receptor activity-modifying protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / class B G protein-coupled receptor / agonist-receptor-G protein ternary complex / calcitonin gene-related peptide receptor / receptor activity modifying protein 1 / active-state G protein-coupled receptor / phase plate / phase contrast
機能・相同性
機能・相同性情報


nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway ...nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of macrophage differentiation / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / vasculature development / G protein-coupled receptor internalization / negative regulation of bone resorption / endothelial cell proliferation / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of osteoclast differentiation / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / developmental growth / endothelial cell migration / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / coreceptor activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to glucagon stimulus / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase activator activity / regulation of insulin secretion / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / positive regulation of interleukin-8 production / G protein-coupled receptor activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / intracellular protein transport / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / hormone activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein activity / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / platelet aggregation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / regulation of blood pressure / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / vasodilation / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / calcium ion transport / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / protein transport
類似検索 - 分子機能
Calcitonin gene-related peptide / GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like ...Calcitonin gene-related peptide / GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein beta WD-40 repeat / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin gene-related peptide 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liang, Y.L. / Khoshouei, M. / Deganutti, G. / Glukhova, A. / Koole, C. / Peat, T.S. / Radjainia, M. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W. / Miller, L.J. ...Liang, Y.L. / Khoshouei, M. / Deganutti, G. / Glukhova, A. / Koole, C. / Peat, T.S. / Radjainia, M. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W. / Miller, L.J. / Hay, D.L. / Christopoulos, A. / Reynolds, C.A. / Wootten, D. / Sexton, P.M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1120919 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1055134 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the active, G-protein complexed, human CGRP receptor.
著者: Yi-Lynn Liang / Maryam Khoshouei / Giuseppe Deganutti / Alisa Glukhova / Cassandra Koole / Thomas S Peat / Mazdak Radjainia / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Laurence J Miller / ...著者: Yi-Lynn Liang / Maryam Khoshouei / Giuseppe Deganutti / Alisa Glukhova / Cassandra Koole / Thomas S Peat / Mazdak Radjainia / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Laurence J Miller / Deborah L Hay / Arthur Christopoulos / Christopher A Reynolds / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
要旨: Calcitonin gene-related peptide (CGRP) is a widely expressed neuropeptide that has a major role in sensory neurotransmission. The CGRP receptor is a heterodimer of the calcitonin receptor-like ...Calcitonin gene-related peptide (CGRP) is a widely expressed neuropeptide that has a major role in sensory neurotransmission. The CGRP receptor is a heterodimer of the calcitonin receptor-like receptor (CLR) class B G-protein-coupled receptor and a type 1 transmembrane domain protein, receptor activity-modifying protein 1 (RAMP1). Here we report the structure of the human CGRP receptor in complex with CGRP and the G-protein heterotrimer at 3.3 Å global resolution, determined by Volta phase-plate cryo-electron microscopy. The receptor activity-modifying protein transmembrane domain sits at the interface between transmembrane domains 3, 4 and 5 of CLR, and stabilizes CLR extracellular loop 2. RAMP1 makes only limited direct contact with CGRP, consistent with its function in allosteric modulation of CLR. Molecular dynamics simulations indicate that RAMP1 provides stability to the receptor complex, particularly in the positioning of the extracellular domain of CLR. This work provides insights into the control of G-protein-coupled receptor function.
履歴
登録2018年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月15日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8978
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Calcitonin gene-related peptide 1
N: Nanobody 35
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
E: Receptor activity-modifying protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,3567
ポリマ－184,3567
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20890 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area52580 Å2

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要素

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Calcitonin gene-related peptide ... , 2種, 2分子 PR

#1: タンパク質・ペプチド Calcitonin gene-related peptide 1 / Alpha-type CGRP / Calcitonin gene-related peptide I / CGRP-I


分子量: 3795.354 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 83-119 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06881
#6: タンパク質 Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor


分子量: 56274.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCRL, CGRPR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16602

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 45683.434 Da / 分子数: 1
Mutation: N54S, A226G, A268E, K271N, D274K, K280R, D284T, T285I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63092
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 NE

#2: 抗体 Nanobody 35


分子量: 15140.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質 Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1


分子量: 17066.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60894

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of a full-length, active-state calcitonin gene-related peptide receptor with calcitonin gene-related peptide ligand, heterotrimeric Gs protein and nanobody35
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 47170 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.8.9モデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正詳細: phase plate CTF correction / タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 407000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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