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- PDB-6e3l: Interferon gamma signalling complex with IFNGR1 and IFNGR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e3l
タイトルInterferon gamma signalling complex with IFNGR1 and IFNGR2
要素
  • (Interferon gamma receptor ...) x 2
  • Interferon gamma
キーワードCYTOKINE / cytokine receptor / protein complex / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


type II interferon receptor activity / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of tau-protein kinase activity / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / : ...type II interferon receptor activity / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of tau-protein kinase activity / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / : / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of cellular respiration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of protein deacetylation / type III interferon-mediated signaling pathway / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of core promoter binding / neuroinflammatory response / positive regulation of exosomal secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of signaling receptor activity / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of neurogenesis / cytokine receptor activity / negative regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of amyloid-beta formation / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of epithelial cell migration / cytokine binding / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of insulin secretion / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of autophagy / Regulation of IFNG signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of glycolytic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / astrocyte activation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to virus / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / Interferon gamma signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / defense response to virus / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / Interferon gamma / Interferon gamma / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 ...Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / Interferon gamma / Interferon gamma / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Interferon gamma / Interferon gamma receptor 1 / Interferon gamma receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Jude, K.M. / Mendoza, J.L. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)K01CA175127 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the IFN gamma receptor complex guides design of biased agonists.
著者: Mendoza, J.L. / Escalante, N.K. / Jude, K.M. / Sotolongo Bellon, J. / Su, L. / Horton, T.M. / Tsutsumi, N. / Berardinelli, S.J. / Haltiwanger, R.S. / Piehler, J. / Engleman, E.G. / Garcia, K.C.
履歴
登録2018年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon gamma
B: Interferon gamma
C: Interferon gamma receptor 1
D: Interferon gamma receptor 1
E: Interferon gamma receptor 2
I: Interferon gamma receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,23620
ポリマ－141,7826
非ポリマー5,45414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.694, 150.212, 212.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Interferon gamma receptor ... , 2種, 4分子 CDEI

#2: タンパク質 Interferon gamma receptor 1 / IFN-gamma-R1 / CDw119 / Interferon gamma receptor alpha-chain / IFN-gamma-R-alpha


分子量: 27363.729 Da / 分子数: 2 / Mutation: T149I, M161K, Q167K, K174N, Q182R, H205N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNGR1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15260
#3: タンパク質 Interferon gamma receptor 2 / IFN-gamma-R2 / Interferon gamma receptor accessory factor 1 / AF-1 / Interferon gamma receptor beta- ...IFN-gamma-R2 / Interferon gamma receptor accessory factor 1 / AF-1 / Interferon gamma receptor beta-chain / IFN-gamma-R-beta / Interferon gamma transducer 1


分子量: 26310.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNGR2, IFNGT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38484

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Interferon gamma / IFN-gamma / Immune interferon


分子量: 17216.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01579
#8: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H7NO2S

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糖 , 4種, 12分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M Ammonium Tartrate dibasic pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999989 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→48.74 Å / Num. obs: 25652 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.281 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 3.524 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1875 / CC1/2: 0.429 / Rpim(I) all: 0.942 / Rrim(I) all: 3.649 / Χ2: 0.96 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E3K

6e3k


解像度: 3.8→48.738 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 1689 6.61 %
Rwork0.2477 --
obs0.2493 25570 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→48.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8619 0 357 0 8976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80112583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1525508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8001-3.91190.45141400.40481966X-RAY DIFFRACTION100
3.9119-4.03810.34441360.35281947X-RAY DIFFRACTION100
4.0381-4.18240.32811400.31011971X-RAY DIFFRACTION100
4.1824-4.34970.33171390.29111971X-RAY DIFFRACTION100
4.3497-4.54750.25071370.23791949X-RAY DIFFRACTION100
4.5475-4.78710.24581380.22111936X-RAY DIFFRACTION100
4.7871-5.08670.25651410.22951999X-RAY DIFFRACTION100
5.0867-5.4790.23671400.22361975X-RAY DIFFRACTION100
5.479-6.02950.2721390.24482005X-RAY DIFFRACTION100
6.0295-6.89980.24831420.25961999X-RAY DIFFRACTION100
6.8998-8.6850.28571460.23792048X-RAY DIFFRACTION100
8.685-48.7420.25071510.22092115X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9429-1.7385-0.63870.32231.1671.9968-0.09130.02490.03670.0403-0.1274-0.20.21110.660801.27710.2868-0.05631.03820.00581.232-18.41274.83261.3691
20.94840.99491.1552.4114-0.55981.17740.30030.39170.2108-0.0728-0.3231-0.02480.5745-0.092501.17410.31610.10150.618-00.8718-16.1619-4.582813.0066
31.572-0.5474-0.13440.31070.57870.1621-0.08550.1010.19410.0678-0.16010.27580.8944-0.0162-0.3271.14670.06260.14191.2673-0.15251.2018-31.9185-1.4035-27.4179
4-1.07480.83010.16140.17941.57660.76370.1558-0.24570.25690.4082-0.263-0.09150.4546-0.2743-1.09171.6095-0.0781-0.21581.37340.15981.1417-31.3316-4.462541.3941
5-0.6433-0.814-0.26321.6704-0.8827-0.26730.60290.1213-0.71730.79890.42280.81680.66310.60330.00013.9383-0.0049-0.37133.72310.54373.1956-26.3417-33.39521.8224
63.1494-0.2080.7822-0.31960.95911.3314-0.3225-0.03280.329-0.0871-0.07670.28310.0284-0.170200.6937-0.01170.00650.90670.02331.1925-41.072326.2064-7.9006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -1:123 )A-1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID -1:124 )B-1 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 11:223 )C11 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 11:221 )D11 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 28:240 )E28 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN I AND RESID 28:240 )I28 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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