+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e3k | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Interferon gamma signalling complex with IFNGR1 and IFNGR2 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | CYTOKINE / cytokine receptor / protein complex / protein engineering | |||||||||
Function / homology | ![]() type II interferon receptor activity / : / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of protein deacetylation ...type II interferon receptor activity / : / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of protein deacetylation / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of core promoter binding / neuroinflammatory response / positive regulation of exosomal secretion / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of metabolic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of amyloid-beta formation / IFNG signaling activates MAPKs / negative regulation of epithelial cell differentiation / cytokine binding / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-12 production / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / regulation of insulin secretion / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / cytokine-mediated signaling pathway / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of inflammatory response / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / defense response to virus / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jude, K.M. / Mendoza, J.L. / Garcia, K.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the IFN gamma receptor complex guides design of biased agonists. Authors: Mendoza, J.L. / Escalante, N.K. / Jude, K.M. / Sotolongo Bellon, J. / Su, L. / Horton, T.M. / Tsutsumi, N. / Berardinelli, S.J. / Haltiwanger, R.S. / Piehler, J. / Engleman, E.G. / Garcia, K.C. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 474 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 391.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6e3lC ![]() 1fg9S ![]() 5eh1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 17216.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|
-Interferon gamma receptor ... , 2 types, 4 molecules CDEI
#2: Protein | Mass: 27363.729 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: T149I, M161K, Q167K, K174N, Q182R, H205N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 26310.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 3 types, 14 molecules 
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#6: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 16 molecules 




#7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has protein modification | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.42 Å3/Da / Density % sol: 72.16 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: 100 mM Bis Tris Propane pH 7.0, 2 M sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.25→49.49 Å / Num. obs: 40393 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.25→3.38 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4469 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.594 / Rrim(I) all: 1.573 / Χ2: 0.87 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1fg9, 5eh1 Resolution: 3.25→37.188 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.28
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.25→37.188 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|