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- PDB-6e3i: Human Bfl-1 in complex with the Bfl-1-specific designed peptide srt.F4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e3i
タイトルHuman Bfl-1 in complex with the Bfl-1-specific designed peptide srt.F4
要素
  • Bcl-2-related protein A1
  • peptide srt.F4
キーワードAPOPTOSIS / anti-apoptotic Bcl-2 / inhibitor / design
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mitochondrial fusion / BH domain binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / mitochondrial outer membrane / negative regulation of apoptotic process ...Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mitochondrial fusion / BH domain binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / mitochondrial outer membrane / negative regulation of apoptotic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.481 Å
データ登録者Jenson, J.M. / Keating, A.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM110048 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Peptide design by optimization on a data-parameterized protein interaction landscape.
著者: Jenson, J.M. / Xue, V. / Stretz, L. / Mandal, T. / Reich, L.L. / Keating, A.E.
履歴
登録2018年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1
B: peptide srt.F4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8783
ポリマ－19,7822
非ポリマー961
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.220, 42.947, 46.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein BFL-1 / Protein GRS


分子量: 17442.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16548
#2: タンパク質・ペプチド peptide srt.F4


分子量: 2338.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 23986 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 19.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.249 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.48-1.512.70.3447370.8560.2180.4110.69157.4
1.51-1.533.20.3159580.920.1790.3650.71574.5
1.53-1.563.60.30710270.8980.1710.3540.68980.5
1.56-1.593.90.27411400.9480.1460.3130.73288.6
1.59-1.6340.26711900.9370.1420.3040.79792
1.63-1.674.20.23712270.9430.1250.270.80494.2
1.67-1.714.20.21912320.960.1150.2490.85896
1.71-1.754.50.20212380.9580.1030.2280.95297.3
1.75-1.814.80.18312890.9690.090.2050.93598.2
1.81-1.864.90.16212760.9710.080.1821.08598.8
1.86-1.934.80.14412550.980.0720.1621.16598.1
1.93-2.014.70.12212690.9820.0610.1371.31898.6
2.01-2.14.50.10812480.9850.0540.1211.596.3
2.1-2.2150.09812760.9860.0480.111.64198.8
2.21-2.3550.09312760.9880.0450.1041.84198
2.35-2.534.80.07812800.9910.0380.0871.63897.6
2.53-2.794.70.07112460.9910.0350.081.69696.7
2.79-3.1950.05812920.9940.0280.0651.52598.4
3.19-4.024.80.04812480.9970.0240.0541.54294.8
4.02-504.90.0412820.9980.0190.0441.38494.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.481→39.255 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1729 2003 8.36 %
Rwork0.1391 --
obs0.142 23967 91.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.11 Å2 / Biso mean: 31.9675 Å2 / Biso min: 14.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.481→39.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 5 108 1507
Biso mean--47.73 40.6 -
残基数----175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4808-1.51780.2474920.1869932102456
1.5178-1.55890.26071040.15331330143477
1.5589-1.60470.20041470.13981480162789
1.6047-1.65650.18911450.13361578172393
1.6565-1.71580.19871460.14121629177596
1.7158-1.78440.18041520.14011637178998
1.7844-1.86570.22431510.14171696184799
1.8657-1.9640.20331520.13111680183298
1.964-2.08710.16791520.12371640179297
2.0871-2.24820.16361560.11831686184299
2.2482-2.47440.14331480.12131658180698
2.4744-2.83240.17671500.13321673182397
2.8324-3.56810.17611590.14241682184197
3.5681-39.26910.15891490.15481663181294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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