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万見
- PDB-6e33: Crystal Structure of Pho7-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+33
タイトルCrystal Structure of Pho7-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
  • Uncharacterized transcriptional regulatory protein C27B12.11c
キーワードTRANSCRIPTION / Zn2Cys6 / Zinc binuclear cluster transcription factor / transcription factor-DNA complex / Pho7
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular phosphate ion homeostasis / cellular response to phosphate starvation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to starvation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...intracellular phosphate ion homeostasis / cellular response to phosphate starvation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to starvation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized transcriptional regulatory protein C27B12.11c
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.705 Å
データ登録者Garg, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 GM126945 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Distinctive structural basis for DNA recognition by the fission yeast Zn2Cys6 transcription factor Pho7 and its role in phosphate homeostasis.
著者: Garg, A. / Goldgur, Y. / Schwer, B. / Shuman, S.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年11月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized transcriptional regulatory protein C27B12.11c
C: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4025
ポリマ－19,2713
非ポリマー1312
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.827, 40.682, 58.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized transcriptional regulatory protein C27B12.11c


分子量: 7005.494 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 279-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pi067, SPBC27B12.11c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O13658
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6052.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 6213.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl pH 7.0, 0.2M NaOAc, 32.5% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2827, 0.97918
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28271
20.979181
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 24169 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1086 / CC1/2: 0.953 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.705→43.131 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 1121 4.66 %
Rwork0.1881 --
obs0.1893 24060 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.705→43.131 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数460 814 2 269 1545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8862018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.024708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7046-1.78220.30191330.25932635X-RAY DIFFRACTION88
1.7822-1.87610.22831530.21672932X-RAY DIFFRACTION98
1.8761-1.99370.25781300.21012967X-RAY DIFFRACTION99
1.9937-2.14760.21991320.20952940X-RAY DIFFRACTION98
2.1476-2.36370.22231490.19532954X-RAY DIFFRACTION99
2.3637-2.70570.22011530.19922960X-RAY DIFFRACTION98
2.7057-3.40870.21751260.20412789X-RAY DIFFRACTION92
3.4087-43.14520.19191450.15182762X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4228-1.21510.20136.0281-0.5984.1676-0.1727-0.1647-0.0716-0.04560.2255-0.0097-0.0105-0.028-0.06830.1406-0.01880.02380.12710.01240.105839.632-0.396135.2697
21.6299-1.33242.47523.5097-4.12758.9227-0.1798-0.0982-0.00310.31090.41340.2621-1.0682-1.0279-0.33810.27330.07910.05580.23670.04240.202534.54447.808138.9707
30.94250.4303-0.30820.8720.14424.5604-0.0342-0.3417-0.17240.47080.068-0.11380.2485-0.0385-0.01530.28530.0328-0.00580.180.02960.181541.5192-6.375360.334
43.60440.08111.37086.90992.88547.70020.30130.742-0.3899-0.62230.07510.2197-0.86190.0379-0.00480.2179-0.1098-0.14780.64450.03220.463327.2791-3.837623.3186
50.86110.38330.74111.5808-0.48225.3062-0.0218-0.0932-0.10580.07740.142-0.08080.02840.1928-0.19370.15320.02070.03560.14620.01310.201743.4775-7.977151.4916
68.0524-0.19154.1112.1731-1.02264.68150.0250.1289-0.15820.09850.0878-0.247-0.05380.5865-0.12910.15820.01990.03780.2568-0.02240.159247.3943-6.460356.365
75.09950.4893.40340.8310.26844.03670.24860.2205-0.5772-0.1440.00010.29660.4132-0.8046-0.23630.2539-0.0881-0.03110.412-0.02490.28828.9497-8.254228.1289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 5 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 6 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 10 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 11 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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