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万見
- PDB-6e23: Displacement of WDR5 from chromatin by a pharmacological WIN site... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+23
タイトルDisplacement of WDR5 from chromatin by a pharmacological WIN site inhibitor with picomolar affinity
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードgene regulation/inhibitor / WDR5 / WIN-site / fragment screening / structure-based design / mixed-lineage leukemia / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-inhibitor complex / GENE REGULATION / gene regulation-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex ...Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / : / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HLJ / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Phan, J. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)WDR5-MLL1 NExT Leidos Biomedical Research 16X117 HHSN2162008000 01E UNIV 57992 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Displacement of WDR5 from Chromatin by a WIN Site Inhibitor with Picomolar Affinity.
著者: Aho, E.R. / Wang, J. / Gogliotti, R.D. / Howard, G.C. / Phan, J. / Acharya, P. / Macdonald, J.D. / Cheng, K. / Lorey, S.L. / Lu, B. / Wenzel, S. / Foshage, A.M. / Alvarado, J. / Wang, F. / ...著者: Aho, E.R. / Wang, J. / Gogliotti, R.D. / Howard, G.C. / Phan, J. / Acharya, P. / Macdonald, J.D. / Cheng, K. / Lorey, S.L. / Lu, B. / Wenzel, S. / Foshage, A.M. / Alvarado, J. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Zhao, B. / Weissmiller, A.M. / Thomas, L.R. / Vakoc, C.R. / Hall, M.D. / Hiebert, S.W. / Liu, Q. / Stauffer, S.R. / Fesik, S.W. / Tansey, W.P.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0175
ポリマ－68,7822
非ポリマー1,2353
水9,602533
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8892
ポリマ－34,3911
非ポリマー4981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1283
ポリマ－34,3911
非ポリマー7372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.888, 54.215, 64.517
Angle α, β, γ (deg.)70.19, 88.80, 74.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34390.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物 ChemComp-HLJ / N-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-3-(6-fluoro-2-methylpyridin-3-yl)-5-{[(2E)-2-imino-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl]methyl}benzamide


分子量: 498.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22Cl2FN5O
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / Density meas: 73 Mg/m3 / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0 or Hepes pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 28% to 32% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 65103 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Num. measured obs: 3238

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3139: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D9X

6d9x


解像度: 1.66→36.415 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 1999 3.07 %
Rwork0.1817 --
obs0.1826 65060 95.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→36.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 83 537 5288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8286688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2312927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6564-1.69780.30131300.27264083X-RAY DIFFRACTION86
1.6978-1.74370.25551430.24324520X-RAY DIFFRACTION95
1.7437-1.7950.26481440.22814555X-RAY DIFFRACTION96
1.795-1.8530.26541420.21214483X-RAY DIFFRACTION96
1.853-1.91920.24841450.19814565X-RAY DIFFRACTION96
1.9192-1.9960.24381430.18584519X-RAY DIFFRACTION96
1.996-2.08690.23281450.18694590X-RAY DIFFRACTION97
2.0869-2.19690.19881460.18444578X-RAY DIFFRACTION97
2.1969-2.33450.24021450.18574584X-RAY DIFFRACTION97
2.3345-2.51470.21431450.19024595X-RAY DIFFRACTION97
2.5147-2.76770.23021460.19234588X-RAY DIFFRACTION97
2.7677-3.1680.19571450.18024550X-RAY DIFFRACTION96
3.168-3.99050.18121400.15974433X-RAY DIFFRACTION94
3.9905-36.42420.17691400.16124418X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.584-0.7788-0.56641.03220.47081.3035-0.0354-0.00130.0353-0.10680.0395-0.0603-0.07140.0796-0.00390.1565-0.02390.00060.1924-0.01840.14867.63836.9989-6.1592
21.6217-0.1821-0.58681.485-0.08121.6987-0.0894-0.0042-0.0144-0.02680.06460.1565-0.0485-0.16990.04420.12760.0023-0.01990.2083-0.02220.181-10.30567.5741.1769
32.877-0.79510.43851.4465-0.40491.7083-0.1398-0.0079-0.43350.02870.04730.25290.3871-0.34060.12340.2146-0.04580.04260.2738-0.03930.2699-12.3266-4.26522.5992
41.60720.0038-0.78151.236-0.30631.6707-0.2186-0.1564-0.36670.10710.10290.12090.38020.06930.0860.25260.02460.0680.16250.03430.23143.7455-10.31952.3265
50.89640.047-0.23830.853-0.1131.2478-0.0544-0.12840.02930.14560.037-0.2754-0.08560.47390.05130.1419-0.0145-0.04910.3455-0.03460.210635.051918.8134.4094
61.2082-0.236-0.39511.02130.16131.8783-0.10860.0642-0.16980.0486-0.06040.04430.3259-0.0670.14390.1707-0.00740.02320.199-0.03360.199719.64048.153630.0641
70.37270.1679-0.13480.6397-0.65032.25470.01470.10010.0529-0.0392-0.04210.232-0.3357-0.56720.08030.15410.0462-0.01460.2987-0.0520.176710.739222.675823.5857
81.1498-0.0139-0.15881.7437-0.29552.49040.12060.00210.2133-0.02860.0158-0.0968-0.64290.2223-0.10330.2448-0.06670.00270.2042-0.02110.191526.775331.507526.1287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 125 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 126 through 199 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 233 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 234 through 334 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 32 through 84 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 85 through 167 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 168 through 233 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 234 through 334 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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