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万見
- PDB-6e1u: Crystal structure of a class I PreQ1 riboswitch complexed with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e1u
タイトルCrystal structure of a class I PreQ1 riboswitch complexed with a synthetic compound 2: 2-[(dibenzo[b,d]furan-2-yl)oxy]-N,N-dimethylethan-1-amine
要素RNA (33-MER)
キーワードRNA / PreQ1 riboswitch / Synthetic compound / Complex
機能・相同性Chem-HMJ / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Numata, T. / Connelly, C.M. / Schneekloth, J.S. / Ferre-D'Amare, A.R.
資金援助 米国, 日本, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Synthetic ligands for PreQ1riboswitches provide structural and mechanistic insights into targeting RNA tertiary structure.
著者: Connelly, C.M. / Numata, T. / Boer, R.E. / Moon, M.H. / Sinniah, R.S. / Barchi, J.J. / Ferre-D'Amare, A.R. / Schneekloth Jr., J.S.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02019年12月4日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6133
ポリマ－10,3331
非ポリマー2802
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)115.361, 115.361, 58.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (33-MER)


分子量: 10333.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-HMJ / 2-[(dibenzo[b,d]furan-2-yl)oxy]-N,N-dimethylethan-1-amine


分子量: 255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), 2.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→99.91 Å / Num. obs: 17502 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 42.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 448241 / Scaling rejects: 449
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.94-1.9926.84.30312620.6980.8374.385100
8.68-99.9121.30.0582520.9980.0150.0699.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.55 Å99.91 Å
Translation5.55 Å99.91 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q50

3q50


解像度: 1.94→57.681 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 869 4.98 %
Rwork0.1896 --
obs0.1903 17448 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.01 Å2 / Biso mean: 58.8384 Å2 / Biso min: 29.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→57.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 674 20 50 744
Biso mean--43.17 56.14 -
残基数----33
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0591197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.378380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.94-2.06160.40461450.376926952840
2.0616-2.22080.331210.333427302851
2.2208-2.44430.26581580.278227032861
2.4443-2.79790.34821470.285527252872
2.7979-3.52510.18891430.180527772920
3.5251-57.7060.14471550.133529493104
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93871.3031-1.72022.6141.59085.8498-0.02690.1669-0.39530.17250.3495-0.71090.29210.3311-0.29920.47650.220.00740.6908-0.17370.460740.45737.576326.0691
21.1899-0.77122.44954.3039-4.56087.3603-0.3317-0.18382.73631.60612.03172.222-0.1704-2.0385-1.74580.75140.11030.06950.9550.07421.110738.766343.995917.951
32.026-0.9987-3.12365.10872.77088.3874-0.25580.1488-0.57780.3204-0.0419-0.05640.9977-0.10020.27220.39680.1290.01050.585-0.09940.420134.550137.658328.6475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:11)A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 12:15)A12 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 16:33)A16 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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