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- PDB-6e1q: AtGH3.15 acyl acid amido synthetase in complex with 2,4-DB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e1q
タイトルAtGH3.15 acyl acid amido synthetase in complex with 2,4-DB
要素AtGH3.15 acyl acid amido synthetase
キーワードLIGASE / hormone modification / adenylating enzyme / acyl acid-amido synthetase / adenylation / plant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


auxin conjugate metabolic process / glutamine binding / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GH3 family / GH3 auxin-responsive promoter
類似検索 - ドメイン・相同性
(2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.15
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.148 Å
データ登録者Sharp, A.M. / Lee, S.G. / Jez, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1614539 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Modification of auxinic phenoxyalkanoic acid herbicides by the acyl acid amido synthetase GH3.15 from Arabidopsis.
著者: Sherp, A.M. / Lee, S.G. / Schraft, E. / Jez, J.M.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AtGH3.15 acyl acid amido synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5904
ポリマ－67,0521
非ポリマー5373
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.798, 154.789, 73.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-174-

ASN

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要素

#1: タンパク質 AtGH3.15 acyl acid amido synthetase / Auxin-responsive GH3 family protein / Putative auxin responsive protein / At5g13370


分子量: 67052.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g13370, At5g13370/T22N19_20, T22N19.20, T22N19_20
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GZ29, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CFA / (2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID / 2,4-DICHLOROPHENOXYACETIC ACID / 2,4-D


分子量: 221.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6Cl2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.2 M potassium phosphate dibasic, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.1 M sodium acetate/acetic acid, 2.5 mM 2,4-DB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.148→38.7 Å / Num. obs: 47900 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.148→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6AVH

6avh


解像度: 2.148→38.697 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 2000 4.18 %
Rwork0.182 --
obs0.1833 47873 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.148→38.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4491 0 31 288 4810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9196363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5724999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1481-2.20190.24761420.23143183X-RAY DIFFRACTION98
2.2019-2.26140.27091390.22323243X-RAY DIFFRACTION100
2.2614-2.32790.26421400.22193226X-RAY DIFFRACTION100
2.3279-2.40310.24391430.22023241X-RAY DIFFRACTION99
2.4031-2.48890.26151410.21623263X-RAY DIFFRACTION100
2.4889-2.58860.25941400.20753268X-RAY DIFFRACTION100
2.5886-2.70630.22751470.21083258X-RAY DIFFRACTION100
2.7063-2.8490.24741400.20193236X-RAY DIFFRACTION99
2.849-3.02740.22291420.20083271X-RAY DIFFRACTION100
3.0274-3.26110.24241420.19373289X-RAY DIFFRACTION100
3.2611-3.5890.20071440.17773303X-RAY DIFFRACTION100
3.589-4.10780.21281480.15853295X-RAY DIFFRACTION99
4.1078-5.17350.16191480.14383345X-RAY DIFFRACTION100
5.1735-38.70350.19841440.1763452X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78150.63640.2625.8621.81731.76370.1799-0.2236-0.16940.7393-0.1292-0.30490.32830.1224-0.03780.3228-0.0321-0.04570.32640.02410.319925.1533-66.489818.8904
21.233-0.13840.58910.6794-0.18991.3274-0.0263-0.1134-0.03010.06250.0314-0.0027-0.1234-0.1127-0.00640.2388-0.01720.01620.2475-0.0320.21713.6802-50.68084.0514
33.52282.9113-1.34753.6926-1.57542.4297-0.61990.4934-0.3685-0.70830.3492-0.5120.3817-0.01190.14120.3626-0.07490.06620.2769-0.01020.378732.5313-50.5611-17.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 427 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 428 through 587 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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