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- PDB-6e1c: Crystal structure of a MauG-like protein associated with microbia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e1c
タイトルCrystal structure of a MauG-like protein associated with microbial copper homeostasis
要素Di-heme enzyme
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Di-heme cytochrome c peroxidase.
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-heme enzyme, MXAN0977 / Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Di-heme enzyme, MXAN0977 / Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Di-heme enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.617 Å
データ登録者Dassama, L.M.K. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM110934 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118035 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: MbnH is a diheme MauG-like protein associated with microbial copper homeostasis.
著者: Kenney, G.E. / Dassama, L.M.K. / Manesis, A.C. / Ross, M.O. / Chen, S. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Di-heme enzyme
B: Di-heme enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9988
ポリマ－85,4442
非ポリマー2,5546
水93752
1
A: Di-heme enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9994
ポリマ－42,7221
非ポリマー1,2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Di-heme enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9994
ポリマ－42,7221
非ポリマー1,2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.557, 85.757, 133.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Di-heme enzyme


分子量: 42721.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_07135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2CY72
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PPG 400, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.722003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.722003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.617→42.88 Å / Num. obs: 24860 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 26.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 21.26
反射 シェル解像度: 2.617→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.846 / Rpim(I) all: 0.202 / Rrim(I) all: 0.871

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.617→42.879 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 28.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2781 1998 8.04 %RANDOM
Rwork0.1981 22858 --
obs0.2046 24856 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.43 Å2 / Biso mean: 35.8157 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.617→42.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5231 0 174 52 5457
Biso mean--15.55 17.69 -
残基数----673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6647597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1283206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6171-2.68260.3691190.25851358147783
2.6826-2.75510.37531420.25961620176298
2.7551-2.83620.33431390.25021588172798
2.8362-2.92770.35221420.24431636177899
2.9277-3.03230.34241420.22961617175998
3.0323-3.15370.30651430.23211624176798
3.1537-3.29720.29991430.2191656179999
3.2972-3.47090.34221450.21516511796100
3.4709-3.68830.25311430.194816501793100
3.6883-3.97280.26371470.17591668181599
3.9728-4.37230.21071450.15171651179699
4.3723-5.00420.2151470.14731687183499
5.0042-6.30150.23111440.16991647179196
6.3015-42.88420.24591570.193118051962100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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