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万見
- PDB-6e16: Ternary structure of c-Myc-TBP-TAF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+16
タイトルTernary structure of c-Myc-TBP-TAF1
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1,Myc proto-oncogene protein,TATA-box-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcriptional regulation / carcinogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF ubiquitin ligase complex binding / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Myc-Max complex / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / regulation of somatic stem cell population maintenance / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RUNX3 regulates WNT signaling / TFIIA-class transcription factor complex binding ...SCF ubiquitin ligase complex binding / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Myc-Max complex / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / regulation of somatic stem cell population maintenance / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RUNX3 regulates WNT signaling / TFIIA-class transcription factor complex binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / negative regulation of cell division / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / negative regulation of monocyte differentiation / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription regulator activator activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / response to growth factor / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / regulation of telomere maintenance / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / DNA binding, bending / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / protein-DNA complex disassembly / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / branching involved in ureteric bud morphogenesis / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Signaling by ALK / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / E-box binding / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / chromosome organization / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of fibroblast proliferation / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / : / ERK1 and ERK2 cascade / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription coregulator binding / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / MAPK6/MAPK4 signaling / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / cellular response to UV / MAPK cascade / positive regulation of fibroblast proliferation / disordered domain specific binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to hypoxia / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / intracellular iron ion homeostasis / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Helix-loop-helix DNA-binding domain / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wei, Y. / Dong, A. / Sunnerhagen, M. / Penn, L. / Tong, Y. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Multiple direct interactions of TBP with the MYC oncoprotein.
著者: Wei, Y. / Resetca, D. / Li, Z. / Johansson-Akhe, I. / Ahlner, A. / Helander, S. / Wallenhammar, A. / Morad, V. / Raught, B. / Wallner, B. / Kokubo, T. / Tong, Y. / Penn, L.Z. / Sunnerhagen, M.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1,Myc proto-oncogene protein,TATA-box-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5101
ポリマ－28,5101
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.816, 72.816, 78.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1,Myc proto-oncogene protein,TATA-box-binding protein / TAFII-130 / TAFII-145 / TBP-associated factor 1 / TBP-associated factor 145 kDa / Class E basic ...TAFII-130 / TAFII-145 / TBP-associated factor 1 / TBP-associated factor 145 kDa / Class E basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHe39 / Proto-oncogene c-Myc / Transcription factor p64 / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor D / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 28509.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: TAF1, TAF130, TAF145, YGR274C, G9374, MYC, BHLHE39, SPT15, BTF1, TBP1, YER148W
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P46677, UniProt: P01106, UniProt: P13393, histone acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode
詳細: 20% (w/w) PEG8000, 0.2M ammonium sulfare, and 0.1M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.408 Å / Num. obs: 16091 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 13.75
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 40BA

40ba


解像度: 2.4→36.408 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 732 4.55 %
Rwork0.1767 --
obs0.1785 16090 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.73 Å2 / Biso mean: 56.2219 Å2 / Biso min: 28.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→36.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 0 15 1693
Biso mean---54.67 -
残基数----226
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 100.4981 Å / Origin y: 76.6317 Å / Origin z: -11.1363 Å
111213212223313233
T0.336 Å2-0.0008 Å20.0183 Å2-0.3466 Å2-0.0059 Å2--0.3772 Å2
L2.9057 °2-0.7013 °22.4488 °2-0.7964 °2-1.1539 °2--4.6039 °2
S-0.0254 Å °0.2033 Å °0.0702 Å °0.0893 Å °-0.071 Å °-0.0583 Å °-0.1734 Å °0.3934 Å °0.0758 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 440
2X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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