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万見
- PDB-6e12: Crystal Structure of the Alr8543 protein in complex with Oleic Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6000000000000
タイトルCrystal Structure of the Alr8543 protein in complex with Oleic Acid and magnesium ion from Nostoc sp. PCC 7120, Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR141
要素Alr8543 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Ubiquinone biosynthesis protein Coq4 / Coenzyme Q (ubiquinone) biosynthesis protein Coq4 / ubiquinone biosynthetic process / OLEIC ACID / Alr8543 protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P50 GM62413 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U54 GM074958 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Alr8543 protein in complex with Oleic Acid and magnesium ion from Nostoc sp. PCC 7120, Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR141
著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. ...著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年7月25日ID: 3KB4
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr8543 protein
B: Alr8543 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7587
ポリマ－52,1092
非ポリマー6495
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
2
A: Alr8543 protein
B: Alr8543 protein
ヘテロ分子

A: Alr8543 protein
B: Alr8543 protein
ヘテロ分子

A: Alr8543 protein
B: Alr8543 protein
ヘテロ分子

A: Alr8543 protein
B: Alr8543 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,03328
ポリマ－208,4378
非ポリマー2,59620
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area28690 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area69520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.308, 112.918, 167.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Alr8543 protein


分子量: 26054.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr8543 / Cell (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YJY7
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 100mM Citric Acid (pH 5) and 1.6M (NH4)2SO4, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.536 Å / Num. obs: 39307 / % possible obs: 92.75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 7913 / Χ2: 0.61 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→37.536 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 3931 10 %
Rwork0.1715 --
obs0.1743 39307 92.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 43 211 3618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9134724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2722102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42930.26391540.22071289X-RAY DIFFRACTION97
2.4293-2.460.22121420.2051321X-RAY DIFFRACTION98
2.46-2.49240.22641310.19311321X-RAY DIFFRACTION97
2.4924-2.52650.20891360.18631327X-RAY DIFFRACTION97
2.5265-2.56260.2251520.17361308X-RAY DIFFRACTION98
2.5626-2.60080.17531440.17061297X-RAY DIFFRACTION97
2.6008-2.64150.20571500.18181309X-RAY DIFFRACTION96
2.6415-2.68480.20891340.18421301X-RAY DIFFRACTION97
2.6848-2.7310.23121390.18921304X-RAY DIFFRACTION97
2.731-2.78070.20131320.18211317X-RAY DIFFRACTION96
2.7807-2.83420.22211460.17631310X-RAY DIFFRACTION96
2.8342-2.8920.20341530.19391297X-RAY DIFFRACTION97
2.892-2.95480.25011430.20311275X-RAY DIFFRACTION96
2.9548-3.02360.23591590.19321282X-RAY DIFFRACTION95
3.0236-3.09910.21721450.20621288X-RAY DIFFRACTION95
3.0991-3.18290.25511310.20731307X-RAY DIFFRACTION95
3.1829-3.27650.24591450.19521263X-RAY DIFFRACTION94
3.2765-3.38220.23511340.19191274X-RAY DIFFRACTION93
3.3822-3.5030.21771480.17981256X-RAY DIFFRACTION92
3.503-3.64310.17731410.16481212X-RAY DIFFRACTION89
3.6431-3.80880.20871390.16391201X-RAY DIFFRACTION89
3.8088-4.00940.18971390.14721206X-RAY DIFFRACTION88
4.0094-4.26020.15541190.1381182X-RAY DIFFRACTION86
4.2602-4.58860.15071560.13151180X-RAY DIFFRACTION87
4.5886-5.04940.16031420.13311201X-RAY DIFFRACTION87
5.0494-5.77780.18011210.16091221X-RAY DIFFRACTION87
5.7778-7.27080.16041250.17521199X-RAY DIFFRACTION85
7.2708-37.54040.21171310.18431128X-RAY DIFFRACTION77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.4527 Å / Origin y: 39.2986 Å / Origin z: 24.2245 Å
111213212223313233
T0.2346 Å20.0489 Å20.0351 Å2-0.2298 Å20.0303 Å2--0.218 Å2
L0.6233 °2-0.0872 °20.12 °2-0.7634 °2-0.2833 °2--0.6393 °2
S-0.0872 Å °-0.0508 Å °0.0229 Å °0.0619 Å °-0.0333 Å °-0.0776 Å °0.0795 Å °0.0671 Å °-0.0079 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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