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- PDB-6e0u: Staphylococcus pseudintermedius exfoliative toxin EXI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e0u
タイトルStaphylococcus pseudintermedius exfoliative toxin EXI
要素Serine protease
キーワードHYDROLASE / TOXIN / exfoliative toxin / exi / Staphylococcus pseudintermedius
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Boone, C.D. / Laganowsky, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Exfoliative toxin Exi from Staphylococcus pseudintermedius
著者: Boone, C.D. / Liu, W. / Laganowsky, A. / Hook, A.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease
B: Serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3492
ポリマ－54,3492
非ポリマー00
水543
1
A: Serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1751
ポリマ－27,1751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1751
ポリマ－27,1751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.230, 82.130, 99.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid CZ00

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segid CZ00B0

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要素

#1: タンパク質 Serine protease / Exfoliative toxin Exi


分子量: 27174.715 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-275 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
遺伝子: exi / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D0VXY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月22日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→63.355 Å / Num. obs: 14511 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.935 % / Biso Wilson estimate: 56.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 12.38 / Num. measured all: 86124 / Scaling rejects: 150
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.75-2.823.5480.2962.3210040.9560.34795.7
2.82-2.95.9030.2663.9710190.9790.2997.7
2.9-2.986.6040.2085.389990.9880.22699.8
2.98-3.076.6080.1946.099910.9890.21199.4
3.07-3.186.4240.1846.589460.990.299.7
3.18-3.296.1750.1738.029160.9880.1999.7
3.29-3.415.9130.1469.688900.990.16199
3.41-3.556.2920.1211.768560.9920.131100
3.55-3.716.1420.10613.218240.9950.11698.9
3.71-3.895.9440.09215.097870.9920.10199.4
3.89-4.15.5370.08816.387410.9930.09899.3
4.1-4.355.8410.07918.167110.9920.08798.9
4.35-4.656.1590.06920.386720.9960.07699.4
4.65-5.026.1490.06520.626430.9960.07199.2
5.02-5.55.70.06120.135730.9950.06898.8
5.5-6.156.4080.059215340.9980.06599.4
6.15-7.16.2240.05621.594730.9970.06199.4
7.1-8.75.6660.05622.234070.9970.06299.3
8.7-12.36.030.05725.333280.9960.062100
12.3-63.3555.1520.0623.131970.9960.06697.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.08 Å63.36 Å
Translation7.08 Å63.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QTF

1qtf


解像度: 2.75→63.355 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3256 726 5.01 %
Rwork0.2844 --
obs0.2864 14486 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.29 Å2 / Biso mean: 60.867 Å2 / Biso min: 57.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→63.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 0 3 3432
Biso mean---61.3 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8544799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.741164
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1926X-RAY DIFFRACTION6.079TORSIONAL
12B1926X-RAY DIFFRACTION6.079TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.96240.40561400.38532641278197
2.9624-3.26050.40091430.36592723286699
3.2605-3.73220.40611450.31492736288199
3.7322-4.7020.30471450.25612766291199
4.702-63.37190.27081530.24712894304799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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