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- PDB-6e0b: Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase C276F mutant b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e0b
タイトルPlasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase C276F mutant bound with triazolopyrimidine-based inhibitor DSM1
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / PLASMODIUM FALCIPARUM / DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE / TRIAZOLOPYRIMIDINE / INHIBITOR / DSM1 / FAD / FLAVOPROTEIN / MEMBRANE / MITOCHONDRION / MITOCHONDRION INNER MEMBRANE / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-JZ8 / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
Model detailsActive enzyme is a monomer.
データ登録者Tomchick, D.R. / Phillips, M.A. / Deng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI103947 米国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2019
タイトル: Identification and Mechanistic Understanding of Dihydroorotate Dehydrogenase Point Mutations in Plasmodium falciparum that Confer in Vitro Resistance to the Clinical Candidate DSM265.
著者: White, J. / Dhingra, S.K. / Deng, X. / El Mazouni, F. / Lee, M.C.S. / Afanador, G.A. / Lawong, A. / Tomchick, D.R. / Ng, C.L. / Bath, J. / Rathod, P.K. / Fidock, D.A. / Phillips, M.A.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8258
ポリマ－45,4301
非ポリマー1,3957
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area15670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.522, 85.522, 138.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45429.945 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 158-569 with 384-413 deleted / 変異: C276F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Engineered deletion of residues 1-157 and 384-413
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 6種, 120分子

#2: 化合物 ChemComp-JZ8 / 5-methyl-7-(naphthalen-2-ylamino)-1H-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-3,8-diium


分子量: 277.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N5
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 % / Mosaicity: 0.377 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.06 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 14% PEG 4000 (w/v), 24% glycerol, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 33650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.148.31.87716790.470.67920.93100
2.14-2.189.51.48416660.590.5031.5680.948100
2.18-2.2210.11.30116660.6990.4281.370.92100
2.22-2.2610.41.06716850.7810.3451.1220.966100
2.26-2.31100.88716890.8310.2930.9350.963100
2.31-2.3711.20.8116690.890.2520.8490.949100
2.37-2.4211.70.63816610.9370.1940.6670.953100
2.42-2.4911.70.49416890.9570.150.5170.96499.9
2.49-2.5611.60.37216740.9760.1140.3890.98799.9
2.56-2.6511.40.26816710.9890.0830.2810.998100
2.65-2.7411.10.19516930.9920.0610.2041.008100
2.74-2.8510.30.14416880.9940.0470.1521.041100
2.85-2.9811.80.1116740.9960.0330.1151.015100
2.98-3.1411.80.08116820.9970.0250.0851.051100
3.14-3.3311.70.06316800.9980.0190.0661.04199.9
3.33-3.5911.30.05316920.9970.0170.0551.068100
3.59-3.9511.20.04616720.9990.0140.0481.091100
3.95-4.5211.90.04217110.9990.0130.0441.04799.9
4.52-5.7110.03716870.9990.0120.0390.89499.9
5.7-5011.40.0317220.9970.0090.0310.6799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I65

3i65


解像度: 2.099→42.761 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1462 5.04 %
Rwork0.1776 --
obs0.179 28982 86.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.5 Å2 / Biso mean: 41.588 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.099→42.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 169 113 3259
Biso mean--39.27 36.83 -
残基数----375
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0994-2.17440.3074270.255253556217
2.1744-2.26150.302880.23581634172252
2.2615-2.36440.26681670.21843013318095
2.3644-2.4890.22781650.209131683333100
2.489-2.64490.2271710.190631853356100
2.6449-2.84910.22241710.182931943365100
2.8491-3.13570.22031640.183131733337100
3.1357-3.58930.18821730.173531943367100
3.5893-4.52130.18171650.153332063371100
4.5213-42.76990.16931710.158732183389100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.932-1.6841-0.86821.42040.40781.94710.0082-0.2749-0.43870.1709-0.00710.23880.36940.07170.01260.52880.08330.06330.24230.04480.189393.2932-31.83819.8115
20.9516-0.4002-0.31361.30390.49850.59070.00440.0151-0.0510.0583-0.0520.13880.0165-0.04960.06550.32560.14660.03730.1829-0.01680.143692.4893-24.83334.8569
31.1721-0.63330.15051.8432-0.18030.41960.0570.0980.1994-0.1257-0.06440.2866-0.1174-0.1553-0.00490.38970.21740.01650.31410.01710.266586.4228-13.5996-4.3955
47.30514.6671-1.05053.5801-0.64594.7131-0.07290.5090.4274-0.5867-0.06360.0433-0.40420.16160.130.48890.21780.0690.40220.07920.2149101.6531-16.2198-14.1792
51.85940.04570.33131.5966-0.37431.59590.05690.1917-0.0817-0.0178-0.05250.6726-0.1151-0.661-0.01340.27230.10650.00140.4104-0.11530.428775.4909-27.9507-0.7795
61.36451.68811.71764.95133.05247.67890.06110.2539-0.4883-0.2726-0.03210.43070.5952-0.3952-0.04090.41550.0077-0.01690.2766-0.14630.486485.1003-44.1538-3.3738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 193 )A162 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 194 through 299 )A194 - 299
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 300 through 375 )A300 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 376 through 424 )A376 - 424
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 425 through 534 )A425 - 534
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 535 through 566 )A535 - 566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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