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- PDB-6e06: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6000000
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with cytidine triphosphate solved by precipitant-ligand exchange (crystals grown in citrate precipitant)
要素ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
キーワードTRANSFERASE / enzyme / synthetase / nucleotide triphosphate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Dethiobiotin synthetase BioD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thompson, A.P. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B. / Polyak, S.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1068885 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Precipitant-ligand exchange technique reveals the ADP binding mode in Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase.
著者: Thompson, A.P. / Wegener, K.L. / Booker, G.W. / Polyak, S.W. / Bruning, J.B.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,92612
ポリマ－93,8964
非ポリマー2,0308
水5,747319
1
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9636
ポリマ－46,9482
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
2
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9636
ポリマ－46,9482
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.680, 105.700, 153.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD / DTB synthetase / DTBS / Dethiobiotin synthase


分子量: 23473.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPQ5, dethiobiotin synthase
#2: 化合物
ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.7 M NaCitrate, 0.1 M Imidazole pH 7.0 with 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→56.68 Å / Num. obs: 32594 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 41.77 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.432 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.449 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 428391 / Scaling rejects: 128
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.612.93.64635770.421.0413.79698.7
9.01-56.6811.20.0458060.9990.0130.04799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CVE

6cve


解像度: 2.5→49.963 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 33.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1639 5.05 %
Rwork0.2167 --
obs0.2203 32437 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.04 Å2 / Biso mean: 53.4035 Å2 / Biso min: 11.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6277 0 120 319 6716
Biso mean--30.87 38.65 -
残基数----908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3019008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8883881
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.57360.41091400.35192470261097
2.5736-2.65670.41031330.32982493262699
2.6567-2.75160.4041280.31462503263199
2.7516-2.86180.3561280.29332575270399
2.8618-2.9920.39551420.28392513265599
2.992-3.14970.35241170.274425772694100
3.1497-3.3470.32461600.257625242684100
3.347-3.60540.35521170.24725652682100
3.6054-3.96810.32091160.21926102726100
3.9681-4.54190.23251490.152425862735100
4.5419-5.72110.2141490.151526332782100
5.7211-49.97270.18531600.145127492909100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8358-0.3913-0.05210.94390.54140.80260.08570.3448-0.2885-0.3595-0.0428-0.01960.221-0.0741-0.19880.661-0.0281-0.04710.31120.0080.3176-9.2761-31.817713.2299
21.8011-0.2140.46340.58010.32821.1345-0.15610.0919-0.1824-0.2461-0.05840.07140.5752-0.27870.20640.86580.0023-0.02630.3236-0.05080.3015-4.1521-38.288712.2628
31.53590.48740.12210.79040.33951.25910.16430.4059-0.1156-0.9306-0.1362-0.21050.40450.20060.05020.65740.00290.14130.45340.00250.241.4649-28.79487.4559
42.2691.86680.2336.2988-0.00984.20590.0032-0.363-0.2616-0.48270.1607-0.6408-0.43280.41050.31040.8066-0.0220.02040.26820.0910.18615.5901-24.735716.774
51.429-0.48280.00341.87850.29961.9453-0.1861-0.14610.1026-0.3279-0.025-0.01360.3463-0.05360.13560.47280.06410.01090.3683-0.01730.2428-8.2617-20.472422.3822
64.7156-0.244-0.31694.9003-1.58677.1941-0.45580.0911-0.55010.562-0.10080.0573-0.2094-0.14270.58110.46250.01810.03540.5974-0.01080.3642-17.9357-19.825932.6808
72.3122-0.14820.28923.0421-1.07922.5449-0.0057-0.0876-0.30210.29660.4370.6179-0.3501-0.8548-0.18330.53960.0488-0.0890.6567-0.0350.4365-21.4886-29.449516.6699
82.4516-0.6545-0.42380.96110.10421.90960.1907-0.19320.1521-0.2941-0.14580.06110.266-0.09560.01060.52770.0254-0.0540.2813-0.01460.26620.5011-14.807149.3729
91.4151-0.0325-0.29521.54350.29452.4520.02350.08310.0194-0.42310.0003-0.1360.1740.1997-0.06320.54240.1114-0.02240.3185-0.04060.25348.6487-20.884137.7923
101.3726-0.74130.62271.34380.65361.30910.2939-0.55410.52990.65710.06250.7452-0.0233-0.0748-0.37650.6256-0.04210.31620.3582-0.07730.6835-32.00734.736825.1468
110.20890.37880.06031.13-0.51740.78520.5799-0.3951-0.06761.6801-0.41040.1402-0.48620.0599-0.15170.8455-0.12050.25010.4385-0.13940.3583-19.25517.983429.4068
121.68030.20620.19711.26580.6841.76780.2003-0.06010.0950.43570.03840.3996-0.2642-0.0996-0.19620.4235-0.10340.14290.32970.03250.4399-28.90042.529918.1502
131.0112-0.41980.0960.1914-0.07670.10580.74090.24550.41890.06720.25320.3099-0.70020.08760.69510.78080.30941.26680.7051-0.08131.143-42.69446.922426.4342
141.74021.19050.68821.899-0.41640.99560.24180.13110.4359-0.1502-0.5375-0.31670.1299-0.0927-0.05460.32020.12720.1040.29640.00230.6062-16.23253.7541-7.2579
151.80611.42821.0083.4229-1.41912.6769-0.07650.3817-0.25650.2766-0.2128-0.6815-0.050.34390.53440.39990.08360.01820.49780.11230.3339-8.361310.448-12.1119
164.4797-1.0492-1.39942.66220.6273.01050.6360.41460.2108-0.3296-0.4165-0.365-0.59290.1903-0.03640.36760.10530.03380.39410.0630.348-21.002113.2466-13.5664
170.95160.94690.99192.4999-1.28164.45720.08940.22970.32560.7273-0.20680.3874-0.66550.22470.17810.3015-0.03390.10010.28330.03990.4566-14.950515.0642-16.8306
183.5888-0.4087-0.47741.2682-0.57362.81510.00740.0345-0.12570.06980.16420.3475-0.4822-0.2599-0.27170.56080.13120.03470.4164-0.01280.2544-34.591313.0148-10.0226
192.7644-0.51070.20792.6224-0.2513.53690.79670.3047-0.438-0.3154-0.4027-0.27550.98150.1566-0.06420.39330.055-0.00870.38130.01560.278-20.85250.7396-18.2744
201.9846-2.90280.98274.3746-2.36567.3713-0.0941-0.04970.2555-0.513-0.21820.06350.831-0.79830.15080.47290.00530.0530.3959-0.03320.3211-30.22962.9541-5.8449
210.9768-0.53990.14150.8437-0.3931.3548-0.2204-0.08180.1095-0.10170.15410.02910.31160.25070.08910.268-0.02390.02540.2885-0.01330.4195-18.30590.25130.9198
220.92130.49140.79332.84211.20431.68170.05440.18170.08450.65540.0121-0.6749-0.10.626-0.08850.3503-0.1267-0.00280.34640.04150.4565-8.91137.48211.9552
233.57240.53160.06343.10311.15621.02530.3797-0.1408-0.09850.37790.0293-0.28220.26630.38550.00740.155-0.0885-0.0620.7092-0.02640.545-5.95776.421610.729
242.2388-0.2051-0.94561.08340.52362.915-0.1115-0.18650.49130.08190.1737-0.3464-0.18720.9560.13220.3111-0.08990.02120.570.05940.5247-3.471410.1698-7.5181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 48 )A0 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 73 )A49 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 108 )A74 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 123 )A109 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 124 through 176 )A124 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 177 through 189 )A177 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 190 through 226 )A190 - 226
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 108 )B0 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 109 through 225 )B109 - 225
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid -1 through 28 )C-1 - 28
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 29 through 87 )C29 - 87
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 88 through 204 )C88 - 204
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 205 through 226 )C205 - 226
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid -1 through 14 )D-1 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 15 through 29 )D15 - 29
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 30 through 48 )D30 - 48
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 49 through 63 )D49 - 63
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 64 through 87 )D64 - 87
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 88 through 108 )D88 - 108
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 109 through 123 )D109 - 123
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 124 through 159 )D124 - 159
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 160 through 176 )D160 - 176
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 177 through 189 )D177 - 189
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 190 through 225 )D190 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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