PDB-6dz5: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dz5

タイトル

Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-alanine

要素

Tyrosine phenol-lyase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type and F448A Mutant Citrobacter freundii Tyrosine Phenol-Lyase Complexed with a Substrate and Inhibitors: Implications for the Reaction Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Craig, S.

履歴

登録	2018年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: entity / struct_ref_seq_dif / Item: _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dz5.cif.gz	397 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dz5.ent.gz	324 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dz5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dz5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6dz5_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	6dz5_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dz5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6durC 6dvxC 6dxvC 6dytC 6ecgC 2vlfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yhk-1 2tpl-1 6dyt-1 2ycn-1 2vlf-1 6dvx-1 6dxv-1 6mpd-1 2yct-1 1c7g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
208 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.880, 132.810, 145.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...
2	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	2 - 65
1	2	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	67 - 78
1	3	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	80 - 16
1	4	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	291 - 380
1	5	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	382 - 429
1	6	1	(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...	A	431 - 500
2	1	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	2 - 65
2	2	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	67 - 78
2	3	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	80 - 160
2	4	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	162 - 178
2	5	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	180 - 289
2	6	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	291 - 380
2	7	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	382 - 391
2	8	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	395 - 429
2	9	1	(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...	B	431 - 500

#1: タンパク質	Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase 分子量: 51432.660 Da / 分子数: 2 / 変異: F448A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-P61 / (2E)-3-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}propanoic acid 分子量: 428.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈FN₂O₈P
#4: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA, 5 mM 2-mercaptoethanol, 0.5 mM pyridoxal-5'-phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→44.47 Å / Num. obs: 54544 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14.573 % / B_iso Wilson estimate: 51.32 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.224 / R_rim(I) all: 0.232 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 10.59 / Num. measured all: 794857 / Scaling rejects: 630

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.26-2.32	14.955	3.498	0.85	60252	4028	4029	0.314	3.621	100
2.32-2.38	14.912	2.958	1.01	58904	3951	3950	0.455	3.063	100
2.38-2.45	14.925	2.901	1.1	56505	3790	3786	0.501	3.004	99.9
2.45-2.53	14.887	2.144	1.49	55231	3710	3710	0.715	2.22	100
2.53-2.61	14.855	1.907	1.82	53746	3619	3618	0.737	1.975	100
2.61-2.7	14.867	1.582	2.29	51544	3470	3467	0.801	1.638	99.9
2.7-2.8	14.732	1.265	2.96	49719	3376	3375	0.873	1.311	100
2.8-2.92	14.714	0.967	3.93	47556	3232	3232	0.92	1.002	100
2.92-3.05	14.878	0.686	5.51	46316	3116	3113	0.957	0.71	99.9
3.05-3.2	14.811	0.513	7.27	44434	3001	3000	0.975	0.531	100
3.2-3.37	14.844	0.348	10.04	42277	2850	2848	0.991	0.36	99.9
3.37-3.57	14.854	0.245	13.52	40180	2706	2705	0.994	0.254	100
3.57-3.82	13.952	0.166	17	26677	2551	1912	0.997	0.173	75
3.82-4.13	14.486	0.119	23.67	34230	2370	2363	0.997	0.123	99.7
4.13-4.52	14.302	0.081	30.22	31492	2209	2202	0.998	0.084	99.7
4.52-5.05	13.324	0.075	32.56	26581	2008	1995	0.998	0.078	99.4
5.05-5.84	13.919	0.068	34.43	24817	1784	1783	0.998	0.071	99.9
5.84-7.15	13.47	0.064	35.77	20448	1518	1518	0.999	0.067	100
7.15-10.11	12.963	0.045	43.52	15854	1223	1223	0.999	0.047	100
10.11-44.47	11.32	0.042	42.11	8094	731	715	0.999	0.043	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VLF

2vlf

解像度: 2.26→44.47 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	1998	3.67 %
R_work	0.1833	52458	-
obs	0.1847	54456	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 211.98 Å² / B_iso mean: 70.3409 Å² / B_iso min: 28.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.26→44.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7176	0	82	562	7820
B_iso mean	-	-	80.58	74.18	-
残基数	-	-	-	-	907

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4206	X-RAY DIFFRACTION	8.917	TORSIONAL
1	2	B	4206	X-RAY DIFFRACTION	8.917	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2601-2.3166	0.3811	141	0.3498	3751	3892	100
2.3166-2.3792	0.3475	142	0.3106	3725	3867	100
2.3792-2.4492	0.3281	143	0.2995	3727	3870	100
2.4492-2.5282	0.3317	142	0.2753	3728	3870	100
2.5282-2.6186	0.3056	144	0.2468	3771	3915	100
2.6186-2.7234	0.2535	143	0.2211	3753	3896	100
2.7234-2.8474	0.2318	143	0.2008	3776	3919	100
2.8474-2.9974	0.2383	143	0.1833	3762	3905	100
2.9974-3.1852	0.1981	144	0.1713	3763	3907	100
3.1852-3.431	0.2288	144	0.1639	3781	3925	100
3.431-3.7762	0.222	124	0.1559	3244	3368	99
3.7762-4.3222	0.1742	143	0.1468	3783	3926	99
4.3222-5.444	0.188	148	0.1517	3861	4009	100
5.444-44.4786	0.2068	154	0.1845	4033	4187	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2555	-1.2028	-0.7087	4.078	-1.0435	2.7915	0.0179	0.702	0.014	0.0245	0.3277	0.9066	-0.2738	-1.0815	-0.1768	0.4571	0.0908	-0.0279	0.7825	0.1266	0.4747	-17.6612	-54.7138	-17.8622
2	5.8456	3.9397	0.3498	6.752	-0.3544	7.5381	0.2089	-0.2601	-0.0884	0.4489	-0.1698	-0.3851	-0.5392	0.2481	-0.0359	0.3536	0.0609	-0.0146	0.3524	0.0159	0.3313	4.8774	-55.2464	2.0875
3	1.1705	0.1709	-0.5082	2.6541	-0.4832	2.5168	0.0518	0.0773	0.4981	0.185	-0.0766	-0.0917	-1.1266	0.4276	0.0109	0.7905	-0.1312	-0.0302	0.5608	0.1119	0.5631	5.5562	-34.8499	-12.2489
4	1.4533	0.6726	-1.24	1.4151	-0.2822	2.0803	0.0992	0.3976	0.3613	-0.1256	0.0834	0.0836	-0.8105	-0.0965	0.2304	0.637	0.0908	0.0312	0.447	0.1089	0.4387	-5.2516	-46.9937	-19.7255
5	4.2493	-0.9329	0.1334	1.0652	-1.571	2.7252	0.7246	0.5163	1.3071	0.178	0.0778	0.0384	-2.2064	-1.4801	-0.2779	1.2778	0.2994	0.2475	0.9356	0.3578	0.8633	-19.1175	-36.6212	-22.2875
6	2.9364	-1.9498	0.1758	5.6798	-2.0264	4.3837	0.1447	0.8547	0.0097	-0.7842	0.217	0.6749	0.0601	-0.3237	-0.2362	0.4921	-0.0192	-0.0367	0.5247	0.145	0.3874	-13.2284	-52.0032	-27.0226
7	3.1426	-0.387	-2.797	0.7731	0.4468	2.5001	0.1586	0.6521	1.243	-0.1441	0.3737	1.1615	-1.3661	-2.2236	0.2269	1.2917	0.7012	0.313	1.4056	0.5469	1.5125	-27.3307	-35.6196	-20.13
8	3.0952	1.6903	1.0387	2.7206	0.8959	2.6752	0.0284	-0.3213	-0.0796	0.2543	0.1327	-0.3244	-0.1596	0.4081	-0.176	0.4382	-0.0007	0.0148	0.5383	-0.0617	0.3525	2.3445	-59.0663	19.9155
9	1.6652	0.1016	-0.4297	1.5611	0.5259	3.0794	0.1238	-0.2669	0.5253	0.0895	-0.0488	0.2929	-0.7224	-0.5054	-0.0187	0.5966	0.1583	0.0731	0.5661	-0.0842	0.5924	-20.5105	-41.8708	14.7074
10	3.8562	1.3539	0.9994	2.8897	1.2936	3.1773	-0.011	-0.5104	0.4647	0.165	-0.0404	-0.1359	-0.4941	0.3084	0.0068	0.6173	-0.0421	0.048	0.5579	-0.0823	0.389	1.0759	-48.49	29.8565

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 57 )	A	2 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 88 )	A	58 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 285 )	A	89 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 286 through 361 )	A	286 - 361
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 362 through 401 )	A	362 - 401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 402 through 430 )	A	402 - 430
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 431 through 456 )	A	431 - 456
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 57 )	B	2 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 311 )	B	58 - 311
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 312 through 456 )	B	312 - 456

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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