PDB-6dyx: Structure of VHH R419 isolated from a pre-immune phage display library

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dyx

タイトル

Structure of VHH R419 isolated from a pre-immune phage display library

要素

VHH R419

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Nanobody VHH single domain antibody

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Brooks, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: BMC Res Notes / 年: 2019
タイトル: Structure of a VHH isolated from a naive phage display library.
著者: White, B. / Huh, I. / Brooks, C.L.

履歴

登録	2018年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dyx.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dyx.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dyx_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dyx_full_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示
XML形式データ	6dyx_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	6dyx_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dbaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2k7s-d 1u9k-1 6np7-2 5m3g-3 5yiz-12 2x1q-1 5yj0-13 4nnl-1 5nml-4 2vzp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

D: VHH R419

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.281, 58.281, 155.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-378- HOH
2	1	D-432- HOH

#1: 抗体	VHH R419 分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M MES 30% PEG MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→36.145 Å / Num. obs: 25716 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.66 Å² / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.218 / R_sym value: 0.207 / Net I/av σ(I): 1.3 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.5-1.54	7.1	0.335	2	1696	0.126	0.359	0.335	91.5
1.54-1.58	8.3	0.299	2.2	1796	0.105	0.318	0.299	99.3
1.58-1.63	10.5	0.282	2.3	1773	0.091	0.297	0.282	99.9
1.63-1.68	10.7	0.256	2.5	1718	0.082	0.269	0.256	100
1.68-1.73	10.6	0.238	2.6	1676	0.076	0.25	0.238	100
1.73-1.79	10.7	0.219	2.7	1629	0.07	0.23	0.219	100
1.79-1.86	10.6	0.215	2.6	1573	0.068	0.226	0.215	100
1.86-1.94	10.7	0.207	2.7	1529	0.067	0.218	0.207	100
1.94-2.02	10.6	0.214	2.6	1465	0.068	0.225	0.214	100
2.02-2.12	10.6	0.216	2.6	1394	0.069	0.227	0.216	100
2.12-2.24	10.6	0.211	2.6	1357	0.067	0.222	0.211	100
2.24-2.37	10.6	0.199	2.6	1255	0.064	0.21	0.199	100
2.37-2.54	10.6	0.199	2.8	1216	0.062	0.208	0.199	100
2.54-2.74	10.5	0.203	2.7	1119	0.064	0.213	0.203	100
2.74-3	10.4	0.209	2.7	1050	0.066	0.219	0.209	100
3-3.35	10.4	0.202	2.7	950	0.065	0.212	0.202	99.9
3.35-3.87	10.2	0.203	2.6	857	0.065	0.214	0.203	99.7
3.87-4.74	9.7	0.206	2.7	724	0.068	0.217	0.206	99
4.74-6.71	9.4	0.205	2.6	590	0.069	0.217	0.205	99
6.71-36.145	8.1	0.223	2.5	349	0.084	0.24	0.223	95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DBA

6dba

解像度: 1.5→36.145 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	1310	5.1 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.1767	25678	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	853	0	14	141	1008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.875	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.719	508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	131
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	157

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5601	0.1977	143	0.1854	2455	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5601-1.6311	0.2008	140	0.1761	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6311-1.7171	0.1917	147	0.1717	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.8246	0.1807	147	0.172	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8246-1.9655	0.1826	143	0.1655	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9655-2.1633	0.1834	143	0.1587	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.4762	0.1806	140	0.1609	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4762-3.1195	0.181	164	0.1752	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1195-36.1554	0.2029	143	0.1886	2961	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1612	4.715	4.6469	5.7931	5.9916	8.5393	0.3967	-0.1416	0.3834	-0.092	-0.5998	0.4622	-0.2603	-1.3095	0.2912	0.2063	0.04	0.0215	0.3281	0.0286	0.2302	6.7933	-10.5569	-16.5418
2	2.7675	2.0561	1.8116	1.5275	1.3814	4.6093	0.1975	0.0157	0.0694	0.6145	0.1096	0	-0.9185	0.065	-0.2673	0.4248	-0.0199	0.0578	0.1422	-0.0143	0.3514	22.5141	4.6219	-14.2692
3	8.0138	6.9921	2.7134	7.4237	3.6455	7.1942	0.0015	0.0884	0.2148	0.3111	0.232	0.198	-0.5581	-0.1892	-0.1817	0.2674	0.0524	0.0372	0.1509	0.0304	0.223	13.1193	-4.8216	-11.0194
4	3.8734	1.0976	-2.2657	4.4665	-0.3595	7.2376	0.1589	0.5368	0.0907	0.1287	-0.0924	0.6554	-0.557	-0.9291	-0.0597	0.1921	0.0418	0.043	0.255	0.0207	0.2164	4.5312	-16.5685	-7.753
5	3.7431	2.1144	-2.9843	4.3105	-3.5404	3.5188	0.0194	-0.0427	0.0743	-0.1814	-0.0875	0.0385	0.1541	0.1214	0.1052	0.1531	-0.013	-0.0052	0.1217	-0.0013	0.1404	19.5836	-13.9273	-14.3411
6	7.3638	2.7349	-3.6779	3.7261	-1.9679	5.6582	-0.0476	-0.2188	-0.0552	0.142	-0.0675	-0.2639	-0.2036	0.3501	0.0758	0.1775	-0.0231	-0.0151	0.1367	0.0158	0.1121	23.3797	-10.4875	-7.3619
7	3.6698	4.6475	-2.1345	5.9317	-2.4049	3.7118	0.1509	-0.1041	0.5178	0.321	0.0584	0.3673	-0.3715	-0.1221	-0.2328	0.2491	0.0343	0.0351	0.164	0.0121	0.193	12.3748	-7.6353	-6.4868
8	0.9393	0.4508	-0.5778	3.4557	-1.2734	1.7634	0.0543	0.1248	0.1537	0.0961	0.0309	0.1485	-0.1637	0.0438	-0.0674	0.147	-0.0009	0.0025	0.1609	0.0192	0.1273	17.9271	-12.31	-17.8729
9	2.5317	3.8396	2.5975	8.0717	0.5014	8.066	0.149	0.0841	0.5533	0.4082	0.0293	0.103	-0.8893	0.2082	-0.0777	0.3322	-0.0236	0.0514	0.1638	0.0051	0.2236	21.5757	1.023	-20.0631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 8 through 17 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 18 through 24 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 25 through 33 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 34 through 57 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 58 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 74 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 84 through 111 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 112 through 117 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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